人类遗传学关联分析
鉴定与近视相关的表观遗传修饰基因和靶标。
利用MAGIC队列进行基因集负荷分析,利用UK Biobank GWAS数据进行基因集富集分析,评估H3K27me3相关基因在近视中的富集。
Intermittent myopic visual exposure triggers myopia progression via H3K27me3
包含人类遗传学分析、小鼠和豚鼠FDM模型、iFD模型、AAV8介导的基因操作、CUT&Tag、RNA-seq、HSFs细胞实验及多种功能验证和机制研究。
小鼠形觉剥夺性近视模型 豚鼠形觉剥夺性近视模型 原代人巩膜成纤维细胞(HSFs)
小鼠为雄性C57BL/6J,豚鼠为三色短毛种,年龄3-4周 FDM模型通过遮盖右眼诱导,持续2天或2周 iFD模型:每日FD 8、10或12小时,持续14天 AAV8注射剂量:2.5×10^12至1×10^13基因组拷贝/mL,单次5 μL GSK126腹腔注射剂量:30或50 mg/Kg,DZNep 1 mg/Kg
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与近视相关的表观遗传修饰基因和靶标。
利用MAGIC队列进行基因集负荷分析,利用UK Biobank GWAS数据进行基因集富集分析,评估H3K27me3相关基因在近视中的富集。
验证H3K27me3及相关蛋白在近视发展中的变化。
在小鼠和豚鼠FDM模型中,通过免疫印迹检测巩膜H3K27me3、KDM6A、KDM6B等蛋白水平。
模拟日常间歇性视觉暴露,确定H3K27me3积累的阈值和动力学。
建立不同每日FD时长(8、10、12小时)和不同恢复期(1-3天)的iFD模型,检测屈光、眼轴长度和玻璃体腔深度,并评估巩膜蛋白水平。
阐明缺氧诱导KDM6A蛋白下降的分子机制。
在HSFs中缺氧处理,检测KDM6A泛素化水平,使用蛋白酶体抑制剂MG132和自噬抑制剂CQ,通过siRNA筛选E3连接酶和DUB,并通过免疫共沉淀和邻位连接分析验证相互作用。
验证H3K27me3水平变化对近视发展的因果作用。
通过AAV8介导的巩膜Kdm6a/Kdm6b敲低或Ezh2敲低,以及药理学抑制EZH2,检测对近视发展和胶原蛋白表达的影响。
识别H3K27me3的靶基因和下游通路。
使用CUT&Tag检测2天FD小鼠巩膜中H3K27me3全基因组分布,结合RNA-seq数据,分析H3K27me3富集区域和差异表达基因,鉴定Sp1为关键转录因子。
验证SP1对胶原蛋白表达和近视发展的作用。
通过AAV8介导的巩膜Sp1敲低或过表达,检测对正常屈光发育和FDM发展的影响,并检测COL1α1蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 试剂 | 氯喹 | MCE | HY-17589 A |
| GSK126 | MCE | HY-13470 | |
| FT-4592 | MCE | HY-13426 | |
| MG-132 | MCE | HY-13259 | |
| 3-去氮腺苷A | MCE | HY-12186 | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D2650 | |
| Western blot | 山羊抗兔IgG二抗,HRP | Invitrogen | 31460 |
| 山羊抗小鼠IgG二抗,HRP | Invitrogen | 31430 | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 11697498001 | |
| 蛋白质定量 | 增强型BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | Millipore | -- |
| RNA提取 | RNeasy纤维组织迷你试剂盒 | Qiagen | -- |
| RQ1无RNase的DNase | Promega | -- | |
| 逆转录 | M-MLV逆转录酶 | Promega | -- |
| qPCR | ChamQ SYBR color qPCR预混液 | Vazyme | -- |
| ABI ViiA 7实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11995 |
| I型胶原酶 | Sigma-Aldrich | C0130 | |
| IV型胶原酶 | Gibco | 17104 | |
| 胰蛋白酶 | Gibco | 25200 | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 40微米细胞筛网 | BD Biosciences | -- | |
| CUT&Tag | Hyperactive通用CUT&Tag检测试剂盒 | Vazyme | TD903 |
| 抗H3K27me3抗体 | CST | 9733S | |
| 山羊抗兔IgG H&L | Vazyme | AB206-01-AA | |
| TruePrep索引试剂盒V2(用于Illumina) | Vazyme | TD202 | |
| Quant-iT dsDNA HS分析试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| Agilent 2100分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| 细胞处理 | Coy体外低氧舱系统 | Coy Laboratory Products | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine RNAiMAX试剂 | Invitrogen | -- |
| 免疫沉淀 | 抗KDM6A抗体 | Invitrogen | PA5-31828 |
| NP40裂解液 | Beyotime | P0013F | |
| Western blot | 多克隆抗泛素抗体 | Proteintech | 10201-2-AP |
| 兔抗K48连接特异性多聚泛素抗体 | CST | 8081 | |
| 抗KDM6A抗体 | CST | 33510 | |
| 免疫荧光 | KDM6A抗体 | Santa Cruz | SC514859 |
| USP16抗体 | Proteintech | 14055-1-AP | |
| NEDD4抗体 | Proteintech | 21698-1-AP | |
| 驴抗大鼠IgG(H+L)Alexa Fluor 488偶联物 | Invitrogen | A-21208 | |
| 驴抗兔IgG(H+L)Alexa Fluor 555偶联物 | Invitrogen | A-31572 | |
| DAPI | Vector Laboratories | -- | |
| 成像 | Zeiss LSM 710共聚焦显微镜 | ZEISS | -- |
| 动物实验 | 羟甲基纤维素 | -- | -- |
| 小毂RN针 | Hamilton Company | 7803-05 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物饲养 | 光照周期12h明/12h暗,光照强度100-200 lx,温度22±2°C,自由饮水进食;小鼠仅雄性,豚鼠雌雄兼有。 阅读提示:Methods: Animals |
| FDM模型诱导 | 小鼠用半透明遮盖物遮盖右眼;豚鼠用乳胶面罩遮盖右眼;遮盖持续时间2天或2周。 阅读提示:Methods: Experimental myopia models |
| iFD模型 | 每日FD时长(8、10、12小时),恢复时长(1、2、3天),总周期(14、15、16天)。 阅读提示:Results: 间歇性形觉剥夺模型;Figure legends 3-7 |
| AAV8介导的基因操作 | AAV8血清型8,病毒滴度2.5×10^12-1×10^13基因组拷贝/mL,单次注射5 μL于sub-Tenon's capsule。 阅读提示:Methods: Scleral genetic modification in mice, Sub-Tenon’s capsule injection |
| 蛋白质检测 | RIPA裂解,蛋白上样量30 µg,SDS-PAGE凝胶浓度10%,一抗孵育条件,二抗孵育,显影系统。 阅读提示:Methods: Immunoblot analysis |
| CUT&Tag | 细胞数约1×10^5,抗体anti-H3K27me3 (#9733S, CST),转座酶Hyperactive PG-TN5/PA-TN5。 阅读提示:Methods: CUT&Tag |
| 细胞实验 | HSFs培养条件,缺氧浓度1% O2,处理时间24小时,siRNA浓度50 nM,转染试剂Lipofectamine RNAiMAX。 阅读提示:Methods: Experiments in cultured human scleral fibroblasts |
| 统计方法 | 正态性检验,组间比较用t检验或非参数检验,多重比较用ANOVA,重复测量用RM-ANOVA。 阅读提示:Methods: Statistical analysis |