意大利Candidozyma auris基因组图谱，2019至2025年：与跨机构传播和跨国转移相关的clade I亚谱系的新兴多样性

背景 Candidozyma auris是一种主要关注的真菌病原体，经常表现出多重耐药性，并在全球引起医疗相关爆发。意大利在2020年初经历了一次大规模的医院内爆发，随后在不同地区出现了散发病例或小规模聚集。 目的 提供意大利C. auris种群结构、基因组多样性和传播的概述。 方法 从公共数据库获得意大利C. auris分离株（n=68）的基因组序列，或通过全基因组测序获得来自先前未表征和/或近期出现（2025）的病例（n=17）的可用分离株。该序列数据集辅以国际分离株（n=139）的全基因组序列，以基于核心基因组单核苷酸多态性进行全球系统发育分析。研究了与抗真菌耐药性相关的基因突变。 结果 所有意大利分离株属于clade I（南亚），但散布在不同亚支中。亚支Ic分离株为单一谱系，其特征在于HMG1P238H突变。该谱系传播到四个地区。亚支Ib成员更多样化，与本地或输入性散发病例以及来自南欧国家零星、独立的C. auris输入后的医院内聚集相关。发现了一个推定的新亚支（Id），涉及来自意大利和东欧一个国家的分离株。亚支Ib-c-d在抗真菌耐药相关位点（CDR1、ERG11、TAC1B）表现出谱系特异性遗传特征。 结论 在意大利，C. auris菌株形成一个复杂种群，这是clade I亚谱系出现或进化的结果，在某些情况下来自其他欧洲国家的零星输入。对于跨机构转移和先前有国外医疗暴露的患者，加强筛查方案仍然至关重要。