评估B7-H3表达与临床病理特征的关系
验证B7-H3在结直肠癌中的过表达,并探究其与临床病理参数及预后的关联。
收集22个公共数据集的3964个样本,分析B7-H3表达水平,并比较B7-H3高表达与低表达组的临床病理特征、分子分型和生存期。
Multiomic analysis of colorectal adenocarcinoma reveals a new subtype of myofibroblastic cancer-associated fibroblasts that express high levels of B7-H3 and have poor-prognosis value
整合了批量转录组、单细胞转录组、空间转录组及免疫荧光等多种分析方法,但主要基于公开数据集的计算分析,仅进行了小样本免疫荧光验证,缺乏体内功能实验。
结直肠癌组织样本 结直肠癌细胞系 正常结肠组织样本 癌前病变组织(炎症、息肉)样本
B7-H3表达分组阈值:采用第一四分位数(Q1)作为低表达截断值,高表达定义为Q2-Q4 单细胞数据集:GSE132465、GSE144735、GSE178318和Atlas 空间转录组数据集:10x Genomics Visium HD平台,包括3例CRC和2例正常结肠样本 免疫荧光验证:5例患者FFPE样本,肿瘤与CAF区域B7-H3平均荧光强度比较(配对t检验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证B7-H3在结直肠癌中的过表达,并探究其与临床病理参数及预后的关联。
收集22个公共数据集的3964个样本,分析B7-H3表达水平,并比较B7-H3高表达与低表达组的临床病理特征、分子分型和生存期。
探索B7-H3高表达肿瘤富集的生物学通路和细胞类型。
对TCGA训练集样本进行差异表达基因分析,并对基因列表进行本体论分析和基因集富集分析。
评估B7-H3高表达肿瘤的免疫细胞浸润和功能状态。
应用多种免疫相关基因签名(如TLS、T细胞炎症、APMS、细胞溶解活性等)评估B7-H3高表达和低表达肿瘤的差异。
在单细胞和空间水平上明确B7-H3表达的主要细胞类型。
重新分析两个公共单细胞数据集,评估不同细胞簇中B7-H3表达;使用空间转录组数据验证表达模式;通过免疫荧光在蛋白水平验证B7-H3在CAF中的表达。
鉴定B7-H3高表达成纤维细胞的具体亚型及其特征。
对单细胞数据集中的成纤维细胞进行再聚类,分析B7-H3高表达簇的基因表达特征,并用已知的CAF和周细胞签名进行富集分析。
探究B7-H3高表达ECM-myCAF和促纤维化周细胞对结直肠癌患者预后的影响。
基于两种亚型共有的差异表达基因构建metagene,应用于批量转录组数据集,将患者分为富集和非富集组,比较无病生存期并进行多变量分析。
探究B7-H3高表达成纤维细胞亚型在结直肠癌发生过程中的出现时间和动态变化。
使用包含正常、炎症、息肉和肿瘤组织的单细胞图谱,重新聚类成纤维细胞,分析B7-H3表达和亚型比例在不同阶段的差异,并进行轨迹推断。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫荧光 | 抗B7-H3抗体 | Proteintech | 66481-1-Ig |
| 抗小鼠Cy3二抗 | Jackson ImmunoResearch | -- | |
| 抗泛角蛋白抗体 | eBioscience | 53-9003-82 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Miltenyi | 130-127-018 | |
| 苏丹黑B | Sigma Aldrich | -- | |
| 吐温20 | Euromedex | -- | |
| Triton X-100 | Euromedex | -- | |
| 正常马血清 | -- | -- | |
| Prolong抗淬灭封片剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Epredia HM 340E电动 rotary 切片机 | Fisher Scientific | -- | |
| NanoZoomer 2.0-HT数字切片扫描仪 | Hamamatsu Photonics | -- | |
| 共聚焦显微镜LSM800 | Carl Zeiss | -- | |
| Nanozoomer S60 v2数字切片扫描仪 | Hamamatsu | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| B7-H3表达分组 | B7-H3表达分组阈值:Q1 vs Q2-Q4 阅读提示:Materials and methods: Bulk transcriptome analysis |
| 单细胞数据分析 | 数据集(GSE132465、GSE144735)、细胞聚类参数(分辨率0.1)、批次效应校正方法(Harmony) 阅读提示:Materials and methods: Single-cell statistical analysis |
| 空间转录组分析 | 平台(Visium HD)、样本量(3例CRC、2例正常) 阅读提示:Materials and methods: Spatial transcriptome datasets |
| 免疫荧光验证 | 患者样本(5例)、组织切片厚度(3µm)、抗体稀释度、MFI定量方法 阅读提示:Materials and methods: Immunofluorescence |