检测USP18在I/R损伤中的表达
确定USP18在心肌I/R损伤中的表达变化及其细胞定位。
通过RNA-seq、Western blot和免疫荧光检测I/R心脏、IHD患者心脏及H/R心肌细胞中USP18的表达,并用TNF-α和HMGB1处理心肌细胞观察表达变化。
USP18 exacerbates myocardial I/R injury by inhibiting Parkin mitophagy through the deubiquitinase PTEN-L
包含心脏特异性基因敲除小鼠、AAV9介导的过表达与敲低、体外心肌细胞模型、患者样本及多组学分析,并进行了功能与机制验证。
心脏特异性USP18敲除(USP18-cKO)小鼠 AAV9介导的心脏USP18过表达小鼠 新生大鼠心室肌细胞(NRVMs) STEMI患者血清及缺血性心脏病患者心脏组织
USP18-cKO小鼠的构建(USP18flox/flox与α-MHC-MerCreMer杂交)及他莫昔芬诱导(20 mg/kg/d,腹腔注射5天) AAV9-cTnT-USP18或AAV9-shRNA的尾静脉注射剂量(60-80 μl,5.0-6.5×10^13 vg/ml)及手术前2周给药 心肌I/R模型(35只/组,15只用于24小时急性评估,20只用于4周慢性评估) NRVM的H/R模型(缺氧4小时,复氧过夜)及腺病毒感染MOI=100 抗PTEN-L抗体处理(50 μg/只,隔天一次,共28天)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定USP18在心肌I/R损伤中的表达变化及其细胞定位。
通过RNA-seq、Western blot和免疫荧光检测I/R心脏、IHD患者心脏及H/R心肌细胞中USP18的表达,并用TNF-α和HMGB1处理心肌细胞观察表达变化。
验证USP18对心肌I/R损伤、线粒体功能和心脏重塑的功能影响。
对USP18-cKO和AAV9-USP18过表达小鼠进行I/R手术,评估梗死面积、心肌损伤标志物、线粒体形态和功能、心脏重塑及心功能。
在体外心肌细胞模型中确认USP18对细胞损伤和线粒体自噬的调节作用。
在NRVMs中敲低或过表达USP18,进行H/R处理,检测细胞活力、LDH释放、凋亡、线粒体形态和线粒体自噬流。
确定USP18的作用是否依赖于Parkin介导的线粒体自噬。
在USP18敲低或敲除的细胞和小鼠中敲低或敲除Parkin,观察对细胞损伤和线粒体功能的影响。
揭示USP18是否通过去泛素化PTEN-L并上调其表达来发挥功能。
通过Co-IP、质谱、泛素化实验、蛋白半衰期实验等验证USP18与PTEN-L的相互作用及其对PTEN-L泛素化和稳定性的影响。
确定PTEN-L是否介导USP18对Parkin转位和线粒体自噬的抑制作用。
通过敲低或过表达PTEN-L,以及使用PTEN-L突变体,观察对Parkin磷酸化、转位和线粒体自噬的影响。
探索通过中和PTEN-L是否可减轻心脏I/R损伤。
在I/R小鼠模型中给予抗PTEN-L抗体,评估心肌损伤、线粒体功能、心脏重塑和功能;同时检测STEMI患者血清PTEN-L水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型建立 | 他莫昔芬 | Sigma | T-5648 |
| 基因过表达/敲低 | AAV9-cTnT-USP18 | Vigene Bioscience | -- |
| AAV9-cTnT-shPTEN-L | Vigene Bioscience | -- | |
| AAV9-cTnT-shParkin | Vigene Bioscience | -- | |
| AAV9-ScRNA | Vigene Bioscience | -- | |
| 抗体中和处理 | 抗PTEN-L抗体 | Merck Millipore | -- |
| 抗体中和对照 | 大鼠IgG | Sigma | -- |
| 细胞培养和处理 | 肿瘤坏死因子-α | Beyotime | -- |
| 高迁移率族蛋白B1 | Abcam | -- | |
| 细胞处理 | Mdivi-1 | MedChemExpress | -- |
| MG132 | -- | -- | |
| 质粒构建 | Ad-USP18 | Vigene Biosciences | -- |
| Ad-PTEN-L | Vigene Biosciences | -- | |
| siRNA转染 | 靶向USP18、PTEN-L或Parkin的siRNA | RiboBio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | USP18-cKO小鼠的构建:USP18flox/flox与α-MHC-MerCreMer杂交,他莫昔芬剂量20 mg/(kg·d)腹腔注射5天;AAV9注射剂量60-80 μl,(5.0-6.5)×10^13 vg/ml,术前2周。 阅读提示:Methods 2.1 Animals |
| 心肌I/R模型 | 每组小鼠数量(35只/组,其中15只用于24小时急性评估,20只用于4周慢性评估;假手术组17只/组),手术时间点(24小时和4周)。 阅读提示:Methods 2.1 Animals |
| NRVM分离和处理 | NRVM分离方法(酶消化法)、H/R模型条件(缺氧4小时,复氧过夜)、腺病毒感染MOI=100、siRNA浓度未明确说明。 阅读提示:Methods 2.2 Neonatal rat cardiomyocyte (NRVM) isolation and treatment |
| 蛋白表达检测 | Western blot抗体信息(如USP18、PTEN-L、Parkin等)在补充材料中列出,需查阅补充方法。 阅读提示:Methods 2.4 Other experimental procedures(Additional file 1) |
| 线粒体功能检测 | OCR检测使用仪器(如Seahorse)未在正文明确,线粒体复合物活性检测方法需查阅补充材料。 阅读提示:Methods 2.4 Other experimental procedures(Additional file 1) |
| 临床样本 | STEMI患者纳入标准(CK-MB≥2倍正常值或cTnI>0.1 ng/ml),样本采集时间(PCI前和PCI后),排除标准。 阅读提示:Methods 2.3 Human samples |
| 统计设计 | 样本量计算(每组至少5只用于功能/形态分析,至少3只用于分子分析),统计方法(one-way ANOVA、LSD或Tamhane's T2、Student's t-test、Mann-Whitney U、χ²检验)。 阅读提示:Methods 2.5 Statistical analysis |