专业护理机构废水中碳青霉烯类耐药细菌的检测

背景：通过对医疗机构废水进行监测，以检测携带碳青霉烯酶基因的耐碳青霉烯类（CR）细菌，可能有助于更早地发现正在传播或新出现的抗菌素耐药性（AR）威胁。然而，关于医疗机构废水和管道中存在的CR细菌群落及碳青霉烯酶基因，目前仍存在知识空白，需要进一步研究。方法：在六个月内，每周从三家专业护理机构（SNFs）（美国佐治亚州）采集废水样本。评估了选择性显色培养基在筛选目标CR细菌方面的性能。采用依赖培养的方法和不依赖培养的方法（如PCR），对富集的废水样本（n = 73）进行筛选，检测分离株和混合样本中美国最常见的碳青霉烯酶基因（blaKPC、blaNDM、blaVIM、blaOXA-48-like和blaIMP），并比较了方法的敏感性。使用全基因组测序（WGS）鉴定分离株中存在的所有AR基因。结果：通过MALDI-TOF鉴定出细菌（n = 209株），涵盖超过20个不同的属。在三家SNFs中均鉴定出临床相关（鲍曼不动杆菌复合体、阴沟肠杆菌复合体、屎肠球菌、嗜麦芽窄食单胞菌属）和环境/机会性（丛毛单胞菌属、潘多拉菌属、恶臭假单胞菌群）CR细菌。在机构A和C中，分别从34株和123株回收的分离株中检测到blaKPC，比例分别为9株（26.5%）和14株（11.4%）。机构B未发现PCR阳性结果。WGS证实了PCR筛查的所有基因的存在或缺失（一致性为100%）。结论：这些数据通过培养、PCR和测序方法，为医疗机构废水中存在的CR细菌提供了概念验证和深入见解。