建立CFA诱导的炎性TMJ疼痛模型
诱导颞下颌关节炎症性疼痛,用于研究丁酸盐的作用
小鼠单侧或双侧TMJ注射CFA(10 μL, 5 mg/mL)或生理盐水,建立炎症性TMJ疼痛模型。
Single-cell multi-omics sequencing reveals cell-specific transcriptomic and chromatin accessibility profiles in gut microbiome metabolite butyrate-produced pain modulation
包含动物模型、行为学、单细胞多组学测序、ChIP-qPCR、Western blot、敲低验证等多层级实验,且有功能验证和机制验证。
CFA诱导的炎性TMJ疼痛小鼠模型 Sp5C组织单细胞多组学测序
CFA注射剂量和部位(单侧或双侧TMJ) 三丁酸甘油酯给药途径(口服灌胃)、剂量(5 g/kg/天)和时间(10天) Nop14 shRNA注射位点(Sp5C)和剂量(0.6 μL,1.03e13 GC/mL) 动物品系(C57BL/6J,8-10周)和性别(雌雄兼用)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
诱导颞下颌关节炎症性疼痛,用于研究丁酸盐的作用
小鼠单侧或双侧TMJ注射CFA(10 μL, 5 mg/mL)或生理盐水,建立炎症性TMJ疼痛模型。
补充丁酸,观察其对TMJ疼痛和分子改变的缓解作用
于CFA注射前5天开始,连续10天每天口服三丁酸甘油酯(5 g/kg)或甘油(对照),评估疼痛行为及丁酸水平。
评估机械性痛觉过敏
使用von Frey纤维丝检测V3分支支配的面部皮肤区域的缩头阈值,记录疼痛行为变化。
测量粪便、血浆和Sp5C中丁酸浓度
在CFA后第5天收集粪便、血液和Sp5C组织,使用ELISA试剂盒检测丁酸浓度。
获得Sp5C中单细胞的基因表达和染色质可及性图谱,识别疼痛和丁酸调节的细胞特异性变化
提取Sp5C细胞核,进行snRNA-seq和snATAC-seq,使用10x Genomics平台测序,并进行生物信息学分析。
识别CFA和丁酸治疗引起的基因表达和染色质可及性变化
使用Seurat和Signac软件,分析不同细胞类型中的DEGs和DARs,整合snRNA-seq和snATAC-seq数据。
识别调控关键基因的转录因子及其结合位点
对关键基因的染色质区域进行基序富集分析,预测转录因子,并通过ChIP-qPCR验证。
评估TMJ疼痛和丁酸治疗对组蛋白乙酰化的影响
使用ELISA检测Sp5C中组蛋白H3总乙酰化水平,并利用ChIP-qPCR检测Nop14启动子区域的乙酰化。
验证Nop14在TMJ疼痛和丁酸治疗中的作用
通过脑内注射Nop14 shRNA病毒敲低Sp5C中的Nop14,评估对组蛋白乙酰化和疼痛行为的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 完全弗氏佐剂 | Chondrex, Inc. | -- |
| 药物处理 | 三丁酸甘油酯 | Sigma | T8626 |
| 丁酸检测 | 丁酸ELISA试剂盒 | Abclonal | RK00626 |
| 单细胞测序 | Chromium细胞核分离试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| Chromium Next GEM单细胞多组学试剂盒 | 10x Genomics | PN-1000283 | |
| 碎片去除缓冲液 | 10x Genomics | -- | |
| Flowmi 40微米细胞过滤器 | Millipore-Sigma | -- | |
| Countess 3 FL自动细胞计数器 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| NovaSeq测序仪 | Illumina | -- | |
| 组蛋白乙酰化检测 | EpiQuik总组蛋白提取试剂盒 | Epigentek | OP-0006-100 |
| 组蛋白H3总乙酰化快速检测试剂盒 | Abcam | ab115124 | |
| ChIP-qPCR | EpiQuik组织乙酰化组蛋白H3 ChIP试剂盒 | Epigentek | P-2012 |
| SsoAdvanced通用SYBR Green超混合物 | Bio-Rad | -- | |
| CFX Opus 96实时PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| Thap11抗体 | Santa Cruz | sc-517366 | |
| Hinfp抗体 | Santa Cruz | sc-373855 | |
| Hif1a抗体 | Novus | NB100-105 | |
| Yy1抗体 | Santa Cruz | sc-7341 | |
| Western blot | NOP14抗体 | Proteintech | 26854-1-AP |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 病毒注射 | AAV5-GFP-U6-m-NOP14-shRNA | Vector Biolabs | -- |
| AAV5-GFP-U6-scramble-shRNA | Vector Biolabs | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、周龄、性别、CFA注射部位和剂量、单侧或双侧注射 阅读提示:Methods: Animals; Inflammatory TMJ pain mouse model |
| 药物处理 | 三丁酸甘油酯剂量(5 g/kg/天)、给药方式(口服灌胃)、给药时间(10天,从CFA前5天开始)、溶剂(100%甘油) 阅读提示:Methods: Oral administration of tributyrin |
| 行为学检测 | 检测部位(V3分支支配的面部皮肤)、von Frey纤维丝规格、刺激次数和间隔、阳性反应定义 阅读提示:Methods: Assessment of facial mechanical hypersensitivity |
| 丁酸测量 | 样本类型(粪便、血浆、Sp5C)、采集时间(CFA后第5天)、样本处理步骤、ELISA试剂盒 阅读提示:Methods: Butyrate measurement |
| 单细胞多组学测序 | 样本量(每组2只小鼠)、细胞核分离方法、靶向回收细胞数(5000)、测序平台(NovaSeq)、生物信息学分析参数(质量控制阈值) 阅读提示:Methods: Single-cell multi-omics sequencing; Bioinformatics analysis |
| 组蛋白乙酰化检测 | 组蛋白提取试剂盒、乙酰化检测试剂盒、样本量(n=7)、检测时间(CFA后第5天) 阅读提示:Methods: Histone H3 total acetylation measurement |
| ChIP-qPCR | ChIP试剂盒、抗体、固定条件、引物序列、PCR系统 阅读提示:Methods: ChIP-qPCR |
| Nop14敲低实验 | 病毒类型和剂量(0.6 μL, 1.03e13 GC/mL)、注射坐标(AP −8.0 mm, ML 1.5 mm, DV 4.5 mm)、注射速率(0.1 μL/min)、对照组 阅读提示:Methods: Intra-Sp5C injection of Nop14-shRNA |