NDST3功能比较
比较NDST3和HDAC6在微管脱乙酰化和溶酶体酸化中的作用
在HT22和RPE1细胞中敲除NDST3或HDAC6,通过免疫荧光检测微管乙酰化,用LysoSensor测量溶酶体pH。
NDST3 suppression restores lysosomal acidification and ameliorates amyloid-β and MAPT/tau pathology in Alzheimer's disease
包含体外细胞模型(HT22、RPE1)、转基因小鼠模型(3×Tg-AD)、患者脑组织样本,并进行了功能验证(溶酶体pH、自噬降解)和机制验证(V-ATPase组装)。
HT22小鼠海马神经元细胞 RPE1细胞 3×Tg-AD小鼠 AD患者死后脑组织
NDST3敲低或敲除效率需验证 溶酶体pH测量条件(LysoSensor浓度和时间) V-ATPase亚基组装检测 体内溶酶体酸化检测(AAV-hSyn-mCherry-GFP-LC3B)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较NDST3和HDAC6在微管脱乙酰化和溶酶体酸化中的作用
在HT22和RPE1细胞中敲除NDST3或HDAC6,通过免疫荧光检测微管乙酰化,用LysoSensor测量溶酶体pH。
验证NDST3敲低是否恢复AD细胞模型中的溶酶体酸化
在APP695Swe过表达的HT22细胞中转染shNdst3,通过LysoSensor测量pH,并检测V-ATPase亚基的组装。
评估NDST3敲低是否增强Aβ和MAPT/tau的自噬降解
检测CTSB活性、dextran降解、LC3-II turnover、Aβ和MAPT/tau蛋白水平。
确定NDST3在AD中的表达变化
检测APP695Swe过表达细胞、3×Tg-AD小鼠和AD患者脑组织中NDST3表达。
验证NDST3下调对AD小鼠病理和认知的影响
使用3×Tg-Ndst3+/-小鼠,检测溶酶体酸化、Aβ和tau病理、神经元损伤和认知行为。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | #C11995500BT |
| DMEM/F-12培养基 | Gibco | #11320033 | |
| 胎牛血清 | Sorfa | #SX1101 | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime | #C0222 | |
| 转染 | Lipofectamine™ 2000转染试剂 | Invitrogen | #52887 |
| 溶酶体pH测量 | LysoSensor™ yellow/blue DND-160 | Thermo Fisher Scientific | #L7545 |
| 莫能菌素 | MKbio | #MZ2101 | |
| 尼日利亚菌素 | MKbio | #MZ2157 | |
| CTSB活性测定 | Magic Red CTSB底物MR-(RR)2 | ImmunoChemistry | #6134 |
| Hoechst 33342 | ImmunoChemistry | #639 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Tiangen Biotechnology | #DP424 |
| All-In-One 5× RT MasterMix | Shanghai ABM Bioscience | #G592 | |
| BlasTaq™ 2× qPCR MasterMix | Shanghai ABM Bioscience | #G891 | |
| CFX Connect™实时PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| 葡聚糖降解试验 | Alexa Fluor 647-葡聚糖 | Invitrogen | #D22914 |
| ELISA | Aβ40 ELISA试剂盒 | Jiangsu Aidisheng Biological Technology | #ADS-1743H1 |
| Aβ42 ELISA试剂盒 | Jiangsu Aidisheng Biological Technology | #ADS-1363H1 | |
| 溶酶体分离 | 溶酶体富集试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | #89839 |
| 细胞存活测定 | 钙黄绿素AM | Beyotime | #C2012 |
| 免疫染色 | 含DAPI的抗淬灭剂 | Biosharp | #BL739B |
| 免疫组化 | 柠檬酸钠缓冲液 | Beyotime | #P0081 |
| Western blotting | RIPA裂解缓冲液 | Beyotime | #P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | #P1005 | |
| 硝酸纤维素膜 | -- | -- | |
| ECL化学发光底物 | Beijing 4A Biotech | #4AW011-500 | |
| ChemiScope 6200 Touch凝胶成像系统 | CLINX | -- | |
| LI-COR Odyssey CLx红外成像系统 | LI-COR | -- | |
| Thioflavin S染色 | 硫黄素S | Sigma-Aldrich | #T1892 |
| FJC染色 | EDC | Macklin | #D836336 |
| NHS | Macklin | #H6231 | |
| TEM | 环氧树脂 | Sigma-Aldrich | #31185 |
| 乙酸铀酰 | Shanghai Yaji Biological Technology | #YS25690U | |
| 柠檬酸铅 | Macklin | #L885990 | |
| 透射电子显微镜 | Hitachi | H-7500 | |
| 透射电子显微镜 | JEOL | Jem-1400plus | |
| 高尔基染色 | FD快速高尔基染色试剂盒 | FD Neuro Technologies | #PK401 |
| 尼氏染色 | 尼氏染色液 | Beyotime | #C0117 |
| 神经元标记 | NeuN抗体 | CST | #94403 |
| Iba1抗体 | Abcam | #ab283319 | |
| 神经胶质标记 | GFAP抗体 | CST | #3670 |
| 髓鞘标记 | MBP抗体 | Affinity | #BF8010 |
| 小胶质细胞活化 | CD68抗体 | MCE | #HY-P86360 |
| 溶酶体标记 | LAMP2抗体 | Proteintech | #66301-1-Ig |
| CTSB检测 | CTSB抗体 | CST | #31718 |
| 乙酰化微管蛋白检测 | 乙酰化α-微管蛋白抗体 (Lys40) | CST | #5335T |
| α-微管蛋白检测 | α-微管蛋白抗体 | CST | #3873T |
| NDST3检测 | NDST3抗体 | Novus | #NBP2-19501 |
| Aβ检测 | 6E10抗体 | Biolegend | #803001 |
| 磷酸化tau检测 | 磷酸化tau抗体 (Ser422) | GeneTex | #GTX86147 |
| V-ATPase亚基检测 | ATP6V1A抗体 | Santa Cruz Biotechnology | #sc-293336 |
| ATP6V1C1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | #sc-271077 | |
| ATP6V0D抗体 | Santa Cruz Biotechnology | #sc-393322 | |
| APP检测 | APP抗体 | Abcam | #ab32136 |
| APP C端检测 | APP C端抗体 | Sigma-Aldrich | #A8717 |
| MAPT/tau检测 | MAPT/tau抗体 | Abcam | #ab80579 |
| 磷酸化MAPT/tau检测 | 磷酸化MAPT/tau抗体 (Ser262) | Affinity | #AF3151 |
| 磷酸化MAPT/tau抗体 (Thr212) | Affinity | #AF3146 | |
| LC3B检测 | LC3B抗体 | Abcam | #ab192890 |
| P62检测 | SQSTM1/P62抗体 | CST | #5114 |
| 高尔基标记 | GM130抗体 | MCE | #HY-P82075 |
| 内质网标记 | 钙联蛋白抗体 | MCE | #HY-P80578 |
| 线粒体标记 | VDAC1抗体 | MCE | #HY-P80369 |
| NDST3检测 | NDST3抗体 | Novus | #NBP2-19501 |
| 二抗 | HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | #SA00001-1 |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | #SA00001-2 | |
| IRDye 680LT驴抗小鼠IgG | LI-COR | #926-68022 | |
| IRDye 800CW山羊抗兔IgG | LI-COR | #926–32211 | |
| 动物实验 | 异氟烷 | RWD Life Science Co., Ltd | #R510-22-2 |
| 灌注洗涤超试剂 | Electron Microscopy Sciences | #1222SK | |
| 灌注固定超试剂 | Electron Microscopy Sciences | #1223SK | |
| AAV9-hSyn-mCherry-GFP-LC3B | Obio Technology | -- | |
| 血液生化分析 | 全自动生化分析仪 | Mindray | BS-400 |
| 显微成像 | 共聚焦显微镜 | Leica | SP8 |
| 荧光显微镜 | Leica | DMI8 THUNDER | |
| 振动切片机 | Leica | VT1200S | |
| 共聚焦显微镜 | Nikon | AXR |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养条件 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 溶酶体pH测量 | LysoSensor浓度、孵育时间 阅读提示:Materials and methods: Lysosomal pH measurements in vitro |
| NDST3敲低 | shRNA序列、转染试剂 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and treatments |
| V-ATPase亚基检测 | 溶酶体分离方法、抗体信息 阅读提示:Materials and methods: Lysosome isolation; Western blotting |
| 体内实验 | 小鼠品系、年龄、AAV注射剂量和坐标 阅读提示:Materials and methods: Animals and breeding strategy; Determination of lysosomal pH in vivo |