细胞模型验证HSP47表达与功能
评估HSP47在骨肉瘤细胞中的基础表达水平及其对细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
通过qPCR和Western blot检测多种OS细胞系和正常成骨细胞中HSP47表达;通过shRNA敲低或过表达HSP47,利用CCK-8、集落形成、Transwell和划痕实验评估细胞增殖、迁移和侵袭能力。
HSP47 inhibition-induced CD155 expression through TRAF2 deubiquitination promotes tumor immune evasion
包含细胞实验(增殖、侵袭、迁移)、分子机制验证(Co-IP、泛素化、蛋白半衰期)及体内模型(皮下和原位瘤模型)等至少两个独立证据层级,并明确功能与机制验证。
人骨肉瘤细胞系U2OS、HOS、MNNG/HOS、MG63、143B 小鼠骨肉瘤细胞系K7M2 BALB/c小鼠胫骨原位骨肉瘤模型 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 骨肉瘤患者肿瘤组织与外周血样本
HSP47抑制方式:shRNA敲低或Col003处理(浓度0、25、50 µM,处理24小时) TRAF2敲低对CD155和NF-κB活性的影响(涉及shRNA序列) 体内联合治疗剂量:Col003 20 mg/kg,抗TIGIT抗体200 µg/kg,BTZ 1 mg/kg,每3天注射一次,共15天 缓冲液和试剂条件:如CHX(100 µg/mL)处理时间、MG132浓度及处理时间(10 µM,12小时) 细胞培养条件:特定培养基(DMEM或RPMI 1640)及FBS浓度(10%),37°C,5% CO2
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估HSP47在骨肉瘤细胞中的基础表达水平及其对细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
通过qPCR和Western blot检测多种OS细胞系和正常成骨细胞中HSP47表达;通过shRNA敲低或过表达HSP47,利用CCK-8、集落形成、Transwell和划痕实验评估细胞增殖、迁移和侵袭能力。
探索HSP47表达与免疫相关通路的关联,特别是CD155/TIGIT轴。
对GEO数据集(GSE39055)进行GSEA,比较HSP47高表达和低表达组;对U2OS细胞进行HSP47敲低后的RNA-seq分析。
确认HSP47抑制后CD155表达上调及其对CD8+ T细胞功能的抑制作用。
通过Western blot、流式细胞术、免疫荧光检测CD155表达;通过流式检测肿瘤浸润CD8+ T细胞中TIGIT、CD69、CD107a、Perforin等表达,评估T细胞功能;建立原位瘤模型,给予抗TIGIT抗体治疗,评估联合治疗效果。
阐明HSP47抑制如何通过TRAF2泛素化调节CD155表达的分子机制。
用Co-IP检测HSP47与TRAF2的相互作用;用IP检测TRAF2泛素化水平;通过抑制或敲低TRAF2,评估CD155、p65、p-p65表达变化;使用CHX追踪TRAF2半衰期;使用NF-κB抑制剂验证通路。
评估HSP47抑制联合CD155/TIGIT阻断或NF-κB抑制对骨肉瘤的疗效。
在BALB/c小鼠胫骨原位模型中,分别给予Col003、抗TIGIT、BTZ单药或联合治疗,测量肿瘤体积和重量,分析CD8+ T细胞浸润和功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 达尔伯克改良伊格尔培养基 | -- | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 药物处理 | Col003 | MCE | HY-124817 |
| BAY11-7082 | MCE | HY-W067427 | |
| 细胞处理 | 肿瘤坏死因子-α | MCE | HY-P70426A |
| 依那西普 | MCE | HY-P72025 | |
| 药物处理 | 硼替佐米 | MCE | HY-10227 |
| 体内治疗 | 抗TIGIT抗体 | BioXCell | BE0274 |
| 蛋白酶体抑制 | MG132 | MCE | HY-12359 |
| 自噬抑制 | 氯喹 | MCE | HY-17589A |
| 巴弗洛霉素A1 | MCE | HY-100558 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | MCE | HY-19312 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596018 |
| cDNA合成 | cDNA合成试剂盒 | Takara Bio | 6610 |
| qPCR | SYBR Premix Ex Taq | Takara Bio | RR420 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 89901 |
| 磷酸酶抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | 78420 | |
| 蛋白酶抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | 78428 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| 免疫共沉淀 | 磁珠A/G | Beyotime | P2179M |
| Western blot | PVDF膜 | Thermo Fisher Scientific | LC2002 |
| TBST缓冲液 | Sigma | P9416 | |
| 细胞培养 | 组织保存液 | Solarbio | SR0020 |
| 支原体检测试剂盒 | Thermo Fisher | 4460626 | |
| RNA-seq | RNAiso Plus | Thermo Fisher | 15596018 |
| 流式分析 | CytoFLEX LX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| MoFlo Astrios EQ流式分选仪 | Beckman | -- | |
| 免疫组化 | Leica Autostainer XL染色机 | Leica | -- |
| 免疫荧光 | Leica DMi8倒置显微镜 | Leica | -- |
| CCK-8 | CCK-8试剂盒 | Dojindo Laboratories | -- |
| 细胞迁移和侵袭 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 基质胶 | -- | -- | |
| RNA-seq | Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HSP47敲低或过表达方式(shRNA或质粒);HSP47抑制剂Col003浓度(0、25、50 µM)和处理时间(24小时);细胞培养条件(培养基、血清浓度、温度、CO2浓度) 阅读提示:详见Methods 'Reagents, cell lines, and cell culture' 和 'Transfection of stable cell lines using lentivirus' |
| 基因敲低 | shRNA靶序列和载体信息;转染方法(慢病毒);筛选药物浓度(嘌呤霉素) 阅读提示:详见Methods 'Transfection of stable cell lines using lentivirus' |
| 体外机制实验 | TRAF2敲低效率;NF-κB抑制剂BAY11-7082处理浓度(12 µg/mL)和时间(24小时);泛素化实验条件(MG132浓度10 µM,处理时间12小时) 阅读提示:详见Methods 'Coimmunoprecipitation and Western blot' 和 'Reagents, cell lines, and cell culture' |
| 体内动物模型 | 动物品系、周龄、性别;细胞注射数量和部位;药物给药剂量和时间(Col003 20 mg/kg,抗TIGIT 200 µg/kg,BTZ 1 mg/kg,每3天一次,共15天) 阅读提示:详见Methods 'Mice, animal orthotopic OS model, and in vivo drug treatment' |
| 流式细胞术 | 抗体克隆、荧光素标记和稀释比例;单细胞悬液制备方法(胶原酶、透明质酸酶等);刺激方案(PMA、离子霉素)和染色步骤 阅读提示:详见Methods 'Flow cytometry and fluorescence-activated cell sorting' 和 'Antibodies' |
| 数据分析 | RNA-seq差异表达阈值(|log2FC|≥1且FDR<0.05);GSEA参数(分组方法、基因集);统计方法(t检验、ANOVA)和显著性阈值 阅读提示:详见Methods 'Gene Set Enrichment Analysis' 和 'Statistical analysis' |