血浆蛋白质组学发现
鉴定活动性RA与缓解期RA之间的差异表达蛋白
对160例RA和40例健康对照血浆进行DIA质谱分析,结合生物信息学分析。
Plasma Proteomics Identifies Thousand-and-One-Amino Acid Kinase 3 as a Potential Biomarker of Rheumatoid Arthritis Activity and a Novel Therapeutic Target
包括血浆蛋白质组学发现队列、两个独立验证队列、体外FLS功能实验、体内CIA小鼠模型等多层级证据,并包含功能验证和机制研究。
成纤维样滑膜细胞 胶原诱导关节炎小鼠模型 RA患者血浆和滑膜组织
RA患者分组:活动期(DAS28-ESR>3.2)与缓解期(DAS28-ESR<2.6) 血浆样本量:发现队列160例RA、40例健康对照;验证队列50例和10例 TAOK3检测:ELISA和多重免疫组化 体外功能实验:FLS转染si-TAOK3,观察增殖、凋亡、迁移和侵袭 体内实验:CIA小鼠模型,SBI-581给药剂量10 mg/kg/天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定活动性RA与缓解期RA之间的差异表达蛋白
对160例RA和40例健康对照血浆进行DIA质谱分析,结合生物信息学分析。
筛选与骨破坏相关的蛋白并验证TAOK3的表达
通过与Sharp评分相关性和scRNA-seq数据整合,筛选候选蛋白,并在独立队列中进行ELISA和多重免疫组化验证。
评估TAOK3对FLS肿瘤样表型和骨侵蚀的影响
在FLS中进行TAOK3敲低和过表达实验,检测增殖、凋亡、迁移、侵袭、MMPs和CTSK表达,以及骨切片侵蚀。
验证TAOK3抑制剂在CIA小鼠模型中的治疗效果
建立CIA小鼠模型,给予TAOK3抑制剂SBI-581治疗,评估关节炎评分、骨侵蚀和组织病理学。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 |
| 蛋白质组学样本制备 | 二硫苏糖醇 | Bio-Rad | #161-0404 |
| 胰蛋白酶 | Promega | #V5111 | |
| MCX脱盐柱 | Omicsolution | OS-MCX-1ML | |
| 甲酸 | Fluka | #06450 | |
| 质谱分析 | Orbitrap Astral质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| Vanquish Neo超高效液相色谱系统 | Thermo Scientific | -- | |
| 多重免疫组化 | Opal试剂盒 | PerkinElmer | -- |
| 抗CD90抗体 | Abcam | #ab16449 | |
| 抗TAOK3抗体 | Proteintech | #67451-1-Ig | |
| Vectra3平台 | PerkinElmer | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Mlbio | -- |
| 细胞刺激 | 脂多糖 | MedChemExpress (MCE) | -- |
| 肿瘤坏死因子α | MedChemExpress (MCE) | -- | |
| 细胞培养 | II型胶原酶 | -- | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | #11965092 | |
| 胎牛血清 | Gibco | #10091148 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | #15140148 | |
| 胰蛋白酶 | Gibco | #25300062 | |
| 细胞转染 | 脂质体2000 | Invitrogen | #11668030 |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | #31985070 | |
| TAOK3小干扰RNA | GenePharma | -- | |
| 阴性对照小干扰RNA | GenePharma | -- | |
| TAOK3过表达质粒(CV702) | GeneChem | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript反转录试剂盒 | Takara | -- | |
| T100 PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | -- |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| 细胞迁移/侵袭 | 8.0 μm孔径Transwell小室 | Corning | #3422 |
| 细胞侵袭 | 基质胶 | ABW | #082701 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | #P0013B |
| PVDF膜 | Millipore | #IPVH00010 | |
| HRP偶联二抗 | Proteintech | #SA00001-1 and #SA00001-2 | |
| 增强化学发光试剂盒 | Tanon | #180-501 | |
| GelView 6000 Plus成像系统 | -- | -- | |
| 抗MMP1抗体 | Abcam | #ab134184 | |
| 抗MMP2抗体 | CST | #40994S | |
| 抗MMP3抗体 | Abcam | #ab52915 | |
| 抗p38 MAPK抗体 | Abclonal | #A4771 | |
| 抗磷酸化p38 MAPK抗体 | Abclonal | #AP1311 | |
| 抗组织蛋白酶K抗体 | Proteintech | #11239-1-AP | |
| 抗RANKL抗体 | Proteintech | #23408-1-AP | |
| 抗TAOK3抗体 | Abcam | #ab150388 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | #66009-1-Ig | |
| 骨切片侵袭实验 | 牛皮质骨切片 | IDS | DT-1BON1000-96 |
| TAOK3抑制剂SBI-581 | MedChemExpress (MCE) | HY-139439 | |
| CIA模型 | 牛II型胶原 | Chondrex | -- |
| 完全弗氏佐剂 | Chondrex | -- | |
| 不完全弗氏佐剂 | Chondrex | -- | |
| SBI-581 | -- | -- | |
| 甲氨蝶呤 | -- | -- | |
| Micro-CT | 微型CT扫描仪 | PINGSENG SCIENTIFIC | -- |
| 组织学 | EDTA溶液 | Pasitong | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 发现队列血浆蛋白质组学 | 样本量:160例RA(活动期80例、缓解期80例)、40例健康对照;分组标准:DAS28-ESR>3.2为活动期,<2.6持续6个月为缓解期;血浆分离条件:3000rpm离心10分钟。 阅读提示:PATIENTS AND METHODS 中的 Participant recruitment 和 Clinical data and sample collection |
| 候选蛋白筛选 | 差异蛋白筛选标准:P<0.05且FC>1.5或<0.67;与Sharp评分的相关性分析;随机森林模型参数。 阅读提示:Results 中 Identification of bone destruction-related proteins 和 PATIENTS AND METHODS 中的 Random forest analysis |
| 独立验证队列1 | 样本量:50例RA(活动期25例、缓解期25例);检测方法:ELISA检测TAOK3和CRP;诊断性能:AUC计算。 阅读提示:PATIENTS AND METHODS 中的 Participant recruitment 和 Enzyme-linked immunosorbent assay;Results 中 Figure 3I-J |
| 滑膜组织验证(验证队列2) | 样本量:10例RA;检测方法:多重免疫组化检测CD90和TAOK3共表达,ELISA检测血浆TAOK3。 阅读提示:PATIENTS AND METHODS 中的 Multiplex immunohistochemistry 和 Enzyme-linked immunosorbent assay;Results 中 Figure 4C-E |
| FLS体外实验 | 原代pannus FLSs来源:RA患者膝关节滑膜组织;培养条件:DMEM+10%FBS;转染si-TAOK3(50nM);转染后48小时检测;功能实验:CCK8、流式、划痕、Transwell、Western blot等。 阅读提示:PATIENTS AND METHODS 中的 Isolation and culture of primary pannus FLSs、Cell transfection、Cell Counting Kit-8 assay、Flow cytometry、Wound healing assay、Transwell migration and invasion assays、Western blot assay |
| 骨切片侵袭实验 | 骨切片准备:牛皮质骨;pannus细胞接种密度:1x10^5细胞/切片;培养时间:72小时;实验分组:对照组、Si-TAOK3/Si-NC、过表达/空载体、SBI-581(100nM)处理。 阅读提示:PATIENTS AND METHODS 中的 Bone slice invasion assay |
| CIA小鼠模型 | 小鼠品系:DBA/1雄性8-10周龄;诱导方案:牛II型胶原与完全弗氏佐剂乳化皮下注射,21天后加强免疫;分组:对照组、CIA组、CIA+SBI-581(10mg/kg/天,腹腔注射,28天)、CIA+MTX(2mg/kg,每3天)。 阅读提示:PATIENTS AND METHODS 中的 CIA mouse model |
| 组织学分析 | 组织处理:固定、脱钙、包埋、切片(5μm);染色:H&E和SO/FG;评分标准:SMASH指南。 阅读提示:PATIENTS AND METHODS 中的 Histologic analysis |