抗体定位分析
确定自身抗体在肌纤维中的亚细胞分布是否与靶抗原一致。
使用共聚焦免疫荧光显微镜检测不同肌炎自身抗体阳性患者的肌肉活检中IgG的定位。
Pathological autoantibody internalisation in myositis
通过免疫荧光定位、大规模RNA测序、抗体电穿孔实验及体外细胞模型,结合多种自身抗体亚型,证实自身抗体内化及功能影响。
肌炎患者肌肉活检 正常人骨骼肌成肌细胞 培养的肌管细胞
抗体在肌纤维中的沉积模式(核/核仁/胞浆) RNA测序数据集的样本处理与差异表达分析 抗Mi2和抗PM/Scl特异性基因集在抗体电穿孔后的表达 IFNB1处理对肌细胞基因表达的影响 抗HMGCR患者肌肉活检中脂质积累的比例
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定自身抗体在肌纤维中的亚细胞分布是否与靶抗原一致。
使用共聚焦免疫荧光显微镜检测不同肌炎自身抗体阳性患者的肌肉活检中IgG的定位。
识别不同自身抗体亚型特异性基因表达模式。
对669个肌肉活检样本进行批量RNA测序,计算各组差异表达基因。
验证纯化的患者抗体能否在培养的肌肉细胞中重现疾病相关的转录组变化。
将纯化的IgG电穿孔导入正常人类成肌细胞,24小时后收集RNA进行测序。
确定IFNB1对肌细胞基因表达的影响,以解析IFN1诱导基因的来源。
用不同浓度的IFNA2a和IFNB1处理培养的成肌细胞,7天后收集RNA测序。
评估抗HMGCR患者肌肉活检中脂质积累情况。
复查肌肉活检切片,通过油红O染色评估脂质积累。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| RNA测序文库制备 | TruSeq链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| NEBNext Poly(A) mRNA磁力分离模块 | New England BioLabs | E7490 | |
| Ultra™ II 定向RNA文库制备试剂盒 | New England BioLabs | E7760 | |
| 细胞培养 | DMEM-F12培养基 | Lonza | 12-719F |
| 马血清 | Gibco | 16050-122 | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | Gibco | 41400-045 | |
| 青霉素-链霉素-L-谷氨酰胺 | Gibco | 10378-016 | |
| 细胞处理 | 干扰素α2a | R&D | 11100-1 |
| 干扰素β1 | PeproTech | 300-02BC | |
| 抗体纯化 | 蛋白G琼脂糖 | Millipore | 16-266 |
| Amicon Pro纯化系统 | Millipore | ACS500024 | |
| Amicon Ultra离心过滤器(30kDa) | Millipore | UFC503024 | |
| 电穿孔 | P5原代细胞4D-Nucleofector™ X试剂盒L | Lonza | V4XP-5024 |
| 免疫荧光 | Hoechst 33258染料 | Abcam | ab228550 |
| 免疫荧光封片 | Prolong Diamond抗淬灭封片剂 | -- | -- |
| 图像采集 | Leica玻片扫描仪SCN400F | Leica | -- |
| Leica SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 肌肉活检样本 | 样本来源、疾病组和对照组的纳入标准、样本量(669例RNAseq),固定方法(未固定切片用于免疫荧光) 阅读提示:Methods: Patients, RNA sequencing |
| 免疫荧光 | 一抗和二抗的类型及稀释度、切片厚度(10μm)、孵育时间和温度、Hoechst染料浓度(1:4000)、封片剂 阅读提示:Methods: Histopathology and immunofluorescence; Supplementary Table 2 |
| 批量RNA测序 | RNA提取方法(TRIzol),文库制备试剂盒(TruSeq或NEBNext),测序平台,差异表达分析参数(q值<0.01) 阅读提示:Methods: RNA sequencing; Statistical and bioinformatic analysis |
| 抗体电穿孔 | IgG纯化方法(蛋白G琼脂糖和Amicon系统),电穿孔试剂盒(Lonza P5),电穿孔后培养时间(24小时),培养基(分化培养基) 阅读提示:Methods: Electroporation of antibodies into human muscle cells |
| 干扰素处理 | IFN浓度(100和1000 U/uL),处理时间(7天),细胞类型(正常人成肌细胞) 阅读提示:Methods: Culture ... and treatment with different types of interferon |