招募参与者和收集数据
收集参与者的临床、饮食和粪便样本数据,为后续分析提供基础。
通过社交媒体和医院门诊招募健康对照、CD和UC患者,收集人口学、生活方式、临床和饮食数据,并在基线和6个月时收集粪便样本。
Distinct microbial mediators link diet to inflammation in Crohn's disease and ulcerative colitis
研究包含人体队列、粪便宏基因组测序和因果中介分析,属于观察性研究,缺乏干预性功能验证和机制验证。
健康对照人群 克罗恩病患者队列 溃疡性结肠炎患者队列
患者和对照的纳入标准(年龄>18岁,对照无抗生素使用史、无IBD等) 粪便样本采集方法(含97%乙醇的保存管,-80°C保存) DNA提取方法(国际人类微生物组标准) 测序平台(Illumina NovaSeq X Plus) 中介分析中的混杂因素(年龄、性别、BMI、吸烟、英夫利昔单抗、美沙拉嗪、近期抗生素使用)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集参与者的临床、饮食和粪便样本数据,为后续分析提供基础。
通过社交媒体和医院门诊招募健康对照、CD和UC患者,收集人口学、生活方式、临床和饮食数据,并在基线和6个月时收集粪便样本。
评估参与者的饮食质量,并比较不同组间的差异。
使用多种饮食指数(如aMED、HEI-2015、MAR等)和食物组、营养素摄入分析来评估饮食质量。
分析粪便样本的微生物组成和功能,评估多样性和菌群失调程度,并关联饮食和临床指标。
对粪便样本进行鸟枪法宏基因组测序,使用MetaPhlAn4和HUMAnN3进行物种和功能谱分析,计算α多样性、β多样性和菌群失调评分。
评估微生物特征是否介导饮食对炎症指标的影响。
使用因果中介分析,以饮食变量为暴露,微生物特征(多样性、菌群失调、特定类群)为中介,炎症指标(CRP、钙卫蛋白、HBI、CAI)为结局。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 微生物组分析 | Illumina Novaseq X Plus | Illumina | -- |
| DNA提取 | 国际人类微生物组标准方案 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 参与者招募 | 纳入标准:年龄>18岁,健康对照无抗生素使用史(3个月内)且无IBD等慢性疾病 阅读提示:Methods部分:Recruitment of participants |
| 粪便样本采集 | 样本保存方法:含97%乙醇的螺旋盖无菌管,家用冷冻保存,运输后-80°C储存 阅读提示:Methods部分:Metadata and sample collection |
| 微生物组测序 | DNA提取遵循国际人类微生物组标准,测序平台为Illumina NovaSeq X Plus,平均5.7 Gbp/样本 阅读提示:Methods部分:Microbiome analysis |
| 中介分析 | 混杂因素:年龄、性别、BMI、吸烟状态、英夫利昔单抗、美沙拉嗪和近期抗生素使用 阅读提示:Methods部分:Mediation analysis |