单细胞转录组分析
鉴定正常皮肤和增生性瘢痕中血管内皮细胞的异质性,并揭示其与血管生成的相关性。
对3例NS和3例HS样本进行scRNA-seq,并与公共数据集GSE156326整合,通过UMAP聚类和差异表达分析,发现血管内皮细胞亚群及其血管生成相关基因表达上调。
Modulating hypertrophic scar formation by targeting endothelial transient receptor potential vanilloid-1/nuclear factor kappa-B/interleukin-6 axis to regulate angiogenesis
包含单细胞及批量RNA测序、临床样本分析、兔耳体内模型和HUVEC体外功能验证,并有机制干预(siRNA、抑制剂)和多层级验证。
人增生性瘢痕组织及正常皮肤样本 兔耳增生性瘢痕模型 人脐静脉内皮细胞(HUVECs) 人包皮成纤维细胞(HFF-1)
人HS与NS样本中TRPV1、CD31、NF-κB、IL-6的表达差异(IHC、WB、qPCR) 兔耳HS模型中CAP剂量(0、50、100、200 mg/kg)对瘢痕形成及血管生成的影响 RTX消融TRPV1对CAP诱导效应的逆转作用 HUVECs中CAP处理浓度(0、5、15、25、35 μM)对增殖、凋亡、迁移和管形成的影响 si-NF-κB及BAY11-7082抑制NF-κB后IL-6/STAT3通路及血管生成标志物的变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定正常皮肤和增生性瘢痕中血管内皮细胞的异质性,并揭示其与血管生成的相关性。
对3例NS和3例HS样本进行scRNA-seq,并与公共数据集GSE156326整合,通过UMAP聚类和差异表达分析,发现血管内皮细胞亚群及其血管生成相关基因表达上调。
验证TRPV1和血管生成标志物在人体HS与NS中的表达差异。
通过免疫荧光、Western blot和qPCR检测人皮肤样本中TRPV1、CD31、NF-κB、IL-6的表达。
评估TRPV1激活对HS形成和血管生成的影响。
在新西兰白兔耳建立HS模型,皮下注射不同剂量CAP(0、50、100、200 mg/kg),观察瘢痕形成、组织学和分子标记。
验证TRPV1消融是否可逆转CAP诱导的HS表型和血管生成。
使用RTX(30、70、100 μg/kg)连续皮下注射消融TRPV1,然后建立HS模型并加或不加CAP处理,评估瘢痕相关指标。
探究TRPV1激活对HUVECs生物学行为和血管生成功能的影响。
用不同浓度CAP处理HUVECs,检测细胞活力、增殖、凋亡、迁移和管形成能力,并检测血管生成相关基因和蛋白表达。
确定TRPV1下游关键信号通路及分子机制。
通过RNA-seq和GO/KEGG分析筛选下游通路,验证IL-6/STAT3和NF-κB通路在HUVECs和HS组织中的变化,并使用siRNA和抑制剂进行功能干预。
评估TRPV1/NF-κB/IL-6轴与HS血管化严重程度和预后的关系。
对20例HS患者样本进行IHC染色和VSS评分,进行相关性分析和ROC曲线评估预后价值。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 批量RNA测序 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596018 |
| 生物分析仪2100 | Agilent | -- | |
| RNA 6000 Nano LabChip试剂盒 | Agilent | 5067-1511 | |
| Ribo-Zero™ rRNA去除试剂盒 | EPICENTRE | -- | |
| 细胞培养 | 低糖培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | CellMax | -- | |
| 链霉素-青霉素溶液 | Gibco | -- | |
| 细胞活性检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | -- |
| 增殖检测 | Cell-Light EdU Apollo567体外试剂盒 | RiboBio | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC | Dojindo | -- |
| 碘化丙啶 | Dojindo | -- | |
| 流式分析 | NoveCyte 3000流式细胞仪 | Agilent Technologies | -- |
| 管形成实验 | Matrigel基质胶 | BD Biosciences | -- |
| ELISA | 人IL-6 ELISA试剂盒 | Proteintech | KE00139 |
| RNA干扰 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| NF-κB抑制 | BAY 11-7082 | Selleck Chemicals | -- |
| 重组蛋白处理 | 重组人IL-6 | MedChemExpress | -- |
| 动物实验 | 辣椒素 | Abcam | ab141000 |
| 树脂毒素 | Alomone Labs | R-400 | |
| 辣椒平 | MCE | HY-15640 | |
| 阿昔替尼 | Selleck Chemicals | AG-013736 | |
| 组织染色 | 马松三色染色 | -- | -- |
| 天狼星红染色 | -- | -- | |
| 免疫组化 | 抗α-SMA抗体 | Invitrogen | MA1-06110 |
| 山羊抗小鼠IgG-HRP二抗 | Abcam | ab6789 | |
| 抗CD31抗体 | Abcam | ab182981 | |
| 抗VEGFA抗体 | Abcam | ab1316 | |
| 抗TRPV1抗体 | Alomone | ACC030 | |
| 抗NF-κB p65抗体 | CST | 8242 | |
| 抗IL-6抗体 | CST | 12912 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488偶联山羊抗兔二抗 | Abcam | ab150077 |
| Alexa Fluor 594偶联山羊抗小鼠二抗 | Invitrogen | A-11005 | |
| DAPI | -- | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Fude Biotechnology | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 蛋白质印迹 | 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 |
| 抗α-SMA抗体 | Abcam | ab7817 | |
| 抗col1a1抗体 | Proteintech | 66761-1-Ig | |
| 抗VEGFR2抗体 | Invitrogen | MA5-15157 | |
| 抗CD31抗体 | Abcam | ab182981 | |
| 抗TRPV1抗体 | Abcam | ab305299 | |
| 抗IL-6抗体 | CST | 12912 | |
| 抗STAT3抗体 | CST | 4904 | |
| 抗磷酸化STAT3(Tyr705)抗体 | CST | 9145 | |
| 抗NF-κB p65抗体 | CST | 8242 | |
| 山羊抗兔IgG H&L二抗 | Abcam | ab6702 | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L二抗 | Abcam | ab6708 | |
| Odyssey CLx红外成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| RT-qPCR | FastKing cDNA合成试剂盒 | TIANGEN Biotech | -- |
| TB Green预混液 | Takara | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 组织处理 | RNAlater保存液 | Invitrogen | -- |
| 单细胞制备 | 死细胞去除磁珠 | Miltenyi | 130-090-101 |
| Miltenyi®死细胞去除试剂盒 | Miltenyi | 130-090-101 | |
| LS分离柱 | Miltenyi | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 转录组分析 | 单细胞和批量RNA测序的样本量(人NS n=3,HS n=3)、质控参数(基因数、UMI、线粒体比例)、差异表达阈值(|log2FC|>1且P<0.05) 阅读提示:Methods 的 'Single-cell RNA sequencing and analysis' 和 'Bulk RNA sequencing and analysis' 小节 |
| 动物模型建立 | 兔耳HS模型建立步骤:雌雄、周龄、手术方式(四个直径10mm伤口达软骨)、麻醉剂量(30mg/kg戊巴比妥钠) 阅读提示:Methods 的 'Animal models' 小节 |
| 体内给药方案 | CAP剂量(50、100、200 mg/kg)、RTX剂量(30、70、100 μg/kg)、CPZ浓度(40 μg/ml, 400 μg/ml, 4 mg/ml)、axitinib浓度(1.25 mg/ml),以及注射时间点(术前/术后周数) 阅读提示:Methods 的 'In vivo capsaicin and resiniferatoxin treatment'、'In vivo capsazepine treatment'、'In vivo axitinib treatment' 小节 |
| 体外细胞实验 | HUVECs培养条件(低糖DMEM、10%FBS、1%双抗)、CAP处理浓度(0、5、15、25、35 μM)、处理时间(24-72h)、Matrigel管形成实验接种密度和培养时间(1×10^4细胞/孔,4-8h) 阅读提示:Methods 的 'Cell culture'、'Cell viability analysis'、'EdU proliferation assay'、'Annexin V-FITC apoptosis assay'、'Cell migration test'、'Matrigel tube-formation assay' 小节 |
| 分子机制干预 | si-NF-κB序列、转染试剂及浓度(Lipofectamine 3000)、BAY11-7082浓度(5μM)和处理时间(2h)、rhIL-6浓度(4 ng/ml)和预处理时间(1h) 阅读提示:Methods 的 'RNA interference'、'NF-κB inhibitor BAY11-7082 treatment'、'Recombinant human IL-6 treatment' 小节 |