DNA甲基化谱分析
探索肿瘤的分子异质性并识别亚组
提取200例肿瘤的DNA,使用Illumina Human Methylation 450k或850k/EPIC BeadChip阵列进行甲基化谱分析,并进行t-SNE聚类分析。
Molecular and clinical stratification of astroblastomas: Three distinct fusion-defined groups informing risk-adapted treatment strategies
包含来自200例肿瘤的DNA甲基化谱分析、转录组测序/表达谱、DNA panel测序及生存分析等多层级数据,并进行了功能验证(如放疗效果)。
200例星形母细胞瘤患者队列 DNA甲基化数据 RNA测序/基因表达谱
DNA甲基化分类器得分>0.9 基因融合类型(MN1::BEND2、EWSR1::BEND2、MN1::CXXC5) 年龄范围0-48岁,中位11岁 生存分析使用PFS和OS 治疗方式(放疗、化疗、手术)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索肿瘤的分子异质性并识别亚组
提取200例肿瘤的DNA,使用Illumina Human Methylation 450k或850k/EPIC BeadChip阵列进行甲基化谱分析,并进行t-SNE聚类分析。
分析亚组间的基因表达差异
对27例样本进行RNA测序和基因表达谱分析,验证甲基化分组,并识别亚组特异性标记基因。
评估分子亚组与临床结局的关系
收集105例患者的临床和生存数据,使用Kaplan-Meier估计和Cox比例风险模型分析PFS和OS,并评估治疗干预的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA甲基化分析 | Illumina Human Methylation 450k BeadChip | Illumina | -- |
| Illumina Human Methylation 850k/EPIC BeadChip | Illumina | -- | |
| RNA测序 | Illumina HiSeq4000 | Illumina | -- |
| 基因表达谱分析 | Affymetrix GeneChip Human Genome U133Plus2.0 | Affymetrix | -- |
| 生存分析 | SPSS版本28 | IBM | -- |
| 生存分析绘图 | GraphPad Prism | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| DNA甲基化分析 | DNA甲基化阵列平台(450k/EPIC)、样本数量、聚类算法 阅读提示:Materials and Methods: DNA Methylation Profiling, Unsupervised Clustering Analyses |
| 转录组分析 | RNA测序平台、基因表达谱平台、样本数量、融合检测方法 阅读提示:Materials and Methods: RNA Sequencing, Gene Expression Profiling, and DNA Sequencing |
| 生存分析 | 临床数据收集方式、随访时间、治疗分配、样本量 阅读提示:Materials and Methods: Clinical Data and Survival Analyses |