用于评估药物活性的溃疡分枝杆菌核糖体RNA合成比率生物标志物

布鲁里溃疡（Buruli ulcer，BU）是一种由溃疡分枝杆菌（Mycobacterium ulcerans，M.ul）引起的被忽视的热带病，目前采用为期8周的利福平（rifampicin，RIF）和克拉霉素（clarithromycin，CLA）联合方案进行治疗。临床试验正在评估阿莫西林/克拉维酸（amoxicillin/clavulanate，AMX/CLV）联合用药以缩短疗程。然而，评估药物对M.ul体外疗效的传统方法，如菌落形成单位（colony-forming units，CFUs）计数，耗时且繁琐。核糖体RNA合成比率（ribosomal RNA synthesis ratio，RS-ratio）可测量核糖体生物合成，并作为代谢活性的替代指标。虽然它是结核病治疗缩短疗程的一个有前景的预测性生物标志物，但其在M.ul中的应用尚未被探索。本研究通过从时间-杀菌实验中提取RNA，评估了RS-ratio在M.ul药物活性评估中的应用，实验使用了RIF、CLA和AMX/CLV单药或联合用药。含RIF + AMX/CLV的联合方案产生了强效且快速的RS-ratio下降，最早在第3天就从基线约2000降至约200，并在第7至10天达到最大抑制（约50-60）。值得注意的是，这种代谢下降早于先前研究中观察到的CFUs和发光信号的下降。有趣的是，RS-ratio检测到在第14至28天之间出现代谢恢复（约400），提示细菌仍具存活能力，而这一现象未在CFUs或发光信号中观察到。总之，这是首次使用RS-ratio评估抗生素对M.ul活性的报告。我们的研究结果验证了RS-ratio作为一种分子工具，可用于评估新方案的杀菌潜力，为未来BU治疗的研究和临床试验设计提供信息。我们的结果支持在BLMs4BU临床试验（NCT05169554，PACTR202209521256638）中选择RIF + CLA + AMX/CLV方案以缩短BU治疗时间。