DNA甲基化数据反卷积揭示子宫内膜异位症和正常子宫内膜中细胞类型特异性的表观基因组特征

子宫内膜异位症（EM）是一种涉及子宫内膜腺体和间质在子宫外生长的衰弱性疾病。为了加深对EM中表观基因组失调的理解并寻找疾病生物标志物，我们对在位内膜（EE）和EM病灶进行了DNA甲基化的全面评估。我们采用基于微阵列的DNA甲基化分析技术，对先前从637例EM患者和347例对照者获得的子宫内膜抽吸活检样本生成的DNA甲基化数据进行去卷积分析。此外，通过液相杂交和DNA测序技术，我们进一步分析了EM病灶及配对EE样本的DNA甲基化情况。在微阵列数据分析中，我们采用无参考方法（BCconf）来恢复潜在因素，并发现其与EM状态高度相关，表明EM病例与对照者的EE细胞比例存在差异。去卷积分析显示，EM病例中的上皮细胞（P值=9.1×10⁻³）和成纤维细胞（P值=0.022）比例降低。对测序数据的去卷积分析识别出EM病灶与病例及对照者EE之间的差异，包括血管内皮细胞（错误发现率[FDR]校正P值=6.1×10⁻³；在EM病灶中更丰富）、自然杀伤细胞（FDR校正P值=0.031；在EM病灶中较少）以及卵巢/子宫内膜上皮细胞（FDR校正P值=3.2×10⁻³）。我们检测到病例与对照者EE样本间细胞类型比例的显著差异。改进去卷积分析的参考数据，以指导更智能的区域靶向方法，将为进一步揭示EM的分子表型提供深入见解，并可能为微创检测的新方法提供信息。