人脑数据集分析
筛选AD患者海马中表达改变的昼夜节律核心基因
对四个AD人脑转录组数据集(GSE138260、GSE29378、GSE48350、GSE5281)进行生物信息学分析,比较PER1、PER2、PER3、CRY1、CRY2、ARNTL和CLOCK的表达。
Cry2 deficiency leads to cognitive impairment through the microbiota-gut-brain axis mediated S1P/NLRP3/IL-1β pathway in mice
包含多层级证据:人脑数据集、体内小鼠模型(shCry2、FMT、NLRP3−/−、APP/PS1过表达)、体外细胞实验(BV2)及多组学分析,并进行了功能验证(MWM、tau病理)和机制验证(S1P/NLRP3通路)。
海马Cry2敲低小鼠(shCry2) 粪菌移植小鼠(FMT) NLRP3基因敲除小鼠(NLRP3−/−) APP/PS1转基因小鼠(过表达Cry2) BV2小胶质细胞系
海马区域特异性Cry2敲低(AAV-shCry2)的注射坐标和病毒滴度 抗生素混合物清除肠道菌群的方案(7周)及FMT的剂量和频率 FTY720给药剂量(1 mg/kg,腹腔注射,两周) NLRP3−/−小鼠品系(JAX#021302)和APP/PS1小鼠品系(JAX#034829) BV2细胞LPS预处理浓度(5 ng/ml)及FTY720/W146处理浓度和时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选AD患者海马中表达改变的昼夜节律核心基因
对四个AD人脑转录组数据集(GSE138260、GSE29378、GSE48350、GSE5281)进行生物信息学分析,比较PER1、PER2、PER3、CRY1、CRY2、ARNTL和CLOCK的表达。
验证海马Cry2缺陷对认知和AD病理的影响
通过立体定位注射AAV-shCry2或AAV-Cry2-GFP至小鼠海马,实现Cry2敲低或过表达。
评估小鼠空间学习和记忆能力
使用Morris水迷宫测试,记录逃逸潜伏期、平台穿越次数、目标象限停留时间。
检测Cry2缺陷对肠道菌群组成的影响
收集粪便样本,提取DNA,扩增16S rRNA V3-V4区,Illumina NovaSeq 6000测序,使用QIIME2分析。
检测Cry2缺陷导致的肠道代谢物和脑内脂质变化
对粪便样本进行非靶向LC/MS代谢组学,对海马样本进行靶向脂质组学(UHPLC-timsTOF)。
验证肠道菌群紊乱在Cry2缺陷诱导的病理中的因果作用
用抗生素清除受体小鼠肠道菌群,然后灌胃供体(shScr或shCry2)粪便悬液,评估行为、屏障和tau病理。
验证S1P信号在Cry2缺陷诱导的病理中的作用
对shCry2小鼠腹腔注射FTY720(1 mg/kg)两周,或对BV2细胞施加FTY720和W146处理。
验证NLRP3在Cry2缺陷诱导的病理中的作用
在NLRP3−/−小鼠和海马注射AAV-shCry2,评估认知和tau病理。
评估屏障蛋白、炎症信号和病理蛋白的表达
通过Western blot和免疫荧光检测ZO-1、Occludin、Sphk1、S1PR1、NLRP3、IL-1β、tau磷酸化等。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM基础培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 支原体清除剂 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L4516 |
| 药物处理 | 芬戈莫德 | MedChemExpress | HY-12005 |
| W146 | MedChemExpress | HY-101395 | |
| 立体定位注射 | 立体定位仪 | David Kopf Instruments | -- |
| Morris水迷宫 | Any-Maze软件 | Stoelting Co. | -- |
| GraphPad Prism 9.0软件 | GraphPad Inc. | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | KeyGEN BioTECH | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 增强化学发光底物 | Millipore | -- | |
| 抗体孵育 | Tau5抗体 | Abcam | ab80579 |
| Tau1抗体 | MilliporeSigma | MAB3420 | |
| pS396-tau抗体 | Abcam | ab109390 | |
| pT231-tau抗体 | Abcam | ab151559 | |
| pT181-tau抗体 | Abcam | ab254409 | |
| pT217-tau抗体 | Invitrogen | 44-744 | |
| Occludin抗体 | Abcam | ab216327 | |
| ZO-1抗体 | Abcam | ab307799 | |
| Sphk1抗体 | Proteintech | 10670-1-AP | |
| CRY2抗体 | Proteintech | 13997-1-AP | |
| S1PR1抗体 | Proteintech | 55133-1-AP | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| NLRP3抗体 | Abcam | ab263899 | |
| IL-1β抗体 | Abcam | ab234437 | |
| 免疫荧光 | ZO-1抗体 | Abcam | ab307799 |
| Iba-1抗体 | Abcam | ab178846 | |
| MUC2抗体 | Abcam | ab272692 | |
| Alexa Fluor二抗 | Beyotime | -- | |
| 含DAPI的抗淬灭封片剂 | -- | -- | |
| 共聚焦显微镜 | ZEISS | -- | |
| 抗生素处理 | 万古霉素 | Macklin | -- |
| 亚胺培南和西司他丁 | MSD | -- | |
| 环丙沙星 | Macklin | -- | |
| 甲硝唑 | Aladdin | -- | |
| 16S rRNA测序 | AxyPrepDNA凝胶回收试剂盒 | Axygen | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| 脂质组学 | 超高效液相色谱系统(1290型,安捷伦) | Agilent Technologies | -- |
| Kinetex C18色谱柱 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 海马Cry2敲低小鼠模型 | AAV血清型(9型)、注射位点坐标(ML=±2.0 mm, AP=−2.0 mm, DV=−2.0 mm)、注射体积(1.0 µl/侧)、注射速度(0.2 µl/min)、小鼠周龄(3月龄) 阅读提示:Methods - Adeno-Associated Virus (AAV) construction and stereotaxic injection administration |
| 粪菌移植(FMT) | 抗生素混合物组成及浓度(vancomycin 500 mg/L, imipenem/cilastatin 250 mg/L, ampicillin 1 g/L, ciprofloxacin 200 mg/L, metronidazole 1 g/L)、处理时长(7周)、FMT剂量(200 µl/天)、供体粪便量(20-30 mg) 阅读提示:Methods - Antibiotic treatment and Fecal Microbiota Transfer (FMT) |
| FTY720干预 | 给药剂量(1 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、给药频率(每日一次)、给药周期(两周) 阅读提示:Methods - Animals and intraperitoneal (i.p.) administration |
| NLRP3基因敲除小鼠品系 | NLRP3−/−小鼠品系(B6.129S6-Nlrp3tm1Bhk/J, JAX#021302)、APP/PS1小鼠品系(JAX#034829) 阅读提示:Methods - Animals and intraperitoneal (i.p.) administration |
| BV2细胞处理 | LPS预处理浓度(5 ng/ml)、预处理时间(30分钟)、FTY720浓度(1-10 µM)、W146浓度(1和10 µM)、处理时间(24小时) 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 肠道菌群分析 | 粪便样本采集时间(ZT8)、每组样本数(9)、16S rRNA V3-V4区域 阅读提示:Methods - Fecal sample collection and 16 S rRNA gene sequencing analysis |
| 代谢组学分析 | 样本类型(粪便)、每组样本数(10)、检测平台(UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS) 阅读提示:Methods - Metabolomics analysis |
| 脂质组学分析 | 样本类型(海马组织)、每组样本数(10)、色谱柱(Kinetex C18)、质谱平台(UHPLC-timsTOF) 阅读提示:Methods - Lipidomics analysis |
| 行为学测试 | MWM水温(22±2℃)、测试时间(ZT6)、平台直径(10 cm)、训练天数(5天)、训练次数(每天4次) 阅读提示:Methods - Morris Water Maze (MWM) test |