BDEV分离与表征
从血清中分离并验证脑源性细胞外囊泡(BDEVs)及其miRNA质量。
采用超速离心和抗CD171抗体免疫沉淀两步法从血清中分离BDEVs,并通过DLS、TEM、dot blotting和电泳分析验证其大小、形态、神经标志物和miRNA纯度。
Stress-induced brain extracellular vesicles ameliorate anxiety behavior
包含BDEV分离与表征、应激模型、行为学实验、细胞摄取实验、RNA-seq、3'UTR报告基因等体外和体内实验,并通过TargetScan和IPA进行机制验证。
C57BL/6J小鼠(急性束缚水浸应激模型) Neuro-2A细胞(小鼠神经母细胞瘤细胞系) 原代星形胶质细胞(小鼠) BV-2细胞(小鼠小胶质细胞系)
急性应激模型:25 mL管束缚,胸部以下浸入37°C水浴1小时(7:00-8:00) BDEV给药剂量:静脉注射6 μg/0.1 mL/小鼠;脑室内注射0.15 μg/3 μL/小鼠 行为学测试:旷场实验(15分钟,分析10-15分钟活动)和高架十字迷宫实验(10分钟) miRNA mimics混合物给药:60 μg(每种20 μg)与jetPEI复合后静脉注射 3'UTR报告基因实验:HEK293细胞,共转染pmiR-Mecp2载体和miR-199a-3p mimic
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从血清中分离并验证脑源性细胞外囊泡(BDEVs)及其miRNA质量。
采用超速离心和抗CD171抗体免疫沉淀两步法从血清中分离BDEVs,并通过DLS、TEM、dot blotting和电泳分析验证其大小、形态、神经标志物和miRNA纯度。
确定急性应激是否改变BDEVs中miRNA的表达谱。
对小鼠施加束缚水浸应激(1小时),然后采集血清和脑组织,通过c-fos mRNA表达验证应激反应,并提取BDEVs中的RNA进行miRNA微阵列分析和实时RT-PCR验证。
评估应激BDEVs及其包含的三种miRNA对小鼠焦虑样行为的影响。
将应激BDEVs、对照BDEVs或miRNA mimics(miR-199a-3p、miR-99b-3p、miR-140-5p)静脉或脑室内注射给应激或非应激小鼠,24小时后进行旷场实验和高架十字迷宫实验。
验证BDEVs被神经细胞摄取,并确定三种应激诱导miRNA在神经细胞中调控的靶基因。
用荧光标记BDEVs并添加到Neuro-2A、原代星形胶质细胞和BV-2细胞中观察摄取;随后用三种miRNA mimics转染这些细胞,进行RNA-seq分析。
验证miR-199a-3p直接靶向Mecp2 mRNA并抑制其表达。
通过TargetScanMouse和IPA分析筛选出Mecp2作为miR-199a-3p的潜在靶基因,并构建Mecp2 3'UTR野生型或突变型荧光素酶报告基因载体,转染HEK293细胞后检测荧光素酶活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| BDEV分离 | Optima MAX超速离心机 | Beckman Coulter | -- |
| MLS-50水平转子 | Beckman Coulter | -- | |
| 生物素化抗人CD171抗体 | eBioscience | 13-1719 | |
| 链霉亲和素琼脂糖树脂 | Thermo | 20347 | |
| 蛋白酶/磷酸酶抑制剂 | Thermo | 78440 | |
| BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo | 23225 | |
| BDEV表征 | 动态光散射仪ELSZ-1000 | Otsuka Electronics | -- |
| JEM-1400plus透射电子显微镜 | JEOL | -- | |
| M-PER哺乳动物蛋白提取试剂 | Thermo | 78501 | |
| 抗MAP2抗体 | GeneTex | GTX133109 | |
| 抗PSD95抗体 | GeneTex | GTX133091 | |
| 抗SNAP25抗体 | GeneTex | GTX113839 | |
| 抗CD63抗体 | Biolegend | 143902 | |
| 抗CD81抗体 | Biolegend | 104901 | |
| 生物素化山羊抗兔IgG | Invitrogen | 65-6140 | |
| 生物素化山羊抗大鼠IgG | Biolegend | 405428 | |
| 生物素化山羊抗仓鼠IgG | Biolegend | 405501 | |
| HRP标记链霉亲和素 | Thermo | -- | |
| TMB底物 | Moss | -- | |
| RNA提取 | miRNeasy小提试剂盒 | Qiagen | 217004 |
| miRNeasy血清/血浆试剂盒 | Qiagen | 217184 | |
| QIAzol裂解试剂 | Qiagen | -- | |
| Nanodrop ND-1000紫外分光光度计 | Thermo | -- | |
| RNA质量检测 | RNA6000 Pico试剂盒 | Agilent Technologies | 5067-1513 |
| 微阵列 | 小鼠miRNA寡核苷酸芯片 | TORAY | -- |
| 实时RT-PCR | SuperScript IV VILO预混液 | Invitrogen | 11756050 |
| TaqMan通用预混液II | Applied Biosystems | 4440040 | |
| TaqMan基因表达检测试剂 | Applied Biosystems | 4331182 | |
| TaqMan microRNA检测试剂 | Applied Biosystems | 4427975 | |
| TaqMan microRNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4366597 | |
| TaqMan预扩增预混液 | Applied Biosystems | 4391128 | |
| 7900HT实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 行为学实验 | 旷场实验箱 | Med Associates Inc. | -- |
| Activity Monitor 7.0软件 | Med Associates Inc. | -- | |
| ANY-maze 7.0软件 | Stoelting Co. | -- | |
| 体内给药 | 体内转染试剂jetPEI | polyplus | 101000030 |
| 杜拉凝胶 | Cambridge NeuroTech | -- | |
| 细胞培养 | 多聚-D-赖氨酸 | MP Biomedicals | 150175 |
| 最低必需培养基 | Thermo | 11095098 | |
| 非必需氨基酸 | Thermo | 11140050 | |
| 胎牛血清 | HyClone | SH30910.03 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo | 15140122 | |
| DMEM培养基 | Thermo | 11965092 | |
| DMEM/F12培养基 | Thermo | 11320082 | |
| 抗生素-抗真菌剂 | Thermo | 15240062 | |
| BDEV摄取 | ExoSparkler外泌体膜标记试剂盒(深红) | Dojindo | EX03 |
| 无外泌体胎牛血清 | System Bioscience | Exo-FBS-250A-1 | |
| 8孔玻璃底培养皿 | IWAKI | 5232-008 | |
| 荧光显微镜BZ-X710 | Keyence | -- | |
| 转染 | DharmaFECT 1转染试剂 | Horizon | T-2001 |
| 3'UTR报告基因 | pGEM-T easy载体 | Promega | A137A |
| pmirGLO双荧光素酶miRNA靶标表达载体 | Promega | E1330 | |
| PrimeSTAR Max DNA聚合酶 | Takara | R045 | |
| DharmaFECT Duo转染试剂 | Horizon | T-2010 | |
| 统计分析 | JMP Pro 15.2.0软件 | SAS Institute | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物与应激模型 | 小鼠品系:8周龄雄性C57BL/6J小鼠;饲养条件:23±1°C,55±10%相对湿度,光照5:00-19:00;应激条件:25 mL管束缚,胸部以下浸入37°C水浴1小时(7:00-8:00) 阅读提示:Animals 和 Stress loading methods 部分 |
| BDEV分离 | 血清量:0.8 mL;超速离心条件:110,000 g,70分钟,4°C;免疫沉淀:抗CD171抗体(1.6 μg)和链霉亲和素琼脂糖(40 μL) 阅读提示:Isolation of brain-derived extracellular vesicles (BDEVs) from blood 部分 |
| BDEV给药与行为学测试 | 给药途径:静脉(尾静脉)或脑室内(右侧脑室);剂量:静脉6 μg/0.1 mL/小鼠,脑室内0.15 μg/3 μL/小鼠;行为测试时间:给药后24小时;行为测试方法:旷场实验(15分钟,分析10-15分钟)和高架十字迷宫(10分钟) 阅读提示:Behavioral test 和 In vivo administration 部分及图3图例 |
| miRNA mimics给药 | miRNA mimics:miR-199a-3p、miR-99b-3p、miR-140-5p(各20 μg)与in vivo jetPEI复合后静脉注射;对照组:cel-miR-67 阅读提示:In vivo administration 部分及图3g图例 |
| 细胞实验 | 细胞状态:Neuro-2A(1.0×10^6 cells/mL)、原代星形胶质细胞(1.0×10^6 cells/mL)、BV-2(1.0×10^5 cells/mL)培养条件:37°C,5% CO2;转染浓度:25 nM(DharmaFECT 1) 阅读提示:Cell culture 和 RNA sequencing of miRNA-transfected cells 部分 |
| 3'UTR报告基因实验 | 细胞:HEK293细胞(1.0×10^4 cells/well);转染:pmiR-Mecp2载体和miR-199a-3p mimic(DharmaFECT Duo);检测:转染后48小时检测荧光素酶活性 阅读提示:3′ UTR reporter assay 部分及图5d图例 |