PhIP-Seq发现抗AIRE自身抗体
筛查抗Mi2自身抗体阳性肌炎患者血清中是否存在新的自身抗体特异性。
使用人类蛋白质组肽段库(274,207个90氨基酸肽段)对10例抗Mi2阳性血清进行PhIP-Seq,鉴定出6例抗AIRE阳性,并定位到PHD1表位。
Myositis-specific autoantibodies recognising Mi2 also target the AIRE protein at a shared PHD zinc finger
包含PhIP-Seq发现筛选、ELISA和LIPS验证、以及亲和纯化功能验证等多个独立证据层级,明确验证了抗Mi2自身抗体与AIRE的交叉反应。
抗Mi2自身抗体阳性皮肌炎患者血清 健康对照血清 其他肌炎亚型患者血清 其他自身免疫病患者血清
抗Mi2血清样本的鉴定方法(ELISA、LIPS、line blot等) ELISA和LIPS的cutoff值(ELISA为健康对照均值+2SD,LIPS为+5SD) 亲和纯化实验使用的抗原(Mi2β和MDA5蛋白)及偶联磁珠 样本分组(抗Mi2阳性、阴性、其他自身免疫病等)及样本量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛查抗Mi2自身抗体阳性肌炎患者血清中是否存在新的自身抗体特异性。
使用人类蛋白质组肽段库(274,207个90氨基酸肽段)对10例抗Mi2阳性血清进行PhIP-Seq,鉴定出6例抗AIRE阳性,并定位到PHD1表位。
在独立验证队列中确认抗AIRE自身抗体是否仅存在于抗Mi2阳性患者中。
使用AIRE和Mi2蛋白进行ELISA和LIPS,检测抗Mi2阳性、其他肌炎、健康对照及自身免疫病血清。
证实抗Mi2自身抗体确实同时识别AIRE蛋白。
从3例抗Mi2阳性血清中纯化IgG,使用Mi2β偶联磁珠亲和纯化,获得Mi2β富集和耗竭组分,通过ELISA检测对Mi2β和AIRE的反应性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PhIP-Seq | T7噬菌体展示文库 | -- | -- |
| 蛋白A/G包被的Dynal磁珠 | Invitrogen | #10002D, #10004D | |
| 测序 | Illumina NextSeq测序仪 | Illumina | -- |
| ELISA | Falcon ELISA板 | Falcon | #351172 |
| 人重组AIRE蛋白 | OriGene | #TP313497M | |
| Mi2β蛋白 | ProSpec | #PRO-112 | |
| HRP标记的山羊抗人IgG抗体 | Jackson ImmunoResearch Lab | #109-036-088 | |
| Sure Blue过氧化物酶底物 | SeraCare | #52-00-03 | |
| LIPS | 编码AIRE和Mi2α的合成DNA | Twist Biosciences | -- |
| pREN2真核表达载体 | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 海肾荧光素酶 | -- | -- | |
| 蛋白A/G UltraLink树脂 | Invitrogen | -- | |
| 腔肠素底物 | Promega | -- | |
| Centro LB 960微孔板发光检测仪 | Berthold Technologies | -- | |
| 抗体纯化 | 蛋白G琼脂糖 | Millipore | #16-266 |
| Amicon Pro纯化系统 | Millipore | #ACS500024 | |
| Amicon Ultra离心过滤器 | Millipore | #UFC503024 | |
| NHS活化磁珠 | Thermo Fisher Scientific | #88826 | |
| MDA5蛋白 | ProSpec | #PRO-1505 | |
| 人IgG抗体 | Thermo Fisher Scientific | #359722-004 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PhIP-Seq | 样本量:10例抗Mi2阳性血清;IgG输入量:2μg/反应;肽段库:274,207个90mer肽段;免疫沉淀磁珠:蛋白A/G磁珠。 阅读提示:Methods:MSA discovery and epitope mapping by PhIP-Seq |
| ELISA | 包被抗原及浓度:AIRE 100ng/孔,Mi2β 50ng/孔;血清稀释度1:400;二抗稀释度1:10,000;cutoff:健康对照均值+2SD。 阅读提示:Methods:Anti-AIRE and anti-Mi2β ELISA |
| LIPS | 抗原:AIRE和Mi2α融合荧光素酶;cutoff:健康对照均值+5SD;检测平台:Centro LB 960。 阅读提示:Methods:Anti-AIRE and anti-Mi2α LIPS |
| 亲和纯化 | 血清样本:3例抗Mi2阳性,1例抗MDA5阳性;偶联蛋白:Mi2β和MDA5;重复去除非结合组分次数:3次。 阅读提示:Methods:Purification of MSAs from patient serum |