MYO7A延伸剪接区域变异在听力损失和Usher综合征中的功能重新评估

Functional reassessment of extended splice region variants in MYO7A with hearing loss and Usher syndrome

作者信息Tao Shi, Yu Huang, Xiaohuan Su, Lisheng Yu, Yixin Zhao, Jing Cheng
PMID41852313
期刊J Pathol
发布时间2026-06
DOI10.1002/path.70048

实验完整度

研究包含患者队列分析、微基因剪接实验和计算机预测等多个证据层级,并有明确的功能验证和机制验证。

主要模型

HEK293T细胞 患者外周血样本 小鼠耳蜗组织

重点核对

变异位于±50 bp延伸剪接区域内 微基因剪接实验中变异对剪接的影响 计算机预测工具(SpliceAI、Pangolin等)的预测结果 ACMG/AMP分类证据代码的构成

摘要

MYO7A是1型Usher综合征(USH1B)以及常染色体隐性(DFNB2)和显性(DFNA11)非综合征性听力损失的致病基因。尽管已报道大量MYO7A变异(超过2,200个),但位于延伸剪接区域的变异仍难以解读,且常被归类为意义不明确的变异(VUS)。我们通过分析一个全国性的10,664名未确诊听力损失个体的中国队列,研究了位于外显子-内含子边界±50 bp范围内的MYO7A延伸剪接区域变异的临床影响。我们鉴定出12个此类变异(来自11个先证者,其中两个变异为顺式),并对其进行功能分析。利用微基因剪接实验结合计算机剪接预测,我们评估了每个变异对前体mRNA加工的影响,并应用ACMG/AMP指南进行分类。其中六个测试变异完全破坏了正常剪接,共有八个变异根据异常转录本结果从VUS重新分类为致病性或可能致病性。值得注意的是,几个变异产生了多种不同的异常转录本,其中三分之二的这些变异位于肌球蛋白运动结构域(其余位于FERM2结构域)。计算机算法的剪接预测与实验结果大体一致,进一步支持了它们在变异解读中的实用性。这些功能证据使得此前未解决的DFNA11、DFNB2和USH1B表型病例获得了明确的分子诊断。总之,我们的研究表明,将实验剪接分析与预测工具相结合可以明确确定MYO7A延伸剪接区域变异的致病性,从而提高非综合征性和综合征性听力损失基因检测的诊断准确性。该方法可应用于其他基因以增强遗传诊断。© 2026作者。Journal of Pathology由John Wiley & Sons Ltd代表大不列颠及爱尔兰病理学会出版。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
MYO7A基因延伸剪接区域变异是否影响剪接,以及其致病性如何。
核心机制
延伸剪接区域变异通过破坏内含子结构或调控元件,导致异常剪接,产生移码或框内缺失,影响肌球蛋白运动结构域或FERM2结构域功能。
主要证据
微基因剪接实验显示多个变异导致异常转录本,结合计算机预测,根据ACMG/AMP指南将八个变异重新分类为致病性或可能致病性。
研究意义
该研究提高了MYO7A相关听力损失和Usher综合征的分子诊断准确性,并提出一种可推广的剪接变异解读框架。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

变异筛选与队列分析

从中国听力损失队列中筛选MYO7A延伸剪接区域变异。

对10,664名未确诊个体进行全基因组测序,筛选稀有变异和数据库注释的致病性变异,优先选择±50 bp内的延伸剪接区域变异。

2

微基因剪接实验

评估候选变异对前体mRNA剪接的影响。

构建包含变异区域的pSPL3微基因载体,转染HEK293T细胞,提取RNA,进行RT-PCR和测序分析剪接模式。

3

计算机剪接预测

比较多种预测工具与实验结果的一致性,评估其临床实用性。

使用SpliceAI、Pangolin、MaxEntScan和dbscSNV对候选变异进行剪接影响预测,并与微基因实验结果对比。

4

ACMG/AMP变异分类

根据功能证据对变异进行致病性重新分类。

结合微基因实验和计算机预测结果,应用ACMG/AMP指南,特别是PVS1(RNA)和BP7_Strong(RNA)标准,对变异进行重新分类。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
pSPL3质粒----
Xho I限制性内切酶Takara1635
BamH I限制性内切酶Takara1605
EcoR V限制性内切酶Takara1612
Nde I限制性内切酶Takara1621
Nhe I限制性内切酶Takara1622
大肠杆菌DH5α感受态细胞----
HEK293T细胞ATCCCRL-11268
Lipofectamine™ 3000转染试剂InvitrogenL3000015
RNA提取试剂盒TiangenDP451
cDNA合成试剂盒TakaraRR047A
TA克隆试剂盒Takara3270
桑格测序Sangon Biotech--
MGI DNBSEQT7测序仪BGI--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
变异筛选
队列规模(10,664)和变异过滤标准(MAF≤0.0007)
阅读提示:Materials and methods 中的 Study cohort 和 Variant selection and filtering
微基因剪接实验
克隆载体、细胞系、转染试剂、转染时间、RNA提取和RT-PCR条件
阅读提示:Materials and methods 中的 Minigene assay
计算机预测
工具版本和参数阈值
阅读提示:Materials and methods 中的 Bioinformatics analysis
变异分类
ACMG/AMP标准版本和证据代码的赋值依据
阅读提示:Materials and methods 中的 Variant classification