体外细胞系模型验证KRASG12D抑制效果
评估MRTX1133对KRASG12D突变PDAC细胞增殖的影响及MAPK通路抑制情况。
用MRTX1133处理14种KRASG12D突变PDAC细胞系72小时,检测细胞活力和p-ERK水平。
Overcoming Adaptive Resistance to KRASG12D Blockade in Pancreatic Cancer through Vertical Pathway Inhibition
包含细胞系体外模型、PDX模型、体内异种移植瘤模型和TCGA临床标本分析,并进行了功能验证(细胞增殖、集落形成)和机制验证(Western blot、qPCR)。
KRASG12D突变PDAC细胞系(如PANC-1、KP-4、SW1990等) KRASG12C突变PDAC细胞系(MIAPaCa-2) PDX模型(MGH1247) 皮下异种移植瘤模型(KP-4、MIAPaCa-2、SW1990、HPAF-II、MGH1247)
细胞分化状态(上皮/间质) RTK抑制剂类型(EGFR抑制剂CTX、FGFR抑制剂BGJ) 药物处理浓度和时间(MRTX1133 100 nmol/L,72小时等) 体内给药剂量和方案(MRTX1133 30 mg/kg i.p.每日,RMC-7977 5 mg/kg口服每日等) 结合TCGA数据验证RTK表达与细胞状态的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估MRTX1133对KRASG12D突变PDAC细胞增殖的影响及MAPK通路抑制情况。
用MRTX1133处理14种KRASG12D突变PDAC细胞系72小时,检测细胞活力和p-ERK水平。
确定KRASG12D抑制后是否发生RAS-MAPK信号再激活。
用MRTX1133处理KRASG12D突变细胞系,在4至96小时不同时间点检测p-ERK水平。
确定是EGFR还是FGFR或其他RTK介导适应性RAS-MAPK再激活。
在间质和上皮PDAC细胞系中,用KRASi联合CTX、BGJ或其他RTK抑制剂处理,检测RAS-MAPK通路活性(DUSP6等表达、p-ERK水平)。
比较KRASi单药及联合EGFR或RAS(ON)多选择性抑制剂在不同分化状态肿瘤模型中的疗效。
建立皮下异种移植模型,包括间质(KP-4, MIAPaCa-2)和上皮(SW1990, HPAF-II, MGH1247)肿瘤,分别给予MRTX1133或MRTX849、CTX、RMC-7977及联合治疗,监测肿瘤生长和体重。
评估RTK表达与上皮/间质标志物在临床PDAC患者中的相关性。
利用GEPIA数据库分析TCGA中179例PDAC肿瘤的FGFR和HER家族表达与EMT标志物的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 药物处理 | MRTX849 | MedChemExpress | -- |
| MRTX1133 | MedChemExpress | -- | |
| 阿法替尼 | Selleck Chemicals | -- | |
| 英菲替尼 (BGJ398) | Selleck Chemicals | -- | |
| 西妥昔单抗 | Selleck Chemicals | -- | |
| 拉帕替尼 | Selleck Chemicals | -- | |
| 克唑替尼 | Selleck Chemicals | -- | |
| 林西替尼 | Selleck Chemicals | -- | |
| 帕尼单抗 | McKesson Pharmaceuticals | -- | |
| RMC-7977 | Revolution Medicines | -- | |
| 药物配制 | 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | 67-68-5 |
| 动物实验 | Captisol | CyDex Pharmaceuticals | -- |
| 柠檬酸盐缓冲液 | Teknova | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Bis-Tris梯度凝胶 | Invitrogen | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Boston BioProducts Inc. | -- | |
| 吐温20 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| ECL底物试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 凝胶成像系统 | GenSystem | -- | |
| RT-qPCR | RNeasy试剂盒 | QIAGEN | -- |
| qScript cDNA SuperMix | Quantabio | -- | |
| TaqMan基因表达预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| LightCycler 480系统 | Roche Diagnostics International AG | -- | |
| TaqMan基因表达检测(DUSP6, ETV4, ETV5, SPRY2, SPRY4, VIMENTIN, SNAI1, CDH1) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| β-肌动蛋白引物 (4326315E) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞增殖实验 | CellTiter-Glo溶液 | Promega | -- |
| 酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 动物实验 | Matrigel基质胶 | Corning Life Sciences | -- |
| 裸鼠 | Charles River Laboratory | -- | |
| 抗体 | p-ERK (T202/Y204)抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 |
| p-S6 (S235/236)抗体 | Cell Signaling Technology | 4858 | |
| p-S6 (S240/244)抗体 | Cell Signaling Technology | 5364 | |
| 波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 5741 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab40772 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系和培养 | 细胞系名称、来源、培养条件(培养基、血清浓度)、细胞代数 阅读提示:Materials and Methods - Cell lines and cell culture |
| 药物处理 | 药物名称、溶剂(DMSO)、储备液浓度、处理浓度、处理时间 阅读提示:Materials and Methods - Reagents and antibodies; Figure legends 1-3 |
| 细胞活力实验 | 细胞接种密度、药物浓度梯度、处理时间(72小时)、检测试剂 阅读提示:Materials and Methods - Cell viability assay |
| 集落形成实验 | 细胞接种密度、药物浓度、处理时间(9-12天)、药物更新频率 阅读提示:Materials and Methods - Colony formation assay |
| Western blot分析 | 蛋白提取方法、裂解液成分、抗体信息(货号、稀释度)、内参 阅读提示:Materials and Methods - Western blot analysis; Supplementary Table S3 |
| RT-qPCR | RNA提取方法、逆转录试剂、qPCR引物(基因、货号)、内参基因 阅读提示:Materials and Methods - Quantitative real-time PCR |
| 动物实验 | 细胞系或PDX模型、接种细胞数、动物品系、分组、给药方案(剂量、给药途径、频率)、肿瘤体积测量方法 阅读提示:Materials and Methods - Animal studies; Figure 6 legend |
| TCGA数据相关分析 | 数据库版本、样本类型、分析工具(GEPIA) 阅读提示:Materials and Methods - Gene coexpression profiling interactive analysis; Figure 4 legend |