患者入组与样本采集
建立长期随访队列,收集连续的cfDNA样本和临床数据。
纳入2015年5月至2022年11月间在GRAfT研究(多中心)接受肺移植的患者,至少3个cfDNA样本;采集血浆样本,并收集临床基线数据和随访数据。
Early post-transplant recipient tissue injury predicts allograft function, rejection and survival in lung transplant recipients: evidence from cell-free DNA
多中心前瞻性队列研究,包含受试者、健康对照,使用ddPCR和全基因组亚硫酸氢盐测序验证,并结合多变量统计分析与机器学习。
肺移植受者队列(GRAfT) 非移植健康对照
平均30天rd-cfDNA水平(通过曲线下面积计算) rd-cfDNA三分位数(低、中、高) %dd-cfDNA CART分析确定的阈值(rd-cfDNA ≥69,686 copies/mL) 多变量调整因素(年龄、性别、种族、单双肺移植、PGD等级等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立长期随访队列,收集连续的cfDNA样本和临床数据。
纳入2015年5月至2022年11月间在GRAfT研究(多中心)接受肺移植的患者,至少3个cfDNA样本;采集血浆样本,并收集临床基线数据和随访数据。
通过数字PCR定量总cfDNA,并区分供者来源与受者来源cfDNA。
使用微滴式数字PCR(ddPCR)对受者来源cfDNA(rd-cfDNA)进行定量,基于供者-受者基因分型选择SNP引物/探针组。
通过甲基化分析确定cfDNA的细胞/组织来源,并比较不同rd-cfDNA水平患者间的差异。
对部分亚组患者(n=76)在rd-cfDNA峰值日(约第7天)的样本进行全基因组亚硫酸氢盐测序,使用UXM算法去卷积计算cfDNA的组织来源。
评估平均30天rd-cfDNA水平与死亡、急性排斥、肺功能等临床结局的关联。
使用Cox比例风险模型、logistic回归、Kaplan-Meier曲线、CART分析和随机生存森林分析等方法评估关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| cfDNA定量 | 微滴式数字PCR | -- | -- |
| cfDNA测序 | 全基因组亚硫酸氢盐测序 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与入组标准 | 纳入标准为≥18岁肺移植患者,至少三个cfDNA样本在移植后第一个月内;排除标准为随访时间<30天或cfDNA样本不足。 阅读提示:Study design and participants |
| cfDNA测量 | 使用ddPCR定量rd-cfDNA,基于供者-受者SNP基因分型,4-8个引物/探针组。 阅读提示:Measuring cfDNA and identifying tissue sources |
| 组织来源分析 | 对亚组患者(n=76)在第7天样本进行全基因组亚硫酸氢盐测序和UXM去卷积。 阅读提示:Measuring cfDNA and identifying tissue sources |
| 统计关联分析 | 多变量模型调整因素包括年龄、性别、种族、单/双肺移植、PGD等级、基础肺病和移植中心。 阅读提示:Statistical analysis |