验证VPS13A蛋白缺失
确认患者成纤维细胞中VPS13A蛋白缺失,以建立实验模型。
对患者和对照成纤维细胞进行Western blot分析VPS13A蛋白水平。
VPS13A Deficiency Leads to Impaired Lipid Distribution and Alteration of Mitochondrial Calcium Homeostasis in Fibroblasts of VPS13A Disease Patients
包含患者与对照原代成纤维细胞模型,结合免疫染色、活细胞成像、Western blot和TLC等多种验证,涵盖脂质转移、自噬和钙处理等功能与机制验证。
VPS13A疾病患者来源的原代成纤维细胞(D1、D2) 健康对照原代成纤维细胞(C1、C2、C3)
患者与对照成纤维细胞系信息(性别、年龄、突变类型) 细胞培养条件(DMEM、10% FBS、1%青霉素/链霉素) 脂滴形成实验(油酸浓度、Bodipy493/503染色时间) 脂肪酸穿梭实验(BodipyC12浓度、饥饿时间) 线粒体钙摄取实验(thapsigargin和Ru360浓度)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认患者成纤维细胞中VPS13A蛋白缺失,以建立实验模型。
对患者和对照成纤维细胞进行Western blot分析VPS13A蛋白水平。
检测VPS13A缺失是否影响基础脂滴数量及油酸诱导的脂滴形成。
使用LipidTOX和Bodipy493/503染色脂滴,并在油酸处理后进行活细胞成像。
检查VPS13A缺失对细胞器间膜接触位点(包括线粒体-过氧化物酶体、线粒体-脂滴、过氧化物酶体-脂滴、内质网-脂滴)的影响。
对TOM20(线粒体)、PMP70(过氧化物酶体)、KDEL(内质网)和LipidTOX(脂滴)进行免疫染色,并量化信号重叠区域。
在基础条件和饥饿条件下,评估VPS13A缺失对脂肪酸向线粒体转移的影响,并观察MERCS的变化。
使用SPLICS传感器(short和long)标记MERCS,BodipyC12标记脂肪酸,MitoTracker标记线粒体,在饥饿条件下进行活细胞成像。
评估VPS13A缺失是否影响PS从内质网到线粒体的转移,以及自噬体的形成和自噬通量。
用18:1 NBD-PS/DPOC负载细胞,并转染RFP-LC3B,在基础条件和饥饿条件下成像,同时通过Western blot检测LC3B-I/II水平。
探讨VPS13A缺失对线粒体钙摄取的影响,以及与MERCS的关系。
转染SPLICS-short的细胞用Rhod-2, AM和MitoTracker染色,用thapsigargin(1μM)和/或Ru360(10μM)处理,监测线粒体钙变化和SPLICS面积。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | GIBCO by Thermo Fisher Scientific | 31966-021 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 支原体检测试剂盒 | Promo Cell | PK-CA91-1096 | |
| 免疫染色 | TritonX-100 | Roth | 3051.3 |
| Pierce™无蛋白封闭缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 37572 | |
| TOM20抗体 | Santa Cruz | sc-17764 | |
| PMP70抗体 | Invitrogen | PA1-650 | |
| 过氧化氢酶抗体 | Cell Signaling Technology | 12980S | |
| KDEL抗体 | Invitrogen | MA5-34715 | |
| Alexa Fluor-488山羊抗小鼠IgG | Invitrogen | A11029 | |
| Alexa Fluor-647山羊抗兔IgG | Invitrogen | A21245 | |
| LipidTOX红色染料 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | H34476 | |
| DAPI Fluoromount-G封片剂 | Southern Biotechnology | 0100-20 | |
| 转染 | SPLICS-Mt-ER-short质粒 | Addgene | 164108 |
| SPLICS-Mt-ER-long质粒 | Addgene | 164107 | |
| pmRFP-LC3质粒 | Addgene | 21075 | |
| FuseIT DNA转染试剂 | Beniag | 60601 | |
| 活细胞成像 | MitoTracker深红FM | Cell Signaling Technology | 8778 |
| Bodipy493/503 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | D3922 | |
| 油酸 | Sigma-Aldrich | 03008 | |
| BodipyC12 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | D3835 | |
| 汉克斯平衡盐溶液 | GIBCO by Thermo Fisher Scientific | 14170088 | |
| 脂质分析 | 18:1 NBD-磷脂酰丝氨酸 | Avanti | 810198C-1M |
| 18:1 1,2-二-(9Z-十八碳烯酰)-sn-甘油-3-磷酸胆碱 | Avanti | 850375C-25mg | |
| 杜尔贝科磷酸盐缓冲盐水 | PAN Biotech | P04-36500 | |
| 活细胞成像 | Hoechst染料 | -- | -- |
| 线粒体钙成像 | Rhod-2, AM钙指示剂 | Thermo Fisher Scientific | R1244 |
| 毒胡萝卜素 | Sigma-Aldrich | T9033-5MG | |
| Ru360 | Sigma-Aldrich | 557440-500UG | |
| 显微镜 | AxioObserver.Z1 LSM900显微镜 | Zeiss | -- |
| Airyscan 2模块 | Zeiss | -- | |
| 63× 1.4 NA plan apochromat物镜 | Zeiss | -- | |
| Pecon孵育系统 | -- | -- | |
| 8孔μ-玻片 | Ibidi | 80806-90 | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| cOmplete无EDTA蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04693132001 | |
| Criterion XT Tris-醋酸蛋白凝胶(3-8%) | Bio-Rad | 3450129 | |
| Trans-Blot Turbo RTA Midi 0.2 μm硝酸纤维素转移试剂盒 | Bio-Rad | 1704271 | |
| 脱脂牛奶 | Carl Roth | T145.3 | |
| VPS13A抗体 | Invitrogen | PA-54483 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A5441 | |
| 驴抗兔HRP二抗 | Invitrogen | A16035 | |
| 驴抗小鼠HRP二抗 | Invitrogen | AA16017 | |
| Cytiva Amersham ECL Prime | Fisher Scientific/Life Science Cytiva | 10308449 | |
| Li-COR Odyssey XF成像系统 | Li-COR | -- | |
| Trans-Blot Turbo TRA转移试剂盒 | Bio-Rad | 1704271 | |
| Revert 700总蛋白染色 | LICORbio | 926-11011 | |
| LC3B抗体 | Cell Signaling Technology | 83506S | |
| MCU抗体 | Proteintech | 26312-1-AP | |
| 脂质分析 | 甲醇 | Biosolve | -- |
| 氯仿 | Supelco | -- | |
| 丁羟甲苯 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 水 | Biosolve | -- | |
| 玻璃内插管 | Knauer | -- | |
| 混合块(MB-102) | Biostep | -- | |
| 真空离心浓缩仪(RVC 2-25 CDplus) | Christ | -- | |
| 高效薄层色谱板 | Merck Millipore | -- | |
| Linomat 5点样仪 | CAMAG | -- | |
| Hamilton注射器 | Hamilton | -- | |
| 薄层色谱展开缸 | CAMAG | -- | |
| FLA5000数字显像仪 | FUJIFILM | -- | |
| 樱草灵 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 脂质标准品 | Avanti | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞培养基(DMEM)、血清浓度(10% FBS)、抗生素浓度(1%青霉素/链霉素)、支原体检测 阅读提示:Methods 2.1 细胞培养 |
| 脂滴形成 | 油酸浓度(500mM)、Bodipy493/503浓度(1μM)、染色时间(30分钟)、处理时间(1-2小时) 阅读提示:Methods 2.4 及 Figure 1E |
| 脂肪酸穿梭 | BodipyC12浓度(1μM)、孵育时间(16小时)、洗脱时间(1小时)、饥饿时间(1-2小时)、HBSS配方 阅读提示:Methods 2.5 |
| 磷脂转移和自噬 | 18:1 NBD-PS/DOPC浓度(0.2mM)、负载时间(30分钟)、饥饿时间(1-2小时)、RFP-LC3B转染时间(24小时) 阅读提示:Methods 2.7 和 2.8 |
| 线粒体钙摄取 | Rhod-2, AM浓度(1μM)、thapsigargin浓度(1μM)、Ru360浓度(10μM)、处理时间(2分钟)、成像间隔(10秒) 阅读提示:Methods 2.9 及 Figure 5B |