单细胞和TCR图谱揭示不可逆电穿孔治疗前列腺癌前后外周免疫重塑的首个人体研究

First-in-human single-cell and TCR atlas reveals peripheral immune remodeling before and after irreversible electroporation in prostate cancer

作者信息Jia-Cheng Xiang, Zhi-Yu Xia, Jian-Xuan Sun, Gui-Chen Ye, Yuan Wang, Jun Yang, Shao-Gang Wang, Qi-Dong Xia
PMID42128518
发布时间2026-05-13
DOI10.1136/jitc-2025-014288

实验完整度

研究为5例患者的前瞻性配对样本分析,包含scRNA-seq和TCR测序,并有多个生物信息学分析,但缺乏功能验证和动物实验等独立证据层级。

主要模型

外周血单个核细胞(PBMC) CD8+ T细胞亚群 CD56+ NK细胞亚群 非经典单核细胞

重点核对

研究队列:5例局限性前列腺癌患者(T2a-T2c) 样本采集时间:术前1天和术后7天 配对设计:每位患者作为自身对照 单细胞RNA测序和TCR测序(10x Genomics平台) 数据过滤标准:基因数200-5000,UMI数500-7500,线粒体基因<10% 组间比较:配对患者内(post vs pre)比较

摘要

背景:前列腺癌(PCa)是全球男性第二常见的恶性肿瘤。尽管根治性前列腺切除术能有效控制肿瘤进展,但常导致尿失禁和性功能障碍等并发症。不可逆电穿孔(IRE)是一种保留神经血管结构的非热消融技术,已成为一种有前景的局灶治疗,并可能通过免疫原性细胞死亡诱导系统性抗肿瘤免疫。然而,IRE在人体中引起的系统性免疫反应的机制和时间动态仍不清楚。方法:这项前瞻性研究纳入了5例局限性PCa(T2a–T2c)患者。在IRE治疗前和治疗后7天采集外周血样本。进行单细胞RNA测序和T细胞受体(TCR)谱分析(10x Genomics),以构建高分辨率的免疫图谱。整合生物信息学分析——包括Seurat/Harmony聚类、差异表达、功能富集、基因集变异分析、转录因子分析、细胞间通讯(CellChat)和克隆追踪(Immunarch/scRepertoire)——用于表征IRE后的系统性免疫调节。结果:IRE诱导外周免疫图谱的双向重塑。髓系细胞,尤其是非经典单核细胞,比例增加,并表现出炎症(白细胞介素-27)、抗病毒、补体和抗原呈递通路的激活。T细胞下降,并表现出与激活和增殖相关的转录程序减少,同时生存相关信号增强,这与第7天外周适应性免疫的相对静止状态一致。自然杀伤细胞显示出细胞毒性活性升高。TCR分析显示多样性增加和抗原驱动的克隆扩增,而细胞间通讯转向促炎(TNF/SELPLG)并远离抗原呈递(主要组织相容性复合体(MHC)-I/CD40)相互作用,表明先天-适应性免疫的协调再平衡。结论:这项研究首次使用单细胞分析绘制了前列腺癌IRE后的系统性免疫动态。IRE后1周,外周血单核细胞表现出强烈的先天激活,同时循环T细胞激活/增殖减弱,MHC-I/CD40相关通讯减少,与时间依赖的系统性免疫再平衡阶段一致,而非血液中持续的适应性激活高峰。这些发现支持时间分辨的免疫监测,并可能有助于优化基于IRE的联合免疫治疗的时机。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
不可逆电穿孔(IRE)治疗后,前列腺癌患者外周血免疫系统如何重塑?
核心机制
IRE诱导免疫原性细胞死亡,释放损伤相关分子模式(DAMPs)和肿瘤相关抗原,激活干扰素信号通路和先天免疫(髓系细胞和NK细胞),同时外周T细胞处于相对静息/再平衡状态,TCR克隆扩增,细胞间通讯从抗原呈递转向促炎信号。
主要证据
基于5例患者的配对PBMC scRNA-seq和TCR测序数据,发现非经典单核细胞比例增加并激活炎症通路,T细胞激活/增殖相关程序下调但生存信号增强,NK细胞细胞毒性增强,TCR多样性和克隆扩增增加,细胞间通讯中MHC-I/CD40信号减弱而TNF/SELPLG信号增强。
研究意义
首次绘制了人类前列腺癌IRE后外周免疫重塑的单细胞图谱,支持时间分辨的免疫监测,并为优化IRE联合免疫治疗(如检查点阻断)的时机提供理论依据。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

患者入组与样本采集

收集局限性前列腺癌患者IRE治疗前后的外周血样本,以构建配对单细胞图谱。

纳入5例符合标准的患者,于术前1天和术后7天采集外周血,分离PBMC。

2

单细胞RNA测序和TCR测序

获得PBMC的单细胞转录组和TCR序列信息。

使用10x Genomics平台进行scRNA-seq和V(D)J富集测序,经质控和标准化处理。

3

细胞亚群鉴定与差异分析

识别并注释主要免疫细胞类型,并比较治疗前后的转录变化。

使用Seurat、Harmony、scMayoMap和ACT注释细胞类型,通过差异表达、GSVA、转录因子分析等评估功能变化。

4

TCR克隆分析

评估IRE治疗前后TCR库的克隆多样性和扩增情况。

使用Immunarch和scRepertoire分析TCR克隆丰度、多样性、CDR3长度等。

5

细胞间通讯分析

推断IRE治疗前后免疫细胞间的信号网络变化。

使用CellChat分析所有细胞亚群间的配体-受体相互作用,比较治疗前后的通讯强度和路径变化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Ficoll淋巴细胞分离液SolarbioP4350
RPMI 1640培养基----
牛血清白蛋白----
Chromium控制器10x Genomics--
Chromium芯片B10x Genomics--
DynaBeads硅烷磁珠----
SPRIselect磁珠----
Qubit荧光定量仪----
Agilent生物分析仪Agilent--
Illumina NovaSeq 6000测序仪Illumina--
Chromium单细胞V(D)J富集试剂盒,人T细胞10x Genomics--
Next GEM单细胞5'试剂盒V.210x Genomics--
G1复合陡脉冲治疗设备Shanghai Ruidao Medical--
一次性电极----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
患者入组
纳入标准(肿瘤分期、大小、排除标准)、样本量5例
阅读提示:在线补充表S1及方法部分
样本采集
采集时间(术前1天和术后7天)、用EDTA管、采血量5 mL
阅读提示:方法部分“Sample collection and PBMCs isolation”
PBMC分离
Ficoll分离步骤、保存条件(-80°C)
阅读提示:方法部分“Sample collection and PBMCs isolation”
单细胞测序
10x Genomics平台、细胞浓度、建库试剂盒、测序平台和读长
阅读提示:方法部分“Single-cell RNA sequencing of PBMCs”和“TCR immunorepertoire sequencing”
数据分析
质控标准(基因数、UMI、线粒体比例)、聚类参数、差异分析阈值、GSVA参数、CellChat参数、SCENIC参数
阅读提示:方法部分“Upstream analysis”、“Standardized processing”、“Differential analysis”、“GSVA”、“Cell chat”、“Transcription factor”