2019-2025年意大利Candidozyma auris的基因组景观：与医疗机构间传播和跨境转移相关的I分支亚系多样性涌现

背景：Candidozyma auris是一种备受关注的真菌病原体，常表现出多重耐药性并在全球范围内引发医疗相关疫情。意大利在2020年初经历了一次大规模的医院内暴发，随后在不同地区出现了零星病例或小型聚集性病例。目的：概述意大利C. auris的种群结构、基因组多样性及其传播情况。方法：通过从公共数据库获取或对来自先前未表征和/或近期出现（2025年）病例的可用分离株（n = 17）进行全基因组测序，获得了意大利C. auris分离株（n = 68）的基因组序列。该序列数据集补充了国际分离株（n = 139）的全基因组序列，以基于核心基因组单核苷酸多态性进行全球系统发育分析。研究了与抗真菌耐药相关的基因突变。结果：所有意大利分离株均属于进化支I（南亚支系），但分散在不同的亚支中。亚支Ic的分离株为单一谱系，其特征为HMG1P238H突变。该谱系在四个地区传播。亚支Ib的成员更为多样，并与本地或输入的单个病例以及来自南欧国家的零星、独立的C. auris输入后引发的医院内聚集性病例相关。发现了一个可能的新亚支（Id），涉及来自意大利和一个东欧国家的分离株。亚支Ib-c-d在抗真菌耐药相关位点（CDR1、ERG11、TAC1B）中表现出谱系特异的遗传特征。结论：在意大利，C. auris菌株形成了一个复杂的种群，这是由于在某些情况下从其他欧洲国家零星输入后，进化支I的亚谱系出现或演变的结果。加强筛查协议对于机构间转移以及曾在国外接受过医疗服务的患者仍然至关重要。