人类血浆蛋白质组学分析
鉴定卡路里限制(CR)对人类外泌蛋白组的影响,并寻找与长寿相关的关键通路。
对CALERIE试验42名参与者基线及2年14% CR后的血浆样本进行SomaScan 7K蛋白质组学分析,鉴定差异表达蛋白,进行通路富集和器官年龄预测分析。
Exoproteome of calorie-restricted humans identifies complement deactivation as an immunometabolic checkpoint reducing inflammaging
结合人类CALERIE试验血浆蛋白质组学、小鼠模型(C57BL/6N/J)、scRNA-seq、BMDM体外实验、VAT外植体、体内抗体中和实验等多个独立证据层级,并包含功能验证(C3a中和)和机制验证(ERK/STAT3通路)。
CALERIE-II试验人类血浆样本(n=42/组) C57BL/6N小鼠(NIA)和C57BL/6J小鼠(Jackson实验室) 骨髓来源巨噬细胞(BMDM) 小鼠内脏脂肪组织(VAT)外植体
CALERIE试验参与者接受14% CR干预2年,血浆样本纵向收集(基线及2年后) 小鼠品系(C57BL/6N或C57BL/6J)及年龄(3-5个月 vs 20-24个月) C3a中和抗体或同型对照的剂量(4 µg/脂肪垫)及给药方式(腹腔内注射) BMDM处理条件:重组C3a(20 ng/ml)和LPS(500 ng/ml),U0126(2.5 µM)和S3I-201(25 µM)预处理 体内抗体中和实验在20个月龄雄性C57BL/6N小鼠中进行,处理后3天处死
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定卡路里限制(CR)对人类外泌蛋白组的影响,并寻找与长寿相关的关键通路。
对CALERIE试验42名参与者基线及2年14% CR后的血浆样本进行SomaScan 7K蛋白质组学分析,鉴定差异表达蛋白,进行通路富集和器官年龄预测分析。
确证CR对人类补体通路,特别是C3a水平的抑制作用,并评估其独立性。
对血浆蛋白质组学数据进行GSEA和IPA分析,评估补体成分变化;使用ELISA验证CR对C3和C3a水平及C3a/C3比值的影响。
确定衰老过程中循环C3a升高的主要组织来源,特别是评估内脏脂肪组织(VAT)的作用。
比较不同年龄人类和小鼠血清中C3和C3a水平;对小鼠多种组织进行C3蛋白免疫印迹分析,重点比较肝脏和VAT;利用scRNA-seq和流式细胞术鉴定VAT中表达C3的细胞亚群。
阐明C3a在巨噬细胞中介导炎症的信号机制。
使用BMDM和原代ATM,检测重组C3a对ERK和STAT3通路的影响;使用抑制剂(U0126和S3I-201)确定信号通路的上下游关系;评估C3a对炎症因子(IL-1β、IL-6)产生的影响。
验证C3a中和是否能减轻老年小鼠的炎症衰老,并评估其免疫代谢效应。
对20个月龄老年小鼠进行腹腔内注射C3a特异性中和抗体或同型对照,评估对血清炎症因子、VAT信号通路和免疫细胞组成的影响。
探索已知延长寿命的遗传干预(FGF21过表达、PLA2G7缺陷)是否与C3a降低相关。
检测24个月龄FGF21-Tg和PLA2G7-KO小鼠及对照组VAT中C3蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质组学分析 | SomaScan 7K 蛋白质组学分析 | SomaLogic | -- |
| ELISA | C3 ELISA试剂盒 | Abcam | -- |
| C3a ELISA试剂盒 | Hycult Biotech | -- | |
| 小鼠C3 ELISA试剂盒 | Abcam | -- | |
| 小鼠C3a ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 小鼠Quantikine ELISA试剂盒 | R&D Systems | -- | |
| Western blot | 抗补体C3抗体 | Abcam | ab200999 |
| 抗C1QA抗体 | Abcam | ab155052 | |
| 因子D/Adhipsin抗体 | R&D Systems | MAB5430-SP | |
| 磷酸化STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| 总STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 4904 | |
| 磷酸化Erk抗体 | Cell Signaling Technology | 4377S | |
| 总Erk抗体 | Cell Signaling Technology | 4695S | |
| HSP-90抗体 | Proteintech | 60318-1-Ig | |
| β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4967L | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞培养 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| II型胶原酶 | -- | -- | |
| 汉克斯平衡盐溶液 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | ViaKrome 808 可固定活力染料 | Beckman Coulter | C36628 |
| Live/Dead可固定Aqua死细胞染色试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | L34957 | |
| Fc受体(CD16/32)阻断剂 | Invitrogen | 14-0161-86 | |
| eBioscience Foxp3/转录因子染色缓冲液套装 | Thermo Fisher Scientific | 00-5523-00 | |
| LSR II 或 Symphony 流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| FlowJo软件 | TreeStar | -- | |
| 体外实验 | 游离脂肪酸检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 重组C3a蛋白 | -- | -- | |
| 脂多糖 | -- | -- | |
| ERK抑制剂U0126 | -- | -- | |
| STAT3抑制剂S3I-201 | -- | -- | |
| 体内实验 | C3a中和抗体 | -- | -- |
| 细胞分选 | 抗小鼠F4/80-APC抗体 | Thermo Fisher Scientific | 17-4801-82 |
| 抗APC磁珠 | Miltenyi Biotec | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人类血浆蛋白质组学分析 | 参与者的年龄范围、BMI、CR干预百分比、样本收集时间点、SomaScan 7K assay的批次效应、质量控制标准、差异表达分析的统计模型(limma)、器官年龄预测算法(organage)的版本和参数。 阅读提示:Methods: SomaScan 7K assay, Human participants; Figure 1 legend |
| 补体通路及C3a水平验证 | GSEA数据库版本(GO BP, KEGG)、IPA软件版本及参数、ELISA试剂盒的灵敏度和特异性、用于相关性分析的统计方法(线性回归)、BMI分层的具体标准。 阅读提示:Methods: ELISA and Luminex, IPA; Results section 'CR downregulates C3a level independently of BMI'; Figure 3 legend |
| 衰老相关C3a来源鉴定 | 人类血清样本的年龄分组、小鼠品系(C57BL/6N/J)、年龄分组、组织收集和裂解的具体步骤、用于Western blot的抗体及稀释比例、scRNA-seq的数据处理流程、流式细胞术的门控策略及抗体克隆号。 阅读提示:Methods: Mice, Immunoblot, Adipose tissue digestion and flow cytometry analysis; Figure 4 and Extended Data Fig. 6 legends |
| 巨噬细胞C3a信号机制研究 | BMDM的制备方法、重组C3a蛋白的活性及浓度、LPS的浓度及预处理时间、U0126和S3I-201的浓度及预处理时间、Western blot检测的蛋白及抗体、ELISA检测的细胞因子及标准曲线。 阅读提示:Methods: BMDM culture; Figure 5 legend |
| 体内验证C3a抑制作用 | 小鼠的年龄、性别、品系、随机分组方法、抗体剂量和注射部位、处理持续时间(3天)、血清采集方法、用于ELISA和Western blot的试剂及检测指标、流式细胞术分析的免疫细胞类型及标记物。 阅读提示:Methods: Mice, ELISA and Luminex, Adipose tissue digestion and flow cytometry analysis; Figure 6 and Extended Data Fig. 8 legends |
| 遗传模型关联分析 | FGF21-Tg和PLA2G7-/-小鼠的构建方法、年龄、性别、组织收集方法、Western blot检测的C3蛋白及抗体、对照组的匹配情况。 阅读提示:Results section 'Inhibition of complement C3a and C3 reduces inflammaging'; Figure 6 o-p and Extended Data Fig. 9 legends |