行为学表型分析
评估6月龄SAMP8小鼠的学习记忆能力是否下降。
对6月龄SAMR1和SAMP8小鼠进行被动回避实验,记录进入暗室的潜伏期。
Induction of neurodegeneration in the hippocampus of senescence-accelerated mouse-prone 8 (SAMP8) mice by blood-brain barrier-crossing serum amyloid P component
包含学习记忆行为测试、衰老相关β-半乳糖苷酶染色、RNA-seq和蛋白质组学多组学分析、体内免疫染色、体外3D BBB模型和原代神经元培养等功能验证和机制验证。
6月龄SAMP8小鼠(体内模型) 体外3D BBB模型(原代小鼠内皮细胞、周细胞、星形胶质细胞共培养) 原代小鼠皮层神经元培养
6月龄雄性SAMP8小鼠和SAMR1对照小鼠 被动回避实验中足部电击强度(0.2 mA)和潜伏期记录时间(300秒) SA-β-Gal染色试剂盒(Cell Signaling Technology, 9860)及染色孵育时间(72小时) RNA-seq差异表达基因分析中q值 < 0.05的阈值 体外3D BBB模型中SAP处理浓度(30、60、120 nM)和时间点(1、4、12、24小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估6月龄SAMP8小鼠的学习记忆能力是否下降。
对6月龄SAMR1和SAMP8小鼠进行被动回避实验,记录进入暗室的潜伏期。
定位SAMP8小鼠海马中衰老细胞的分布和程度。
对脑切片进行SA-β-Gal染色,并分析海马各区域(CA1、CA2、CA3、DG)的染色面积和强度。
全面揭示SAMP8小鼠海马中转录组和蛋白质组的改变,寻找与BBB和神经退行性变相关的通路。
对SAMP8和SAMR1小鼠海马组织进行RNA-seq和DIA蛋白质组学分析,鉴定差异表达基因和蛋白,并进行GO富集分析。
验证SAMP8小鼠海马中是否存在神经元凋亡、突触密度降低和胶质细胞变化。
使用免疫染色检测cleaved-caspase 3、NeuN、PSD95、Iba1、P2RY12、GFAP和S100β的表达,并定量分析。
寻找SAMP8小鼠血清中变化并可能进入大脑的蛋白质。
对SAMP8和SAMR1小鼠血清进行DIA蛋白质组学分析,并与海马蛋白质组学结果比较,寻找共同差异蛋白。
确认SAP是否穿越BBB进入海马,以及BBB紧密连接是否受损。
使用ELISA检测海马和血清中SAP浓度,免疫染色观察SAP与CD31、GFAP、Tuj1的共定位,以及occludin阳性紧密连接受损情况。
评估SAP是否可以直接增加BBB通透性和破坏紧密连接。
建立原代内皮细胞、周细胞和星形胶质细胞共培养的3D BBB模型,用不同浓度SAP处理,测量TEER值变化,并通过免疫染色观察occludin阳性紧密连接结构。
证明SAP或SAMP8血清能直接诱导神经元凋亡和突触密度下降,并验证SAP的中和作用。
制备E15.5小鼠原代皮层神经元,用SAMR1/SAMP8血清(不同浓度)或重组SAP处理,免疫染色检测cleaved-caspase 3、MAP2、synaptophysin和PSD95,并加入SAP中和抗体。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 被动回避实验 | 步进式穿梭箱 | Muromachi Kikai Co. | -- |
| SA-β-Gal染色 | SA-β-Gal染色试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9860 |
| 图像采集 | BZ-X710显微镜 | Keyence Corporation | -- |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| RNA质量检测 | Nanodrop One微量分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA完整性分析 | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| RNA-seq文库构建 | KAPA mRNA捕获试剂盒 | KAPA | KK8440 |
| MGIEasy RNA定向文库制备试剂盒 | MGI Tech | 1000006386 | |
| RNA-seq测序 | DNBSEQ-T7RS测序仪 | MGI Tech | -- |
| 蛋白质提取 | BIORUPTOR BR-II超声波破碎仪 | SONIC BIO Co. | -- |
| 蛋白质定量 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白质消化 | 胰蛋白酶/Lys-C混合酶 | Promega | -- |
| 肽段纯化 | GL-Tip SDB固相萃取柱 | GL Sciences | -- |
| 血清高丰度蛋白去除 | PureProteome白蛋白/IgG去除试剂盒 | Merck | -- |
| LC-MS/MS | 纳升液相纳毛细管C18色谱柱 | Ionopticks | -- |
| UltiMate 3000 RSLCnano液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Orbitrap Exploris 480杂化质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白质组数据分析 | Scaffold DIA软件 | Proteome Software, Inc. | -- |
| 免疫组织化学 | Vectastain Elite ABC标准试剂盒 | Vector Laboratories | -- |
| 抗PSD95抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA1-045 | |
| 抗Iba1抗体 | FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation | 019-19741 | |
| 抗P2RY12抗体 | FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation | 011-28873 | |
| 抗S100β抗体 | Proteintech | 15146-1-AP | |
| 抗GFAP抗体 | Sigma-Aldrich | G9269 | |
| 抗小鼠IgG二抗 | Vector Laboratories | BA-9200 | |
| 抗兔IgG二抗 | Vector Laboratories | BA-1000 | |
| 抗豚鼠IgG二抗 | Jackson ImmunoResearch | 706-065-148 | |
| 免疫荧光 | 抗NeuN抗体 | Merck | MAB377 |
| 抗剪切的caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| 抗SAP抗体 | Sino Biological | 50113-T24 | |
| 抗CD31抗体 | R&D Systems | AF3628 | |
| 抗GFAP抗体 | Abcam | ab4674 | |
| 抗Iba1抗体 | Novus Biologicals | NB100-1028 | |
| 抗Tuj1抗体 | Covance | MMS-435P | |
| 抗occludin抗体 | Thermo Fisher Scientific | 33-1500 | |
| 驴抗兔IgG Alexa Fluor 568 | Thermo Fisher Scientific | A10042 | |
| 驴抗小鼠IgG Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher Scientific | A21202 | |
| 驴抗兔IgG Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher Scientific | A21206 | |
| 驴抗山羊IgG Alexa Fluor 568 | Thermo Fisher Scientific | A11057 | |
| 山羊抗鸡IgY DyLight 649 | Novus Biologicals | NBP1-72815 | |
| 山羊抗小鼠IgG Alexa Fluor 680 | Thermo Fisher Scientific | A32729 | |
| 核染色 | DAPI | -- | -- |
| 共聚焦显微镜 | LSM710共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| LSM980共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| LSM700共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| ELISA | SAP ELISA试剂盒 | Abcam | ab235639 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A65453 |
| 星形胶质细胞培养 | 多聚-L-赖氨酸 | Sigma | P2636 |
| 内皮细胞培养 | 胶原蛋白IV | -- | -- |
| 纤连蛋白 | -- | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 胶原酶II | -- | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | -- | -- | |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| 肝素 | -- | -- | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | -- | -- | |
| 氢化可的松 | -- | -- | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 体外BBB模型增强培养基 | L-谷氨酰胺 | -- | -- |
| 环磷酸腺苷 | -- | -- | |
| 磷酸二酯酶抑制剂 | -- | -- | |
| 视黄酸 | -- | -- | |
| 重组蛋白处理 | 重组小鼠SAP蛋白 | Sino Biological | 50113-M08H |
| TEER测定 | NEPA21 type II电穿孔仪 | NEPA GENE | -- |
| 平行针电极 | NEPA GENE | CUY560-5-0.5 | |
| 免疫荧光(体外BBB) | 抗PDGFRβ抗体 | Cell Signaling Technology | 3169s |
| 驴抗山羊IgG Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher Scientific | A11055 | |
| 神经元培养 | Neurobasal培养基 | -- | -- |
| B-27添加剂 | Invitrogen | -- | |
| 阿糖胞苷 | -- | -- | |
| 神经元凋亡分析 | 抗MAP2抗体 | Abcam | ab5392 |
| 神经元突触密度分析 | 抗突触素抗体 | Synaptic Systems | 101 006 |
| 抗MAP2抗体 | Merck Millipore | MAB3418 | |
| 神经元培养 | 驴抗小鼠IgG Alexa Fluor 568 | Thermo Fisher Scientific | A11037 |
| 山羊抗鸡IgY Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher Scientific | A11039 | |
| 中和抗体 | SAP中和抗体 | Sino Biological | 50113-T24 |
| 对照抗体 | 正常兔IgG | Sino Biological | CR1 |
| 统计分析 | Prism软件10.0 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 行为学实验 | 小鼠品系和年龄(6月龄雄性SAMR1和SAMP8)、电击强度(0.2 mA)、潜伏期记录时间(300秒) 阅读提示:Methods: Passive avoidance test |
| SA-β-Gal染色 | 切片厚度(40 µm)、染色试剂盒(Cell Signaling Technology, 9860)、孵育时间(72小时)、图像分析区域 阅读提示:Methods: Senescence-associated β-galactosidase staining and image analysis |
| RNA-seq | 样本数量(每组n=4)、RNA提取试剂盒(RNeasy Mini Kit)、文库构建试剂盒(MGIEasy)、测序平台(DNBSEQ-T7RS)、差异表达基因阈值(q值<0.05) 阅读提示:Methods: RNA-seq analysis |
| 蛋白质组学 | 样本处理方法、质谱平台(Orbitrap Exploris 480)、DIA-NN参数、差异表达蛋白阈值(FDR<1%) 阅读提示:Methods: Proteomic analysis |
| 免疫染色与图像分析 | 抗体稀释度、图像采集设备、定量区域和数量 阅读提示:Methods: Immunohistochemical staining and image analysis |
| ELISA | ELISA试剂盒(ab235639)、样品稀释倍数(1:2000) 阅读提示:Methods: ELISA |
| 体外3D BBB模型 | 细胞分离和培养条件、共培养时间、SAP浓度(30, 60, 120 nM)、TEER测量时间点(0, 1, 4, 12, 24小时) 阅读提示:Methods: In vitro 3D BBB model |
| 原代神经元培养 | 胚胎日龄(E15.5)、处理浓度(血清100-1000 µg/mL,SAP 60 nM)、处理时间、中和抗体浓度 阅读提示:Methods: Primary cortical neuron culture |