建立大鼠坐骨神经消融损伤和PNA修复模型
创建消融型坐骨神经损伤模型,并实施PEG融合或阴性对照修复,为后续分析提供实验样本。
对成年雌性Sprague-Dawley大鼠进行坐骨神经完全横断并切除6-8mm段,造成8-10mm间隙,然后植入供体PNA(长度超过间隙1-3mm),进行神经缝合,PEG组在缝合位点应用PEG融合方案(包括低渗盐水、亚甲蓝、PEG和含钙等渗盐水)。
Coding transcriptome analyses reveal altered functions underlying immunotolerance of PEG-fused rat sciatic nerve allografts
包含动物模型(大鼠坐骨神经缺损修复)、RNAseq转录组分析、RT-qPCR验证及免疫组化蛋白水平验证,涉及多层级证据。
PEG融合坐骨神经同种异体移植物大鼠模型 阴性对照坐骨神经同种异体移植物大鼠模型 未手术对照坐骨神经
比较组:PEG融合PNA vs 阴性对照PNA vs 未手术对照神经;每组动物数n=3(未手术组n=2) 时间点:术后14天 RNAseq差异表达基因筛选标准:log2 fold change >1或<-1且padj<0.05 RT-qPCR验证选定转录本(20个),使用GAPDH作为参考基因 免疫组化验证COL1A1、CD24、THBS1、THBS2和CD276蛋白表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
创建消融型坐骨神经损伤模型,并实施PEG融合或阴性对照修复,为后续分析提供实验样本。
对成年雌性Sprague-Dawley大鼠进行坐骨神经完全横断并切除6-8mm段,造成8-10mm间隙,然后植入供体PNA(长度超过间隙1-3mm),进行神经缝合,PEG组在缝合位点应用PEG融合方案(包括低渗盐水、亚甲蓝、PEG和含钙等渗盐水)。
比较PEG融合PNA、阴性对照PNA和未手术对照神经的编码转录组,鉴定差异表达基因。
从各组样本中提取总RNA,构建poly-A富集文库,在Illumina HiSeq 3000平台上进行75bp双端测序,并利用FastQC、Tophat2、HTSeq-count和DESeq2进行差异表达分析。
识别差异表达基因所涉及的生物学过程、通路和蛋白家族,以探讨潜在机制。
使用BiNGO进行GO生物学过程富集分析,DAVID进行KEGG通路和InterPro蛋白家族注释,STRING进行蛋白-蛋白相互作用网络分析。
验证RNAseq结果的可靠性,评估所选基因的表达差异。
使用High-Capacity cDNA Reverse Transcription Kit反转录RNA,PowerUp SYBR Green Master Mix进行qPCR,以GAPDH为参考基因,采用ΔΔCt法计算相对表达。
验证免疫抑制相关蛋白(COL1A1、CD24、THBS1、THBS2、CD276)在组织中的表达水平。
对神经横切片进行免疫荧光染色,使用特异性一抗和荧光二抗,利用显微镜成像并定量分析染色面积。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 手术及PEG融合 | 聚乙二醇 | Sigma Aldrich | -- |
| 亚甲蓝 | Acros Organics | -- | |
| 组织处理 | RNA保存液 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Ambion | -- |
| RNeasy Mini试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| RNA质量检测 | Nanodrop 1000分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| BioAnalyzer 2100分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| RNAseq文库构建 | Qubit荧光计 | ThermoFisher | -- |
| TruSeq链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| RNAseq测序 | HiSeq 3000测序仪 | Illumina | -- |
| RT-qPCR | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| PTC-200热循环仪 | MJ Research | -- | |
| PowerUp SYBR Green预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| ViiA7定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫组化 | OCT包埋剂 | Electron Microscopy Sciences | -- |
| Cryostar NX50冷冻切片机 | Thermo Scientific | -- | |
| DAPI复染剂 | IHC-Tek | -- | |
| Fluoromount-G封片剂 | Invitrogen | -- | |
| Axiovert 200M荧光显微镜 | Zeiss | -- | |
| Axiocam HR3相机 | Zeiss | -- | |
| 抗COL1A1抗体 | DSHB | 7-2C12 | |
| 抗CD24抗体 | Proteintech | 10600-1-AP | |
| 抗THBS1抗体 | LifeSpan Biosciences | LS-C137099 | |
| 抗THBS2抗体 | Invitrogen | PA5-97117 | |
| 抗CD276抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-376769 | |
| 抗鼠Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | R37120 | |
| 抗兔Alexa Fluor 594二抗 | Invitrogen | R37117 | |
| 动物实验 | 卡洛芬 | Putney, Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PEG融合手术 | PEG浓度(50% w/w 3.35 kDa)、处理时间(1-2分钟)、Methylene blue浓度(1%)、低渗盐水渗透压(250 mM)、含钙盐水渗透压(290 mM) 阅读提示:Methods:Brief description of PEG-fusion protocol |
| 动物模型 | 大鼠品系(Sprague-Dawley)、性别(雌性)、体重(225-300g)、样本量(PEG组n=3,NC组n=3,Unop组n=2) 阅读提示:Methods:Animals,Study design |
| RNA提取 | 组织保存(RNAlater)、裂解(TRIzol)、纯化(RNeasy Mini kit)、RIN值(7.1-8.2) 阅读提示:Methods:RNA extraction |
| RNAseq分析 | 文库制备(TruSeq Stranded mRNA kit)、测序平台(HiSeq 3000)、数据量(≥20×10^6 75bp paired-end reads)、差异表达阈值(log2 fold change >1或<-1,padj<0.05) 阅读提示:Methods:RNAseq and bioinformatics analyses |
| RT-qPCR验证 | RNA量(≥200 ng,Unop组40 ng)、引物序列、内参基因(GAPDH)、循环数(40循环) 阅读提示:Methods:Quantitative reverse transcription PCR,Table 1 |
| 免疫组化验证 | 抗体稀释度、切片厚度、染色面积定量方法、统计方法(one-way ANOVA,Tukey's test) 阅读提示:Methods:Immunohistochemistry,Figure 7 legend |