代谢物筛选
筛选能调节胞外2'3'-cGAMP诱导STING激活的内源代谢物
使用内源代谢物库预处理小鼠腹腔巨噬细胞,然后加入2'3'-cGAMP,检测IFN-β分泌。
Polyamine sequestration of 2'3'-cGAMP constrains intercellular transmission and STING engagement to subvert antitumor immunity
包含体外筛选、细胞实验、动物模型(Trex1-/-、Sat1-/-、肿瘤模型)及临床数据分析,并涉及机制验证(ITC、MD、分子对接)和功能验证。
小鼠腹腔巨噬细胞 B16F10黑色素瘤皮下移植瘤模型 MC38结肠癌皮下移植瘤模型 Trex1-/-小鼠 Sat1-/-小鼠 4T1乳腺癌模型
多胺处理浓度与时间 2'3'-cGAMP给药剂量与途径 SAT1表达水平或活性调控 细胞模型(PMs, BMDMs等)及共培养体系
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选能调节胞外2'3'-cGAMP诱导STING激活的内源代谢物
使用内源代谢物库预处理小鼠腹腔巨噬细胞,然后加入2'3'-cGAMP,检测IFN-β分泌。
验证多胺对2'3'-cGAMP进入细胞及下游信号的影响
用多胺预处理细胞,加入2'3'-cGAMP或内源性cGAMP,检测cGAMP摄取、细胞因子表达和STING通路磷酸化。
验证多胺与cGAMP的直接结合及聚集机制
通过ITC、Dot blot、co-IP、分子动力学模拟和血凝实验验证结合与聚集。
验证多胺是否影响cGAMP与STING的结合
用多胺处理后,通过pull-down、分子对接、PLA实验检测cGAMP与STING的结合。
验证多胺在体内对STING驱动的自身免疫病理的影响
给予Trex1-/-小鼠口服精胺和亚精胺4周,检测血清细胞因子、靶基因表达和寿命。
验证SAT1对cGAMP-STING信号的调控作用
利用Sat1-/-巨噬细胞、SAT1抑制剂和过表达实验,检测STING信号和细胞因子。
验证SAT1缺乏对肿瘤生长和免疫微环境的影响
在Sat1-/-小鼠中接种B16F10或MC38肿瘤,分析肿瘤生长、免疫细胞浸润和细胞因子。
评估DENSpm与cGAMP联合治疗对肿瘤生长和免疫的影响
在B16F10或4T1荷瘤小鼠中给予DENSpm和cGAMP,检测肿瘤大小、免疫细胞和生存期。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | 精胺 | Sigma-Aldrich | 55513 |
| 亚精胺 | Sigma-Aldrich | 49761 | |
| 腐胺 | Sigma-Aldrich | 51799 | |
| N1,N11-二乙基去甲精胺 | MedChemExpress | HY-13610A | |
| 阿霉素 | MedChemExpress | HY-15142 | |
| 二氟甲基鸟氨酸 | Sigma-Aldrich | D193 | |
| 喷他脒 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 2'3'-环鸟苷酸-腺苷酸 | InvivoGen | tlrl-nacga23 | |
| 3'3'-环鸟苷酸-腺苷酸 | InvivoGen | tlrl-nacga | |
| 环二腺苷酸 | InvivoGen | tlrl-nacda | |
| 环二鸟苷酸 | InvivoGen | tlrl-nacdg | |
| 聚脱氧鸟苷酸-脱氧胞苷酸 | InvivoGen | tlrl-pgcn | |
| Y型DNA | InvivoGen | tlrl-ydna | |
| Cy5标记的2'3'-cGAMP | AAT Bioquest | -- | |
| N1-乙酰精胺 | TargetMol | T36416 | |
| N1-乙酰亚精胺 | TargetMol | T37170 | |
| CMA | Sigma-Aldrich | SML3185 | |
| DMXAA | Selleck Chemicals | S1537 | |
| SR-717 | MedChemExpress | HY-131454 | |
| 氯喹 | Selleck Chemicals | S6999 | |
| 抗体 | 抗磷酸化IRF-3抗体 | Cell Signaling Technology | 4947 |
| 抗IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 4302 | |
| 抗STING抗体 | Cell Signaling Technology | 50494 | |
| 抗磷酸化STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9167 | |
| 抗STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| 抗TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 3031S | |
| 抗SAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 61586 | |
| 抗磷酸化TBK1抗体 | Abcam | ab109272 | |
| 抗精胺抗体 | Abcam | ab26975 | |
| 抗小鼠β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-I-Ig | |
| 抗STING抗体 | Proteintech | 66680-1-Ig | |
| 抗TREX1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-133112 | |
| 动物实验 | 对照脂质体 | FormuMax | F70101F |
| 抗小鼠CD8α抗体 | Bio X Cell | -- | |
| IgG2α同型对照 | Bio X Cell | -- | |
| 蛋白检测 | 链霉亲和素琼脂糖树脂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 细胞培养 | 胶原酶I | Gibco | 17100017 |
| 胶原酶IV | Gibco | 17104019 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Solarbio | D8071-25 | |
| 代谢物分析 | 人内源性代谢物化合物库 | TargetMol | L2500 |
| 分子实验 | pCDNA3.1-C-FLAG-SAT1质粒 | Biosune Biotechnology | -- |
| 血凝实验 | 绵羊红细胞 | Solarbio | S9450 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞处理 | 多胺浓度、处理时间、细胞类型;2'3'-cGAMP刺激浓度和时间 阅读提示:Methods: Cell culture; 图1图注 |
| 模型建立 | 肿瘤细胞系、接种细胞数量、小鼠品系;DENSpm和cGAMP剂量及给药方案 阅读提示:Methods: Animal model; 图6E和图7B图注 |
| 分子机制验证 | ITC、分子动力学、分子对接的具体参数 阅读提示:Methods: Isothermal titration calorimetry, MD simulation, Molecular docking |
| 免疫分析 | 流式细胞术的抗体克隆、肿瘤消化方法;细胞因子ELISA试剂盒 阅读提示:Methods: In vivo analysis; Statistics |