CAMK2D剪接分析
比较RBM20功能缺失后小鼠和人类心脏中CAMK2D剪接变异体的变化。
利用已有RNA-seq数据,分析Rbm20 KO、Rbm20-p.Pro635Leu和p.Arg636Gln KI小鼠以及携带RBM20致病变异的人iPSC-CM中CAMK2D剪接变异体的表达比例。
CAMK2D causes heart failure in mice with RBM20 cardiomyopathy
包含Rbm20/Camk2d DKO小鼠遗传挽救、AAV9介导的剪接变异体回补、磷酸化蛋白质组学及hesperadin药理学抑制等多层级验证。
Rbm20/Camk2d双敲除小鼠 Rbm20敲除小鼠 Rbm20-p.Arg636Gln敲入小鼠 人诱导多能干细胞来源的心肌细胞
Rbm20敲除与Camk2d敲除的遗传背景(FVB vs C57BL/6N) AAV9注射剂量及途径(2×10^12病毒基因组,视网膜后注射) hesperadin给药剂量(2.5或5 μg/kg体重,每日腹腔注射) 心律失常诱导方案(肾上腺素2 mg/kg和咖啡因120 mg/kg)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较RBM20功能缺失后小鼠和人类心脏中CAMK2D剪接变异体的变化。
利用已有RNA-seq数据,分析Rbm20 KO、Rbm20-p.Pro635Leu和p.Arg636Gln KI小鼠以及携带RBM20致病变异的人iPSC-CM中CAMK2D剪接变异体的表达比例。
评估去除CAMK2D是否能够减轻Rbm20 KO小鼠的心脏表型。
通过Rbm20 KO和Camk2d KO小鼠杂交获得Rbm20/Camk2d DKO小鼠,并通过组织学、超声心动图和压力-容积环分析评估心脏结构和功能。
确定DKO是否对致死性心律失常具有保护作用。
通过注射肾上腺素和咖啡因诱导心律失常,监测小鼠24小时存活率。
检测Rbm20 KO心脏中CAMK2D活性是否增加,以及DKO是否将其正常化。
对WT、Rbm20 KO、Camk2d KO和DKO心脏进行磷酸化蛋白质组学分析,鉴定Rbm20 KO中磷酸化增加但DKO中恢复的位点,并注释已知或预测的CAMK2靶标。
确定哪个CAMK2D剪接变异体(如果有)足以在DKO小鼠中重新引入心脏功能障碍。
通过AAV9载体在DKO小鼠心脏中过表达单个FLAG标记的CAMK2D剪接变异体(δA、δB、δC、δ4、δ9),注射后4周进行超声评估心脏功能。
评估小分子CAMK2抑制剂hesperadin对Rbm20-p.Arg636Gln KI小鼠心脏功能障碍的治疗潜力。
对8周龄杂合子Rbm20-p.Arg636Gln KI小鼠每日腹腔注射载体或hesperadin(2.5或5 μg/kg体重),治疗4周,期间多次超声评估心脏功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 异氟烷 | Baxter Deutschland | -- |
| 超声心动图 | Vevo 2100或3100成像系统 | FUJIFILM VisualSonics | -- |
| 压力-容积环 | MPVS Ultra系统 | Millar Instruments | -- |
| 单细胞力测量 | Aurora Scientific力传感器和伺服电机 | Aurora Scientific | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | -- |
| RT-PCR | primaREVERSE逆转录试剂盒 | Steinbrenner Laborsysteme | SL-9540-1000 |
| HOT FIREPol DNA聚合酶 | Solis BioDyne | -- | |
| qPCR | PowerUp SYBR Green预混液 | Thermo Fisher | -- |
| Lightcycler 480 II系统 | Roche | -- | |
| RNA-seq文库构建 | SMART-Seq总RNA pico输入试剂盒 | Takara Bio | -- |
| 蛋白质提取 | 组织匀浆机II | Qiagen | -- |
| 蛋白质浓度测定 | BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Pierce | -- |
| Western blot | 抗CAMK2抗体 | BD Biosciences | 611293 |
| 抗GAPDH抗体 | Sigma | MAB374 | |
| 抗Flag抗体 | Sigma | F1804 | |
| 磷酸化蛋白质组学 | 蛋白酶抑制剂混合物 | MilliporeSigma | S8820 |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | MilliporeSigma | P5726 | |
| 赖氨酰内肽酶(Lys-C) | FUJIFILM Wako Pure Chemicals | -- | |
| 胰蛋白酶 | MilliporeSigma | -- | |
| Sep-Pak C18色谱柱 | Waters | -- | |
| High-Select TiO2磷酸肽富集试剂盒 | Thermo Fisher | A32993 | |
| Easy nLC 1000高效液相色谱系统 | Thermo Fisher | -- | |
| Q Exactive Plus质谱仪 | Thermo Fisher | -- | |
| MaxQuant软件 | -- | -- | |
| KingFisher Apex平台 | Thermo Fisher | -- | |
| Fe-NTA磁珠 | Cube Biotech | -- | |
| TMTpro标记试剂 | Thermo Fisher | -- | |
| 免疫组化 | 抗RBM20抗体 | Thermo Fisher | PA5-58068 |
| 抗α-肌动蛋白抗体 | Sigma | A7811 | |
| DAPI | Sigma | -- | |
| 组织学 | HistoCore PEARL组织脱水机 | Leica Biosystems | -- |
| H&E快速染色试剂盒 | Carl Roth | -- | |
| 天狼星红溶液 | ScyTek Laboratories | -- | |
| Axioscan切片扫描仪 | ZEISS | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | Rbm20 KO (FVB背景)、Camk2d KO (C57BL/6N背景)、Rbm20-p.Arg636Gln KI (C57BL/6J背景),DKO由Rbm20 KO与Camk2d KO杂交获得 阅读提示:见Methods 'Animal experiments' |
| 超声心动图 | 麻醉:1-1.5%异氟烷;成像系统:Vevo 2100或3100;探头MS400;参数:EF、LVIDd、E/e';计算使用Teicholz公式,至少5个心动周期 阅读提示:见Methods 'Echocardiography and catecholamine challenge' |
| 心律失常诱导 | 剂量:肾上腺素2 mg/kg体重、咖啡因120 mg/kg体重,腹腔注射(雄性小鼠) 阅读提示:见Methods 'Echocardiography and catecholamine challenge' |
| 压力-容积环分析 | 麻醉:5%异氟烷诱导,1.5%维持;导管:1.4-F (SPR 839);通过下腔静脉阻断获取负荷无关参数 阅读提示:见Methods 'Pressure–volume loops' |
| 皮肤心肌细胞力测量 | 肌节长度:1.8 μm和2.2 μm;溶液成分:如Methods所述(2 mM Mg2+, 10 mM MgATP, 20 mM EGTA等);pH 7.1, 15°C;离子强度180 mM 阅读提示:见Methods 'Isometric force measurements in skinned cardiomyocytes' |
| AAV9注射 | 剂量:2×10^12病毒基因组;途径:视网膜后注射;心脏特异性启动子:人肌钙蛋白T启动子;实验终点:4周后超声及取材 阅读提示:见Methods 'AAV generation and injection' |
| hesperadin治疗 | 剂量:2.5 μg/kg或5 μg/kg体重;溶剂:5% DMSO, 40% PEG300, 5% Tween 80, 50% ddH2O;途径:腹腔注射每日一次;周期:4周 阅读提示:见Methods 'Animal experiments' |