临床样本分析
验证AP患者中Blautia及其物种丰度变化及其与疾病严重度的相关性
收集33例MAP/MSAP、15例SAP和20例HC粪便样本,通过实时PCR定量Blautia及4种常见物种(B obeum, B coccoides, B producta, B wexlerae)的丰度,并与临床指标和严重度评分进行相关性分析。
Blautia coccoides Alleviates Acute Pancreatitis via Bile Salt Hydrolase-mediated Deoxycholic Acid Production and Farnesoid X Receptor Signaling
包含患者样本分析、小鼠AP模型、体外共培养、代谢组学、16S测序、FXR拮抗剂/激动剂及BSH抑制剂/工程菌等多元验证。
急性胰腺炎患者粪便样本 C57BL/6J小鼠(雨蛙素+LPS诱导AP模型) 原代小鼠胰腺腺泡细胞
B coccoides灌胃剂量:10^8 CFU/mL,连续28天 AP诱导:雨蛙素100 mg/kg腹腔注射,每小时1次共10次,末次同时注射LPS 5 mg/kg DCA灌胃剂量:1、5、10 mg/kg,连续7天 FXR拮抗剂Gly-β-MCA剂量:10 mg/kg;FXR激动剂GW4064剂量:50 mg/kg BSH抑制剂GR-7剂量:10 mg/kg(玉米油含5% DMSO),与B coccoides共28天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证AP患者中Blautia及其物种丰度变化及其与疾病严重度的相关性
收集33例MAP/MSAP、15例SAP和20例HC粪便样本,通过实时PCR定量Blautia及4种常见物种(B obeum, B coccoides, B producta, B wexlerae)的丰度,并与临床指标和严重度评分进行相关性分析。
评估B coccoides灌胃对雨蛙素和LPS诱导的AP小鼠胰腺和肠道损伤的影响
C57BL/6J小鼠连续28天灌胃B coccoides(10^8 CFU/mL)后,通过腹腔注射雨蛙素和LPS诱导AP,评估胰腺和回肠组织病理、血清淀粉酶、炎症细胞因子、细胞凋亡、肠道屏障和细菌移位。
鉴定B coccoides干预后改变的代谢物,特别是胆汁酸代谢变化
对盲肠内容物进行非靶向代谢组学分析,通过PLS-DA和差异代谢物分析,鉴定DCA为关键代谢物,并在AP小鼠中验证DCA水平的变化。
评估外源性DCA对AP小鼠的保护作用及其剂量依赖性
AP小鼠分别灌胃1、5、10 mg/kg DCA持续1周后诱导AP,评估胰腺和回肠损伤、炎症、凋亡和屏障功能。
验证DCA是否通过激活肠道FXR及其下游信号发挥保护作用
使用FXR拮抗剂Gly-β-MCA和激动剂GW4064,检测DCA对回肠FXR表达的影响、下游FGF15和FGFR4表达,以及在AP小鼠中的保护作用。
验证FGF15是否直接保护胰腺腺泡细胞
分离原代胰腺腺泡细胞,用重组FGF15(0.5、5、50 ng/mL)和FGFR4抑制剂FGF-401处理,然后以1 mM CCK刺激,评估细胞活力、LDH释放和炎症因子表达。
探究B coccoides是否通过调节肠道菌群组成来增强BSH活性
对盲肠内容物进行16S rRNA测序,分析菌群多样性及BSH产生菌属(Parabacteroides和Bacteroides)的丰度变化,并通过体外共培养验证B coccoides上清液对代表性菌株的促生长作用。
确定BSH活性在B coccoides保护作用中的必要性
给予B coccoides和BSH抑制剂GR-7,或给予表达BSH的工程大肠杆菌,评估对AP严重度和粪便胆汁酸谱的影响。
评估B coccoides相关细菌标志物在预测AP严重度中的价值
在患者粪便中定量Parabacteroides、Bacteroides和bsh基因水平,并进行相关性分析和ROC曲线评估诊断和严重度预测价值。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | 雨蛙素 | MedChemExpress | -- |
| 脂多糖 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 药物治疗 | 脱氧胆酸 | Sigma-Aldrich | -- |
| GW4064 | MedChemExpress | -- | |
| Gly-β-MCA | MedChemExpress | -- | |
| GR-7 | MedChemExpress | -- | |
| 细胞实验 | 重组FGF15 | -- | -- |
| FGF-401 | -- | -- | |
| CCK八肽 | MedChemExpress | -- | |
| 细胞培养 | IV型胶原酶 | MedChemExpress | -- |
| 脑心浸液培养基 | Becton, Dickinson | 237500 | |
| MRS培养基 | Hope Bio | HB0384-5 | |
| RNA提取 | 组织RNA纯化试剂盒Plus | EZBioscience | -- |
| 逆转录 | HyperScript III逆转录预混液 | EnzyArtisan | -- |
| DNA提取 | E.Z.N.A.粪便DNA提取试剂盒 | Omega | -- |
| HiPure粪便DNA提取试剂盒 | Magen | -- | |
| 实时PCR | S6通用SYBR qPCR预混液 | EnzyArtisan | -- |
| QuantStudio 6 Flex系统 | Thermo Scientific | -- | |
| 16S测序 | AMPure XP磁珠 | Beckman Coulter | -- |
| Illumina DNA制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| Novaseq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| ELISA | 二胺氧化酶ELISA试剂盒 | MultiSciences Biotech | BPE20139 |
| D-乳酸ELISA试剂盒 | MultiSciences Biotech | BPE20072 | |
| FGF15 ELISA试剂盒 | MultiSciences Biotech | EK1113 | |
| 血清生化 | Advia 2400全自动生化分析仪 | Siemens | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Epizyme Biotech | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Epizyme Biotech | -- | |
| SDS上样缓冲液 | Epizyme Biotech | -- | |
| PAGE凝胶试剂盒 | Epizyme Biotech | PG111 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| HRP底物过氧化物溶液 | Millipore | -- | |
| Amersham 600成像仪 | General Electric | -- | |
| 免疫组化 | HRP-聚合物免疫组化试剂盒 | Servicebio | G1215 |
| 凋亡检测 | TUNEL凋亡检测试剂盒(红色荧光) | Beyotime | -- |
| 细胞活力检测 | Calcein-AM/PI试剂盒 | Beyotime | C1371 |
| 细胞毒性检测 | LDH检测试剂盒 | Beyotime | C0018 |
| 免疫荧光 | Leica Autostainer XL自动染色机 | Leica | -- |
| 柠檬酸盐溶液 | Sangon Biotech | -- | |
| 超级免疫组化笔 | Biosharp | -- | |
| 免疫染色封闭液 | Sangon Biotech | -- | |
| Alexa Fluor 488/594 AffiniPure驴抗兔IgG | Yeason | -- | |
| DAPI | Yeason | -- | |
| 荧光显微镜 | Leica | -- | |
| 免疫印迹 | p65一抗 | Abclonal | A19653 |
| 磷酸化p65抗体 | Abclonal | AP1294 | |
| IκBα抗体 | Abclonal | A19714 | |
| 磷酸化IκBα抗体 | Abclonal | AP0707 | |
| FXR抗体 | Abclonal | A24015 | |
| 免疫荧光 | Claudin1抗体 | Abcam | ab211737 |
| ZO-1抗体 | Cell Signaling Technology | 13663 | |
| FGFR4抗体 | Proteintech | 11098-1-AP | |
| 免疫组化 | NLRP3抗体 | Proteintech | 68102-1-Ig |
| 代谢组学 | 超高效液相色谱系统(1290 Infinity LC) | Agilent | -- |
| 四极杆飞行时间质谱仪(TripleTOF 6600) | SCIEX | -- | |
| ACQUITY UPLC BEH Amide色谱柱 | Waters | -- | |
| ACQUITY UPLC BEH C18色谱柱 | Waters | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 患者纳入标准、粪便样本收集时间、排除标准 阅读提示:Materials and Methods: Subjects and Sample Collection |
| 小鼠AP模型 | 小鼠品系、年龄、体重、B coccoides灌胃剂量和时间、雨蛙素和LPS剂量及注射方案 阅读提示:Materials and Methods: Animals and Experimental Design |
| DCA处理 | DCA剂量(1、5、10 mg/kg)、灌胃时间(1周) 阅读提示:Materials and Methods: Animals and Experimental Design |
| FXR药物处理 | GW4064和Gly-β-MCA的剂量、给药方式 阅读提示:Materials and Methods: Animals and Experimental Design |
| BSH抑制实验 | BSH抑制剂GR-7剂量、溶剂、给药时间 阅读提示:Materials and Methods: Animals and Experimental Design |
| FMT实验 | 抗生素混合物组成、剂量、给药时间、粪菌悬液制备和给药方案 阅读提示:Materials and Methods: Animals and Experimental Design, Preparation of FMT |
| 原代腺泡细胞实验 | 细胞分离方法、FGF15和FGF-401浓度、CCK刺激浓度和处理时间 阅读提示:Materials and Methods: Isolation of Primary Pancreatic Acinar Cells and Intervention |
| 16S rRNA测序 | 引物、测序平台、数据分析流程 阅读提示:Materials and Methods: 16S rRNA Sequencing |
| 代谢组学 | 样品制备、色谱条件、质谱参数 阅读提示:Materials and Methods: Untargeted Metabolomics, Targeted Metabolomics |