变异筛选与队列分析
从中国听力损失队列中筛选MYO7A延伸剪接区域变异。
对10,664名未确诊个体进行全基因组测序,筛选稀有变异和数据库注释的致病性变异,优先选择±50 bp内的延伸剪接区域变异。
Functional reassessment of extended splice region variants in MYO7A with hearing loss and Usher syndrome
研究包含患者队列分析、微基因剪接实验和计算机预测等多个证据层级,并有明确的功能验证和机制验证。
HEK293T细胞 患者外周血样本 小鼠耳蜗组织
变异位于±50 bp延伸剪接区域内 微基因剪接实验中变异对剪接的影响 计算机预测工具(SpliceAI、Pangolin等)的预测结果 ACMG/AMP分类证据代码的构成
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从中国听力损失队列中筛选MYO7A延伸剪接区域变异。
对10,664名未确诊个体进行全基因组测序,筛选稀有变异和数据库注释的致病性变异,优先选择±50 bp内的延伸剪接区域变异。
评估候选变异对前体mRNA剪接的影响。
构建包含变异区域的pSPL3微基因载体,转染HEK293T细胞,提取RNA,进行RT-PCR和测序分析剪接模式。
比较多种预测工具与实验结果的一致性,评估其临床实用性。
使用SpliceAI、Pangolin、MaxEntScan和dbscSNV对候选变异进行剪接影响预测,并与微基因实验结果对比。
根据功能证据对变异进行致病性重新分类。
结合微基因实验和计算机预测结果,应用ACMG/AMP指南,特别是PVS1(RNA)和BP7_Strong(RNA)标准,对变异进行重新分类。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 微基因构建 | pSPL3质粒 | -- | -- |
| Xho I限制性内切酶 | Takara | 1635 | |
| BamH I限制性内切酶 | Takara | 1605 | |
| EcoR V限制性内切酶 | Takara | 1612 | |
| Nde I限制性内切酶 | Takara | 1621 | |
| Nhe I限制性内切酶 | Takara | 1622 | |
| 大肠杆菌DH5α感受态细胞 | -- | -- | |
| 细胞培养与转染 | HEK293T细胞 | ATCC | CRL-11268 |
| Lipofectamine™ 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Tiangen | DP451 |
| cDNA合成 | cDNA合成试剂盒 | Takara | RR047A |
| TA克隆 | TA克隆试剂盒 | Takara | 3270 |
| Sanger测序 | 桑格测序 | Sangon Biotech | -- |
| 全基因组测序 | MGI DNBSEQT7测序仪 | BGI | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 变异筛选 | 队列规模(10,664)和变异过滤标准(MAF≤0.0007) 阅读提示:Materials and methods 中的 Study cohort 和 Variant selection and filtering |
| 微基因剪接实验 | 克隆载体、细胞系、转染试剂、转染时间、RNA提取和RT-PCR条件 阅读提示:Materials and methods 中的 Minigene assay |
| 计算机预测 | 工具版本和参数阈值 阅读提示:Materials and methods 中的 Bioinformatics analysis |
| 变异分类 | ACMG/AMP标准版本和证据代码的赋值依据 阅读提示:Materials and methods 中的 Variant classification |