样本收集与队列构建
获取具有不同肾小球疾病类型和疾病活动性的肾活检样本,以比较补体成分的差异。
从Arkana Laboratories的活检数据库中选取狼疮性肾炎、膜性肾病/膜性狼疮性肾炎、糖尿病性肾小球硬化、C3肾小球肾炎及正常对照样本,根据组织充足性(≥10个肾小球,<50%肾小球硬化,<50%肾小管间质纤维化)和未暴露于免疫抑制治疗进行筛选。
Proteomic Profiling of Complement Components in Glomerular Disease
基于多个患者队列(LN、MN/MLN、DN、GN及对照)的LCMD、蛋白G免疫沉淀和全组织裂解物样本,进行DIA-MS蛋白质组学分析,并结合免疫荧光、免疫组化验证及功能相关性分析。
狼疮性肾炎患者肾小球(LCMD) 膜性肾病及膜性狼疮性肾炎患者肾活检组织(蛋白G免疫沉淀) 糖尿病性肾小球硬化患者全组织裂解物 C3肾小球肾炎、狼疮性肾炎、糖尿病性肾小球硬化及正常对照肾小球(LCMD)
C1q免疫荧光强度与MS丰度相关性(MN/MLN队列,n=292) C5b9免疫组化与MS丰度相关性(DN队列,n=24) C3蛋白裂解产物(如C3d、C3a)在不同疾病中的肽段差异
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取具有不同肾小球疾病类型和疾病活动性的肾活检样本,以比较补体成分的差异。
从Arkana Laboratories的活检数据库中选取狼疮性肾炎、膜性肾病/膜性狼疮性肾炎、糖尿病性肾小球硬化、C3肾小球肾炎及正常对照样本,根据组织充足性(≥10个肾小球,<50%肾小球硬化,<50%肾小管间质纤维化)和未暴露于免疫抑制治疗进行筛选。
从肾活检组织中提取蛋白质,以进行质谱分析。
对福尔马林固定石蜡包埋组织进行激光显微切割(LCMD)获取肾小球,或对残余冷冻组织进行蛋白G免疫沉淀。LCMD样本经滤器辅助样品制备(FASP)后进行胰蛋白酶消化和肽段脱盐;蛋白G免疫沉淀样本使用Pierce IP裂解缓冲液和蛋白酶抑制剂裂解,与Protein G磁珠孵育后消化。
定量检测样本中补体蛋白的相对丰度。
使用Orbitrap Exploris 480质谱仪进行数据非依赖采集(DIA),包括气相分级和宽窗口采集,构建谱图库,并使用ScaffoldDIA和EncyclopeDIA进行搜索。
比较不同疾病状态和相同疾病不同患者间补体蛋白丰度的差异,并验证与临床病理指标的相关性。
使用Limma进行差异丰度分析,进行基因集富集分析(GSEA),将MS结果与免疫荧光或免疫组化染色结果进行比较,并检查特定补体蛋白裂解产物的肽段丰度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本制备 | Dynabeads Protein G 磁珠 | Invitrogen | #10004D |
| Pierce IP裂解缓冲液 | Thermo Fisher | #87787 | |
| Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher | #78440 | |
| 质谱分析 | Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo | -- |
| UltiMate 3000 RSLCnano系统 | Thermo | -- | |
| XSelect CSH C18树脂 | Waters | -- | |
| 免疫荧光 | 荧光素缀合的人C1q抗血清 | Kent Laboratories | #111202 |
| 免疫组化 | C5b9抗体 | AbCam | #ab55811 |
| C4BPA兔多克隆抗体 | Proteintech | #11819-1-AP | |
| 罗丹明红X缀合的抗兔IgG二抗 | Jackson Immunoresearch | #111-295-144 | |
| Bond聚合物精制检测试剂盒 | Leica | #DS9800 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本选择 | 肾活检样本需要≥10个肾小球,<50%肾小球硬化,<50%肾小管间质纤维化,且无免疫抑制治疗史 阅读提示:Material and Methods: Cohorts |
| 激光显微切割 | 切片厚度为10μm,使用Meyer's苏木素染色,每个病例显微切割至少8个非硬化肾小球(范围8-220) 阅读提示:Material and Methods: Preparation of samples for mass spectrometry |
| 蛋白G免疫沉淀 | 使用Dynabeads Protein G磁珠,400μl蛋白提取液与50μl磁珠孵育1小时,样本包含5-50个肾小球 阅读提示:Material and Methods: Protein G co-immunoprecipitation |
| 质谱分析 | 使用Orbitrap Exploris 480质谱仪,DIA模式(4 m/z和12 m/z窗口),60分钟梯度,需构建气相分级谱图库 阅读提示:Material and Methods: Mass spectrometry |
| 数据分析 | 使用Limma进行差异丰度分析,数据需log2转化并中位数归一化,肽段FDR<1% 阅读提示:Material and Methods: Mass spectrometry data analysis |