样本收集与临床病理特征分析
收集SNMM患者样本,评估组织病理学特征与临床病理参数。
收集26例FFPE归档SNMM组织,包括9例SNMM-M和17例SNMM-nM,进行组织学评估,记录形态学、肿瘤坏死、核分裂象、LVI、PNI和TILs等特征。
Exploring Molecular Characteristics and Therapeutic Strategies for Primary Sinonasal Mucosal Melanoma With Distant Metastasis
研究包含患者样本的病理分析、免疫组化、FISH、靶向NGS(DNA和RNA)等多层级验证,并进行了生存分析,具备功能验证和机制探索。
26例鼻腔鼻窦黏膜黑色素瘤(SNMM)组织样本(其中9例伴有远处转移) SNMM-M细胞系(未明确说明)
样本类型:26例FFPE归档SNMM组织,其中9例SNMM-M和17例SNMM-nM 检测平台:TruSight Oncology 500 (TSO 500)和AmoyDx® Master Panel靶向测序 关键突变:SLX4错义突变(c.1152_1156delinsGCCCG, p.M386V和c.421G>T, p.G141W) 拷贝数变异:CDK4 gains/amplifications在SNMM-M中占66.7% 免疫组化:PD-L1在SNMM-M中表达率28.6%,SNMM-nM为66.7%
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集SNMM患者样本,评估组织病理学特征与临床病理参数。
收集26例FFPE归档SNMM组织,包括9例SNMM-M和17例SNMM-nM,进行组织学评估,记录形态学、肿瘤坏死、核分裂象、LVI、PNI和TILs等特征。
检测SNMM样本中的基因突变、拷贝数变异、基因融合等分子改变。
使用TSO 500和AmoyDx® Master Panel对26例样本进行靶向测序,分析SNV、Indel、CNV、融合等,并评估TMB和MSI状态。
验证关键蛋白表达和拷贝数变化。
对SNMM组织进行IHC检测多种蛋白(如SLX4、CDK4、PD-L1等),并对11例样本进行FISH检测MYC、PDGFRA、CDK4和CCND1的拷贝数变化。
比较SNMM-M与SNMM-nM的分子和组织病理学差异,并评估预后因素。
比较两组间的基因突变、CNV、蛋白表达、TILs等差异,使用Kaplan-Meier方法进行生存分析,评估SLX4、POLE突变及临床病理因素对总生存的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 核酸提取 | Maxwell 16血液DNA纯化试剂盒 | Promega | AS1010 |
| Maxwell RSC simplyRNA血液试剂盒 | Promega | AS13801 | |
| 靶向测序 | TruSight Oncology 500 | Illumina | -- |
| Master Panel | AmoyDx® | -- | |
| 全基因组测序 | 全基因组测序 | Novogene | -- |
| 免疫组织化学 | BenchMark Ultra染色平台 | Ventana Medical Systems-Roche Group | -- |
| BRAF V600E抗体 | Ventana/Roche | 790-5095 | |
| β-catenin抗体 | Cell Marque | 760-4242 | |
| CD117抗体 | Cell Marque | 117R-18-ASR | |
| Cyclin-D1抗体 | Cell Marque | 241R-18 | |
| EGFR抗体 | Thermo Fisher Scientific | 1300379a | |
| HER-2抗体 | Ventana/Roche | 790-2991 | |
| HMB-45抗体 | Cell Marque | 282M-98 | |
| Ki-67抗体 | Ventana/Roche | 790-4286 | |
| MART-1/Melan-A抗体 | Ventana/Roche | 790-2990 | |
| MYC抗体 | Roche Diagnostics | 06504612001 | |
| PDGFRA抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-41209 | |
| P53抗体 | Agilent | M7001 | |
| S100抗体 | Ventana/Roche | 760-2523 | |
| SOX10抗体 | Cell Marque | 383R-18 | |
| SLX4抗体 | Thermo Fisher Scientific | IHC-00643 | |
| FISH | 胃蛋白酶消化液 | Sigma-Aldrich | -- |
| DAPI | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 样本来源:UCI Medical Center和Jiangmen Central Hospital;样本类型:FFPE组织;样本量:26例;转移状态:9例SNMM-M,17例SNMM-nM 阅读提示:Materials and Methods: 'Patients and Tumor Tissues' |
| 靶向测序 | 测序平台:TSO 500和Master Panel;基因数量:523/571;融合检测:55/45;RNA融合:355 阅读提示:Materials and Methods: 'Genomic Sequencing' |
| 免疫组织化学 | 抗体列表:BRAF V600E, β-catenin, CD117, Cyclin-D1, EGFR, HER-2, HMB-45, Ki-67, MART-1/Melan-A, MYC, PDGFRA, P53, S100, SOX10, SLX4;PD-L1检测机构:NeoGenomics;染色平台:BenchMark Ultra 阅读提示:Materials and Methods: 'Immunohistochemistry' |
| FISH | FISH样本:11例;探针:MYC, PDGFRA, CDK4, CCND1;参考探针:IGH, CHIC2, CEP12 阅读提示:Materials and Methods: 'Fluorescence in situ hybridization (FISH)' |