患者样本转录组分析
分析CD274表达与癌症进展、增殖、自噬等基因集的关系
对42例NSCLC患者的肿瘤和癌旁组织进行微阵列分析,根据CD274表达差异将患者分为CD274up和CD274down两组,并进行GSEA分析。
Tumor-intrinsic PD-L1 drives lung cancer progression in response to TLR stimulation by promoting autophagy through the TRAF6-BECN1 signaling axis
包含患者样本转录组分析、细胞系功能实验(增殖/迁移/克隆/3D球体)、分子机制实验(IP/泛素化)以及体内异种移植模型验证。
A549人肺腺癌细胞系 H460人大细胞肺癌细胞系 HEK293T人胚肾细胞系 NSG小鼠异种移植模型 NSCLC患者肿瘤样本队列
PD-L1敲除对细胞增殖、迁移、克隆形成和3D球体生长的抑制作用,确认PD-L1在肿瘤进展中的功能 PD-L1、TRAF6和BECN1之间的物理相互作用,尤其是PD-L1通过其C端与TRAF6的TRAF-C结构域结合,通过N端与BECN1的Bcl-2结合域结合 PD-L1过表达剂量依赖性增强BECN1泛素化和TRAF6-BECN1相互作用,表明PD-L1促进BECN1的泛素化 在TLR激动剂(LPS/HKLM)刺激下,PD-L1敲除抑制LC3-II积累、LC3斑点形成和NF-κB信号通路的激活 体内实验中,PD-L1敲除显著降低肿瘤体积和重量,并减少肺转移灶
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析CD274表达与癌症进展、增殖、自噬等基因集的关系
对42例NSCLC患者的肿瘤和癌旁组织进行微阵列分析,根据CD274表达差异将患者分为CD274up和CD274down两组,并进行GSEA分析。
建立PD-L1功能缺失和获得模型以评估其功能
在A549和H460细胞中通过CRISPR-Cas9系统敲除PD-L1,并通过质粒转染过表达Flag-PD-L1,通过Western blot确认。
评估PD-L1对肺癌细胞增殖、迁移、克隆形成和3D球体生长的作用
使用MTT实验、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、软琼脂克隆形成实验、平板克隆形成实验和3D球体形成实验比较对照和PD-L1-KO细胞。
阐明PD-L1与TRAF6和BECN1的相互作用及其对BECN1泛素化的影响
通过共免疫沉淀和泛素化实验检测PD-L1-TRAF6-BECN1复合物形成及BECN1泛素化。
验证PD-L1在TLR诱导的自噬、NF-κB激活和EMT中的作用
用TLR激动剂处理对照和PD-L1-KO细胞,检测LC3脂化、LC3斑点、NF-κB信号蛋白磷酸化和EMT标志物表达。
在动物模型中验证PD-L1对肿瘤生长和转移的影响
将对照或PD-L1-KO A549细胞皮下注射到NSG小鼠,监测肿瘤体积、体重,70天后评估肿瘤重量和肺转移。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Welgene | -- |
| DMEM培养基 | Welgene | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 基因编辑 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 动物实验 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 3D球体形成 | ImageJ软件 | National Institutes of Health | -- |
| 3D球体形成实验 | 琼脂糖 | -- | -- |
| 药物处理 | 二甲基亚砜 | -- | -- |
| 脂多糖 | -- | -- | |
| 热灭活单核细胞增生李斯特菌 | -- | -- | |
| Pam3CSK4 | -- | -- | |
| FSL-1 | -- | -- | |
| 细胞系 | A549细胞系 | ATCC | CCL-185 |
| H460细胞系 | ATCC | HTB-177 | |
| HEK293T细胞系 | ATCC | CRL-11268 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | A549(CCL-185)和H460(HTB-177)细胞系来源;培养基(RPMI 1640或DMEM);血清浓度(10% FBS);抗生素浓度(100 μg/mL青霉素和100 μg/mL链霉素);培养温度(37°C)和CO₂浓度(5%) 阅读提示:Methods: Cells |
| 基因编辑 | gRNA序列(5’-CTGAACATGAACTGACATGT-3’等);转染试剂(Lipofectamine 2000);转染后的选择时间(两周);克隆筛选方法(96孔板) 阅读提示:Methods: Generation of PD-L1-KO cell lines with CRISPR/Cas9 |
| 3D球体形成 | 琼脂糖浓度(1.5%);细胞接种密度(100或250细胞/孔);初始培养时间(48小时);TLR激动剂种类和浓度(HKLM 1×10⁷/mL或LPS 3 μg/mL) 阅读提示:Methods: Three-dimensional (3D) spheroids formation assay using agarose-coated plates |
| TLR刺激处理 | LPS浓度(5 μg/mL)和HKLM浓度(5×10⁷/mL)用于信号通路检测;处理时间(4小时) 阅读提示:Figure legends: Fig. 6C-D, Fig. 7A-B |
| 体内异种移植 | 小鼠品系(NSG,NOD/SCID/IL-2Rγnull);年龄(6-8周龄);注射细胞数(1×10⁶);注射体积(100 μL);Matrigel与培养基比例(1:1);观察时间(70天) 阅读提示:Methods: Xenografted NSG mouse model |