单细胞多组学测序揭示肠道菌群代谢物丁酸产生疼痛调节中的细胞特异性转录组和染色质可及性谱

Single-cell multi-omics sequencing reveals cell-specific transcriptomic and chromatin accessibility profiles in gut microbiome metabolite butyrate-produced pain modulation

作者信息Ran Tao, Sufang Liu, Joshua Crawford, Phillip Kramer, Steven Bender, Feng Tao
PMID41997906
发布时间2026-04-17
DOI10.1038/s41368-026-00432-9

实验完整度

包含动物模型、行为学、单细胞多组学测序、ChIP-qPCR、Western blot、敲低验证等多层级实验,且有功能验证和机制验证。

主要模型

CFA诱导的炎性TMJ疼痛小鼠模型 Sp5C组织单细胞多组学测序

重点核对

CFA注射剂量和部位(单侧或双侧TMJ) 三丁酸甘油酯给药途径(口服灌胃)、剂量(5 g/kg/天)和时间(10天) Nop14 shRNA注射位点(Sp5C)和剂量(0.6 μL,1.03e13 GC/mL) 动物品系(C57BL/6J,8-10周)和性别(雌雄兼用)

摘要

疼痛是颞下颌关节紊乱病最常见的症状,由于其复杂性和有限的治疗选择,给临床带来了重大挑战。我们先前的研究表明,肠道微生物来源的丁酸盐对颞下颌关节疼痛的调节至关重要。在本研究中,我们探讨了其潜在机制,发现口服三丁酸甘油酯(丁酸盐的前药)不仅能显著缓解颞下颌关节疼痛,还能逆转颞下颌关节疼痛条件下脊髓三叉神经尾核(Sp5C)中组蛋白乙酰化的减少。利用单细胞多组学测序,我们在单细胞分辨率下描绘了Sp5C细胞中的基因表达和染色质可及性。生物信息学分析显示,颞下颌关节疼痛破坏了Sp5C中四种细胞类型的Nop14、Matk、Idh3b、Ndst2和Tomm6的表达和染色质可及性,而这些改变被三丁酸甘油酯治疗所逆转。具体而言,在颞下颌关节疼痛条件下,Nop14在其启动子区域显示出增加的染色质可及性,而敲低Sp5C中的Nop14可恢复组蛋白乙酰化并减轻颞下颌关节疼痛。总之,我们的研究结果揭示了丁酸盐介导的颞下颌关节疼痛表观遗传调控背后的细胞类型特异性基因调控,这表明靶向肠道微生物代谢物可能开发出治疗颞下颌关节紊乱病的非阿片类新疗法。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
肠道微生物代谢物丁酸盐如何通过表观遗传机制调节颞下颌关节疼痛?
核心机制
CFA诱导的TMJ疼痛降低Sp5C中组蛋白乙酰化水平,并改变多个基因(Nop14、Matk、Idh3b、Ndst2、Tomm6)的染色质可及性;三丁酸甘油酯治疗恢复丁酸水平,逆转这些改变,其中Nop14启动子区可及性增加与乙酰化相关,敲低Nop14可恢复乙酰化并缓解疼痛。
主要证据
口服三丁酸甘油酯缓解CFA诱导的TMJ疼痛;单细胞多组学测序显示五基因表达和染色质可及性变化被逆转;ChIP-qPCR和Western blot验证Nop14结合及敲低效果;行为学验证疼痛缓解。
研究意义
本研究揭示了丁酸盐介导的TMJ疼痛表观遗传调控的细胞类型特异性,提示靶向肠道微生物代谢物可能成为TMJ紊乱和其他慢性疼痛的非阿片类治疗策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

建立CFA诱导的炎性TMJ疼痛模型

诱导颞下颌关节炎症性疼痛,用于研究丁酸盐的作用

小鼠单侧或双侧TMJ注射CFA(10 μL, 5 mg/mL)或生理盐水,建立炎症性TMJ疼痛模型。

2

口服三丁酸甘油酯治疗

补充丁酸,观察其对TMJ疼痛和分子改变的缓解作用

于CFA注射前5天开始,连续10天每天口服三丁酸甘油酯(5 g/kg)或甘油(对照),评估疼痛行为及丁酸水平。

3

行为学检测

评估机械性痛觉过敏

使用von Frey纤维丝检测V3分支支配的面部皮肤区域的缩头阈值,记录疼痛行为变化。

4

丁酸水平检测

测量粪便、血浆和Sp5C中丁酸浓度

在CFA后第5天收集粪便、血液和Sp5C组织,使用ELISA试剂盒检测丁酸浓度。

5

单细胞多组学测序

获得Sp5C中单细胞的基因表达和染色质可及性图谱,识别疼痛和丁酸调节的细胞特异性变化

提取Sp5C细胞核,进行snRNA-seq和snATAC-seq,使用10x Genomics平台测序,并进行生物信息学分析。

6

差异表达和差异可及性分析

识别CFA和丁酸治疗引起的基因表达和染色质可及性变化

使用Seurat和Signac软件,分析不同细胞类型中的DEGs和DARs,整合snRNA-seq和snATAC-seq数据。

7

转录因子调控分析

识别调控关键基因的转录因子及其结合位点

对关键基因的染色质区域进行基序富集分析,预测转录因子,并通过ChIP-qPCR验证。

8

组蛋白乙酰化检测

评估TMJ疼痛和丁酸治疗对组蛋白乙酰化的影响

使用ELISA检测Sp5C中组蛋白H3总乙酰化水平,并利用ChIP-qPCR检测Nop14启动子区域的乙酰化。

9

Nop14敲低实验

验证Nop14在TMJ疼痛和丁酸治疗中的作用

通过脑内注射Nop14 shRNA病毒敲低Sp5C中的Nop14,评估对组蛋白乙酰化和疼痛行为的影响。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
完全弗氏佐剂Chondrex, Inc.--
三丁酸甘油酯SigmaT8626
丁酸ELISA试剂盒AbclonalRK00626
Chromium细胞核分离试剂盒10x Genomics--
Chromium Next GEM单细胞多组学试剂盒10x GenomicsPN-1000283
碎片去除缓冲液10x Genomics--
Flowmi 40微米细胞过滤器Millipore-Sigma--
Countess 3 FL自动细胞计数器Thermo Fisher Scientific--
NovaSeq测序仪Illumina--
EpiQuik总组蛋白提取试剂盒EpigentekOP-0006-100
组蛋白H3总乙酰化快速检测试剂盒Abcamab115124
EpiQuik组织乙酰化组蛋白H3 ChIP试剂盒EpigentekP-2012
SsoAdvanced通用SYBR Green超混合物Bio-Rad--
CFX Opus 96实时PCR系统Bio-Rad--
Thap11抗体Santa Cruzsc-517366
Hinfp抗体Santa Cruzsc-373855
Hif1a抗体NovusNB100-105
Yy1抗体Santa Cruzsc-7341
NOP14抗体Proteintech26854-1-AP
β-肌动蛋白抗体Proteintech66009-1-Ig
AAV5-GFP-U6-m-NOP14-shRNAVector Biolabs--
AAV5-GFP-U6-scramble-shRNAVector Biolabs--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
动物模型
小鼠品系、周龄、性别、CFA注射部位和剂量、单侧或双侧注射
阅读提示:Methods: Animals; Inflammatory TMJ pain mouse model
药物处理
三丁酸甘油酯剂量(5 g/kg/天)、给药方式(口服灌胃)、给药时间(10天,从CFA前5天开始)、溶剂(100%甘油)
阅读提示:Methods: Oral administration of tributyrin
行为学检测
检测部位(V3分支支配的面部皮肤)、von Frey纤维丝规格、刺激次数和间隔、阳性反应定义
阅读提示:Methods: Assessment of facial mechanical hypersensitivity
丁酸测量
样本类型(粪便、血浆、Sp5C)、采集时间(CFA后第5天)、样本处理步骤、ELISA试剂盒
阅读提示:Methods: Butyrate measurement
单细胞多组学测序
样本量(每组2只小鼠)、细胞核分离方法、靶向回收细胞数(5000)、测序平台(NovaSeq)、生物信息学分析参数(质量控制阈值)
阅读提示:Methods: Single-cell multi-omics sequencing; Bioinformatics analysis
组蛋白乙酰化检测
组蛋白提取试剂盒、乙酰化检测试剂盒、样本量(n=7)、检测时间(CFA后第5天)
阅读提示:Methods: Histone H3 total acetylation measurement
ChIP-qPCR
ChIP试剂盒、抗体、固定条件、引物序列、PCR系统
阅读提示:Methods: ChIP-qPCR
Nop14敲低实验
病毒类型和剂量(0.6 μL, 1.03e13 GC/mL)、注射坐标(AP −8.0 mm, ML 1.5 mm, DV 4.5 mm)、注射速率(0.1 μL/min)、对照组
阅读提示:Methods: Intra-Sp5C injection of Nop14-shRNA