患者入组与样本采集
收集局限性前列腺癌患者IRE治疗前后的外周血样本,以构建配对单细胞图谱。
纳入5例符合标准的患者,于术前1天和术后7天采集外周血,分离PBMC。
First-in-human single-cell and TCR atlas reveals peripheral immune remodeling before and after irreversible electroporation in prostate cancer
研究为5例患者的前瞻性配对样本分析,包含scRNA-seq和TCR测序,并有多个生物信息学分析,但缺乏功能验证和动物实验等独立证据层级。
外周血单个核细胞(PBMC) CD8+ T细胞亚群 CD56+ NK细胞亚群 非经典单核细胞
研究队列:5例局限性前列腺癌患者(T2a-T2c) 样本采集时间:术前1天和术后7天 配对设计:每位患者作为自身对照 单细胞RNA测序和TCR测序(10x Genomics平台) 数据过滤标准:基因数200-5000,UMI数500-7500,线粒体基因<10% 组间比较:配对患者内(post vs pre)比较
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集局限性前列腺癌患者IRE治疗前后的外周血样本,以构建配对单细胞图谱。
纳入5例符合标准的患者,于术前1天和术后7天采集外周血,分离PBMC。
获得PBMC的单细胞转录组和TCR序列信息。
使用10x Genomics平台进行scRNA-seq和V(D)J富集测序,经质控和标准化处理。
识别并注释主要免疫细胞类型,并比较治疗前后的转录变化。
使用Seurat、Harmony、scMayoMap和ACT注释细胞类型,通过差异表达、GSVA、转录因子分析等评估功能变化。
评估IRE治疗前后TCR库的克隆多样性和扩增情况。
使用Immunarch和scRepertoire分析TCR克隆丰度、多样性、CDR3长度等。
推断IRE治疗前后免疫细胞间的信号网络变化。
使用CellChat分析所有细胞亚群间的配体-受体相互作用,比较治疗前后的通讯强度和路径变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离 | Ficoll淋巴细胞分离液 | Solarbio | P4350 |
| 细胞培养/保存 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 细胞保存 | 牛血清白蛋白 | -- | -- |
| 单细胞RNA测序 | Chromium控制器 | 10x Genomics | -- |
| Chromium芯片B | 10x Genomics | -- | |
| DynaBeads硅烷磁珠 | -- | -- | |
| SPRIselect磁珠 | -- | -- | |
| Qubit荧光定量仪 | -- | -- | |
| Agilent生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| TCR测序 | Chromium单细胞V(D)J富集试剂盒,人T细胞 | 10x Genomics | -- |
| Next GEM单细胞5'试剂盒V.2 | 10x Genomics | -- | |
| IRE治疗 | G1复合陡脉冲治疗设备 | Shanghai Ruidao Medical | -- |
| 一次性电极 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者入组 | 纳入标准(肿瘤分期、大小、排除标准)、样本量5例 阅读提示:在线补充表S1及方法部分 |
| 样本采集 | 采集时间(术前1天和术后7天)、用EDTA管、采血量5 mL 阅读提示:方法部分“Sample collection and PBMCs isolation” |
| PBMC分离 | Ficoll分离步骤、保存条件(-80°C) 阅读提示:方法部分“Sample collection and PBMCs isolation” |
| 单细胞测序 | 10x Genomics平台、细胞浓度、建库试剂盒、测序平台和读长 阅读提示:方法部分“Single-cell RNA sequencing of PBMCs”和“TCR immunorepertoire sequencing” |
| 数据分析 | 质控标准(基因数、UMI、线粒体比例)、聚类参数、差异分析阈值、GSVA参数、CellChat参数、SCENIC参数 阅读提示:方法部分“Upstream analysis”、“Standardized processing”、“Differential analysis”、“GSVA”、“Cell chat”、“Transcription factor” |