样本收集与 PBMC 分离
获取健康、OA 和 DMT 患者的外周血单个核细胞,用于免疫表型分析。
从健康供者、OA 患者和 DMT 患者收集全血,通过 Ficoll 密度梯度离心分离 PBMC,并冷冻保存。
Multiparametric Profiling of Circulating Immune Cells Identifies an Expansion of CD25high Switched Memory B Cells in Osteoarthritis
包含多层级验证:cyTOF 免疫表型分析、单细胞 RNA 测序、独立验证队列、DMT 高风险人群对比分析,并进行了功能通路富集分析。
外周血单个核细胞(PBMC) B 细胞富集后的 PBMC 早期及中度 OA 患者样本 退行性半月板撕裂(DMT)患者样本
OA 患者(n=17)和健康对照(n=21)的 PBMC cyTOF 使用 29 标记抗体面板进行免疫分型 单细胞 RNA 测序验证 B 细胞亚群 独立验证队列(5 例 OA,6 例健康) DMT 患者(n=10)作为 OA 风险人群
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取健康、OA 和 DMT 患者的外周血单个核细胞,用于免疫表型分析。
从健康供者、OA 患者和 DMT 患者收集全血,通过 Ficoll 密度梯度离心分离 PBMC,并冷冻保存。
识别 OA 与健康对照之间的免疫细胞亚群差异。
使用 29 标记抗体面板对 PBMC 进行染色,进行质谱流式细胞术(cyTOF)分析,并进行手动门控或 FlowSOM 聚类。
验证 cyTOF 结果,并揭示 OA 中扩增的 B 细胞亚群的转录组特征。
从 OA 和健康样本中分离 B 细胞,进行单细胞 RNA 测序,并使用 Seurat 分析聚类和差异表达。
在独立的患者队列中验证 CD25hi 类别转换记忆 B 细胞扩增的发现。
对新收集的 OA 和健康对照 PBMC 进行 cyTOF 分析,并检查 B 细胞亚群的变化。
评估 OA 风险人群(DMT)中是否出现类似 OA 的免疫特征。
对 DMT 患者的 PBMC 进行 cyTOF 分析,并与 OA 和健康对照比较 B 细胞和 CD4T 细胞亚群频率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PBMC 分离 | Ficoll-Paque Plus | GE Healthcare | -- |
| ACK 裂解缓冲液 | Gibco | -- | |
| 细胞冻存 | 二甲基亚砜 | -- | -- |
| 质谱流式染色 | 顺铂 | -- | -- |
| Maxpar 人免疫监测面板试剂盒 | Fluidigm | 210324 | |
| Cell-ID 20 重条形码试剂盒 | Fluidigm | -- | |
| Cell-ID 嵌入剂 | Fluidigm | -- | |
| EQ 四元素校准微球 | Fluidigm | -- | |
| 质谱流式检测 | CyTOF2 质谱流式细胞仪 | Fluidigm | -- |
| B 细胞分选 | 人泛 B 细胞分选试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-101-638 |
| 单细胞 RNA 测序 | Evercode WT Mini v1 试剂盒 | Parse Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PBMC 分离 | Ficoll 密度梯度离心参数(200g 10 分钟、1000g 15 分钟),ACK 裂解缓冲液处理,冷冻保存条件(FBS+20% DMSO) 阅读提示:在 Materials and Methods 的 'Peripheral blood collection and PBMC isolation' 部分 |
| 质谱流式细胞术 | 29 标记抗体面板,顺铂染色浓度(10μM)和时间(5 分钟),条形码试剂盒,CyTOF2 仪器,批次效应校正方法 阅读提示:在 Materials and Methods 的 'PBMC staining and mass cytometry' 部分 |
| 单细胞 RNA 测序 | B 细胞分离试剂盒(Human Pan B cell isolation kit),文库制备试剂盒(Evercode WT Mini v1),测序平台和分析流程(过滤条件:>5000 特征和 >20000 转录本,线粒体读段 <15%) 阅读提示:在 Materials and Methods 的 'B cell isolation' 和 'Single cell (sc) RNA library preparation, sequencing and analyses' 部分 |
| 验证队列 | 验证队列的样本量(5 例 OA,6 例健康),患者纳入标准 阅读提示:在 Materials and Methods 的 'Validation cohort' 部分和 Figure S7 相关描述 |