体外细胞增殖抑制实验
评估FT671对NRAS突变黑色素瘤细胞系增殖的抑制作用。
用不同浓度FT671处理多种黑色素瘤细胞系5天,测定IC50。
Selective USP7 Inhibition Synergizes with MEK1/2 Inhibitor to Enhance Immune Responses and Potentiate Anti-PD-1 Therapy in NRAS-Mutant Melanoma
包含体外细胞系筛选、CRISPR筛选与敲除验证、RPPA分析、同系移植模型、免疫表型分析及联合用药体内实验,涵盖分子机制、细胞功能与体内药效等多个独立证据层级。
NRAS突变黑色素瘤细胞系(如WM1361A、SBcl2) Nras突变小鼠黑色素瘤同系移植模型(M173M1、1007)
FT671浓度(IC50测定,5天处理) USP7敲除及回补(野生型与C223S突变体)对细胞增殖的影响 TP53、TP53BP1、CDKN1A敲除对FT671敏感性的影响 FT671和trametinib联合处理的浓度(FT671 3μmol/L、trametinib 3nmol/L) 体内给药剂量(FT671 100mg/kg/d,trametinib 0.2mg/kg/d)和给药方式(口服灌胃)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估FT671对NRAS突变黑色素瘤细胞系增殖的抑制作用。
用不同浓度FT671处理多种黑色素瘤细胞系5天,测定IC50。
验证FT671的效应是否依赖于USP7及其催化活性。
在WM1361A-iCas9细胞中通过CRISPR敲除USP7,并回补野生型或催化失活突变体,观察细胞生长。
鉴定FT671耐药相关的基因。
用sgRNA文库转导WM1361A-iCas9细胞,用DMSO或FT671处理7天,比较sgRNA富集情况。
验证筛选出的候选基因敲除是否影响FT671敏感性。
分别敲除TP53、TP53BP1、CDKN1A等基因,用不同浓度FT671处理5天,测定细胞活力。
分析FT671处理对蛋白表达和磷酸化的影响。
用DMSO或FT671处理WM1361A和WM1366细胞,提取蛋白进行RPPA分析。
评估FT671单药及联合治疗在体内的抗肿瘤效果。
将Nras突变小鼠黑色素瘤细胞(M173M1、1007)接种到C57BL/6J小鼠,待肿瘤体积达到100mm³后随机分组,给予FT671、trametinib或联合治疗,监测肿瘤生长和生存期。
检测联合治疗对肿瘤免疫微环境的影响。
治疗7天后取肿瘤,制备单细胞悬液,流式细胞术分析免疫细胞亚群。
评估USP7i+MEKi联合抗PD-1抗体的抗肿瘤效果。
M173M1荷瘤小鼠分为四组,接受溶剂+对照抗体、联合+对照抗体、溶剂+抗PD-1、联合+抗PD-1治疗,监测肿瘤生长和生存。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MCDB153培养基 | Sigma | -- |
| Leibowitz L-15培养基 | -- | -- | |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| Opti-MEM培养基 | -- | -- | |
| Ham's F12培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 胰岛素 | -- | -- | |
| 药物处理 | FT671 | MedChemExpress | HY-107985 |
| 曲美替尼 | Selleck Chem | S2673 | |
| PD0325901 | -- | -- | |
| P5091 | -- | -- | |
| HBX41108 | -- | -- | |
| 抗体治疗 | 抗PD-1抗体(克隆RMP1-14) | Bio X Cell | BE0146 |
| 同型对照抗体 | Bio X Cell | BE0089 | |
| CRISPR筛选 | Guide-it CRISPR全基因组文库PCR试剂盒 | Takara Bio | 632646 |
| Western blot | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 11836170001 |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | 4906845001 | |
| Laemmli样品缓冲液 | Bio-Rad | 1610747 | |
| 双色预染蛋白marker II | Nantong Broth Biotechnology Co., Ltd. | PM201 | |
| 抗Vinculin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-73614 | |
| 抗p53抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-126 | |
| 抗β-actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| 抗USP7抗体 | Cell Signaling Technology | 4833 | |
| 抗DNMT1抗体 | Cell Signaling Technology | 5032 | |
| 抗TP53BP1抗体 | Cell Signaling Technology | 88439 | |
| 抗NF2抗体 | Cell Signaling Technology | 12888 | |
| 抗KHSRP抗体 | Cell Signaling Technology | 13398 | |
| 抗MDM2抗体 | Cell Signaling Technology | 86934 | |
| 抗MITF抗体 | Cell Signaling Technology | 12590 | |
| 抗PUMA抗体 | Cell Signaling Technology | 12450 | |
| 抗p21抗体 | Cell Signaling Technology | 2946 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9101 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4696 | |
| 抗磷酸化S6 (S240/244)抗体 | Cell Signaling Technology | 2215 | |
| 抗磷酸化S6 (S235/236)抗体 | Cell Signaling Technology | 4857 | |
| 抗S6抗体 | Cell Signaling Technology | 2217 | |
| 抗caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9662 | |
| 抗HMGB1抗体 | Cell Signaling Technology | 6893 | |
| 抗GSDME抗体 | Abcam | ab215191 | |
| 细胞凋亡检测 | FITC Annexin V凋亡检测试剂盒 | BD Pharmingen | 556547 |
| 细胞周期检测 | RNase I | -- | -- |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | DAPI | BD | 564907 |
| TruStain FcX PLUS | BioLegend | 156603 | |
| Lymphoprep | STEMCELL Technologies | -- | |
| 小鼠肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-730 | |
| gentleMACS解离器及C管 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 流式抗体(CD45.2、CD3、CD4、CD8α、CD25、PD-1、NK1.1、CD11b、CD11c、CD80、CD163、I-A/I-E、CD86、CD206、PD-L1) | BioLegend | -- | |
| 细胞培养 | Matrigel基质胶 | Corning | 354248 |
| 细胞计数 | BECKMAN Coulter Vi-CELL XR细胞活力分析仪 | BECKMAN Coulter | -- |
| 细胞活力监测 | IncuCyte活细胞成像系统 | Essen Bioscience | -- |
| 流式分析 | BD Celesta流式细胞仪 | BD | -- |
| BD FACSAria II流式细胞仪 | BD | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系处理 | 细胞系来源和培养条件:不同细胞系(WM1361A、SBcl2等)的培养基和血清浓度;FT671处理浓度和时间(如IC50测定用浓度梯度处理5天)。 阅读提示:详见Methods中的“Cell culture and drug treatment in vitro”及图1图注 |
| 注射剂量与途径 | 动物模型:C57BL/6J小鼠,皮下注射M173M1或1007细胞数量(5×10^6或1×10^6);FT671给药剂量100mg/kg/d,口服灌胃;trametinib剂量0.2mg/kg/d。 阅读提示:详见Methods中的“In vivo tumor growth studies”及图3、图5、图6图注 |
| 治疗时间节点 | 治疗起始时间:肿瘤体积达到100mm³或200mm³;治疗持续时间:如图5中74天,图6中80天后停止;免疫分析前治疗7天。 阅读提示:详见Methods中的“In vivo tumor growth studies”及图5、图6图注 |
| 抗PD-1抗体给药方案 | 抗PD-1抗体(clone RMP1-14)剂量5mg/kg,腹腔注射,给药时间点(第0、3、9、12、18、21、27、30天)。 阅读提示:详见Methods中的“In vivo tumor growth studies”及图6图注 |
| 统计与重复 | 体外实验至少三个生物学重复;统计检验方法(如two-way ANOVA、log-rank test)及显著性阈值(p<0.05)需核对原文。 阅读提示:详见Methods中的“Statistical analysis and reproducibility”及各图注中的统计说明 |