临床队列分析
评估NETs水平与膀胱癌患者免疫治疗反应、转移和生存的关系。
对FUSCC和SYSUCC队列的肿瘤组织和血清样本进行免疫荧光、免疫组化、Western blot和ELISA检测,分析NETs标志物(citH3、MPO-DNA)与临床结局的关联。
Neutrophil extracellular traps-STC1 positive feedback loop promotes immune evasion and metastasis in bladder cancer
涵盖临床队列分析、体外共培养、小鼠肺转移模型、蛋白质组学、单细胞转录组学等多层级证据,并包含功能验证和机制验证。
人膀胱癌细胞系UMUC-3、5637、T24 小鼠膀胱癌细胞系MB49 小鼠肺转移模型 患者肿瘤及血液样本
NETs诱导:LPS(10μg/只)尾静脉注射 NETs降解:DNase I(300U/只)腹腔注射 抗PD-1治疗:InVivoMAb抗小鼠PD-1(200μg/只)每周三次 免疫细胞耗竭:抗CD8α(200μg/只)、抗CSF1R(800μg/只)、抗NK1.1(200μg/只) STC1敲除:CRISPR/Cas9敲除MB49细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NETs水平与膀胱癌患者免疫治疗反应、转移和生存的关系。
对FUSCC和SYSUCC队列的肿瘤组织和血清样本进行免疫荧光、免疫组化、Western blot和ELISA检测,分析NETs标志物(citH3、MPO-DNA)与临床结局的关联。
验证NETs对肿瘤细胞表型的影响及分子机制。
用NETs条件培养基(NETs-CM)处理膀胱癌细胞,检测STC1表达、信号通路激活及蛋白质组变化,并利用TLR2敲除和FosL1沉默等验证调控轴。
验证NETs对转移和免疫治疗疗效的影响。
通过尾静脉注射MB49-Luc细胞建立肺转移模型,用LPS诱导NETs,用DNase I降解NETs,并联合抗PD-1治疗,评估转移负荷、免疫细胞浸润和毒性指标。
验证STC1在体内外对免疫逃逸和转移的作用。
构建STC1敲除或敲低的膀胱癌细胞系,评估其对巨噬细胞吞噬、CD8+ T细胞功能及肺转移的影响,并通过APC耗竭实验验证STC1作用的依赖性。
阐明NETs诱导STC1表达及STC1抑制抗原呈递的分子机制。
通过ChIP-qPCR验证FosL1结合STC1启动子,双荧光素酶报告基因验证转录激活,Co-IP和免疫荧光验证STC1与钙网蛋白的相互作用,以及TLR2信号通路的作用。
解析NETs对免疫细胞分化和肿瘤微环境的影响。
对irAE患者的scRNA-seq数据(GSE180045)分析中性粒细胞NET相关转录本;对共培养的CD14+细胞进行RNA-seq,经MCP-counter和ssGSEA分析抗原呈递相关通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | HyClone | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 中性粒细胞分离 | 人中性粒细胞分离试剂盒 | TBD Science | LZS11131 |
| NETs形成实验 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma-Aldrich | P1585 |
| NETs定量 | Qubit dsDNA HS检测试剂盒 | Invitrogen | Q32851 |
| Qubit V.4.0荧光计 | Invitrogen | -- | |
| NETs降解 | DNase I | Worthington | LS006322 |
| 单核细胞分离 | 人淋巴细胞分离液 | Dakewei | DKW-KLSH-0100 |
| CD14微磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-118-906 | |
| 共培养 | Transwell板 | Corning | 3412 |
| 扫描电镜 | APREO 2扫描电子显微镜 | Thermo Fisher | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Scientific | 89901 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Thermo Fisher | 78440 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | A55860 | |
| 抗瓜氨酸化组蛋白H3抗体 | Abcam | ab281584 | |
| 抗STC1抗体 | Santa Cruz | sc-293435 | |
| 抗钙网蛋白抗体 | Proteintech | 27298-1-AP | |
| 抗FosL1抗体 | CST | 5281 | |
| 抗MEK1/2抗体 | CST | 9122 | |
| 抗磷酸化MEK1/2抗体 | CST | 9154 | |
| 抗ERK1/2抗体 | CST | 4695 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | CST | 5726 | |
| 抗ATP1A1抗体 | Proteintech | 55187-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Proteintech | 17168-1-AP | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗Flag抗体 | CST | 2368S | |
| ChIP-qPCR | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-10086 |
| 免疫荧光 | 抗瓜氨酸化组蛋白H3抗体 | Abcam | ab281584 |
| 抗髓过氧化物酶抗体 | -- | -- | |
| Alexa Fluor 488偶联二抗 | Invitrogen | A11029 | |
| Alexa Fluor 555偶联二抗 | Invitrogen | A21429 | |
| DAPI | -- | -- | |
| 奥林巴斯FV3000共聚焦显微镜 | Olympus | -- | |
| Mito-Tracker深红染料 | Beyotime | C1034 | |
| 空间分析 | HALO软件 | Indica Labs | V.4.0 |
| 动物实验 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2880 |
| 抗小鼠PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0146 | |
| 抗CD8α抗体 | Bio X Cell | BE0061 | |
| 抗CSF1R抗体 | Bio X Cell | BE0213 | |
| 抗NK1.1抗体 | Bio X Cell | BE0036 | |
| IVIS Spectrum成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 细胞培养 | 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | -- |
| 机制研究 | 重组人STC1蛋白 | -- | -- |
| MEK抑制剂(CH5126766) | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| NETs形成和条件培养基制备 | 中性粒细胞来源(健康供体)、PMA浓度(500 nM)、刺激时间(4小时)、DNase I处理(150 U/mL)、NETs-CM浓度(1000 ng DNA/mL) 阅读提示:Materials and methods: Isolation of neutrophils and NETs formation assay |
| 体外共培养 | 细胞系(5637)、STC1敲低状态、Transwell孔径(0.4 μm)、肿瘤细胞密度(2×10^5/孔)、单核细胞密度(1×10^6/孔)、共培养时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods: CD14+ monocyte isolation and co-culture system |
| 小鼠肺转移模型 | 小鼠品系(C57BL/6或裸鼠)、年龄(6周)、细胞数(1×10^5 MB49-Luc)、LPS剂量(10 μg/只)、DNase I剂量(300 U/只)、抗PD-1剂量(200 μg/只,每周三次)、给药途径 阅读提示:Materials and methods: Lung metastasis model and treatments |
| 免疫细胞耗竭实验 | 抗体类型(抗CD8α、抗CSF1R、抗NK1.1)、剂量(CD8α 200 μg/只, CSF1R 800 μg/只, NK1.1 200 μg/只)、给药时间(接种前3天预处理,之后每3天400 μg) 阅读提示:Materials and methods: Lung metastasis model and treatments |
| STC1敲除细胞构建 | 细胞系(MB49)、CRISPR-Cas9 sgRNA序列、敲除验证方法(Western blot、qPCR、ELISA) 阅读提示:Materials and methods: Stc1 knockout and Stc1 knockdown cell lines construction |
| 信号通路验证 | 细胞系(UMUC-3)、siRNA序列(siTLR2、siFosL1)、MEK抑制剂浓度(文中未明确说明)、处理时间(文中未明确说明) 阅读提示:Results section: NETs transcriptionally upregulate STC1 via the TLR2-MAPK-FosL1 axis; Materials and methods: Western blot |
| 单细胞RNA测序分析 | 数据集(GSE180045)、Seurat版本(V.4.4.1)、过滤标准(<200或>6000基因, >20%线粒体)、Harmony批次校正、聚类分辨率(0.5) 阅读提示:Materials and methods: Single-cell RNA transcriptome sequencing analysis |