诱导rNLS8 ALS模型
建立可诱导的TDP-43蛋白病模型,以研究疾病早期事件。
通过从饮食中去除多西环素(Dox),诱导rNLS8小鼠表达hTDP-43ΔNLS,从而在神经元中积累胞质pTDP-43,引发ALS样表型。
Neuronal TDP-43 pathology drives astrocytic interferon response in a mouse model of ALS
包含体外qPCR、质谱、snRNA-seq、免疫组化、免疫荧光和蛋白组学分析等多个独立证据层级,并明确验证了cGAS-STING通路和星形胶质细胞反应。
rNLS8小鼠模型 对照(同窝不含tetO-hTDP-43-ΔNLS转基因)小鼠 全脑组织
rNLS8小鼠在多西环素去除后4周(发生运动障碍和神经元变性) IFN-I通路激活(通过7个ISG的qPCR和IFN评分检测) cGAS-STING通路激活(通过质谱检测全脑中cGAMP浓度) snRNA-seq中星形胶质细胞中ISG表达显著上调 IHC/IF检测海马区星形胶质细胞中ISG15和IFITM3蛋白表达增加
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立可诱导的TDP-43蛋白病模型,以研究疾病早期事件。
通过从饮食中去除多西环素(Dox),诱导rNLS8小鼠表达hTDP-43ΔNLS,从而在神经元中积累胞质pTDP-43,引发ALS样表型。
验证在rNLS8小鼠中IFN-I信号是否被激活。
通过定量实时PCR(qPCR)检测脑和脊髓中7个ISG的表达,并计算IFN评分。
确定IFN-I反应是否由cGAS-STING通路介导。
通过质谱法(UPLC-MS)定量全脑中的cGAMP浓度,以评估cGAS酶活性。
识别IFN-I产生和应答的细胞类型。
对全脑进行single-nucleus RNA-seq(sci-RNA-seq3),分析不同细胞类型中ISG和相关基因的表达差异。
在蛋白水平确认ISG表达增加。
利用TDP-map数据库的蛋白质组学数据,检查IFIT3和ISG15蛋白表达;并进行免疫组化(IHC)和免疫荧光(IF)染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物饲养 | 多西环素饮食(625 ppm) | LabDiet or BioServ | -- |
| RNA提取 | RNeasy脂质组织迷你试剂盒 | Qiagen | -- |
| cDNA合成 | Applied Biosystems高容量cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| qPCR | ABI StepOne Plus实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| cGAMP检测 | OASIS WAX固相萃取柱 | Waters | -- |
| Waters Xevo TQS质谱仪 | Waters | -- | |
| 免疫组化 | Bond Polymer Refine (DAB) 检测试剂盒 | Leica Microsystems | -- |
| 兔抗小鼠IFITM3抗体,克隆RB13975 | Antibodies online | ABIN2845007 | |
| 兔抗小鼠ISG15抗体 | Proteintech | 15981-1-AP | |
| 纯化兔IgG | R&D Systems | AB-105-C | |
| Nanozoomer数字病理切片扫描仪 | Hamamatsu | -- | |
| 免疫荧光 | Leica BOND RX自动染色仪 | Leica | -- |
| Opal抗小鼠/兔HRP聚合物 | Akoya Biosciences | ARH1001EA | |
| Opal 520荧光染料 | Akoya Biosciences | FP1487001KT | |
| Opal 570荧光染料 | Akoya Biosciences | FP1488001KT | |
| Opal 690荧光染料 | Akoya Biosciences | FP1497001KT | |
| DAPI染色液 | Sigma | D8417 | |
| Prolong Gold抗淬灭封片剂 | Invitrogen/Life Technologies | P36930 | |
| Vectra Polaris定量病理成像系统 | Akoya Biosciences | -- | |
| 兔抗ISG15抗体 | Proteintech | 15981-1-AP | |
| 兔抗NeuN抗体(D4G4O) | Cell Signaling Technologies | 24307 | |
| 兔抗GFAP抗体 | Dako | Z0334 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型诱导 | rNLS8小鼠及其对照;多西环素去除的方式和时间点(4周) 阅读提示:Methods: Mouse housing and strains used; Induction of ALS in rNLS8 mice |
| qPCR检测ISG表达 | 引物序列(补充表1);7个ISG列表;组织来源(脑和脊髓);内参基因;数据分析方法(2^-ΔΔCt) 阅读提示:Methods: Quantitative real-time PCR (qPCR); Supplementary Table 1 |
| cGAMP质谱检测 | 组织处理(80% MeOH提取);质谱参数(MRM转换);内标(cGAMP*) 阅读提示:Methods: Purification and quantification of cGAMP |
| 单核RNA测序 | 样本数量(5 control, 5 rNLS8);性别(雌性);时间点(4周);文库制备(sci-RNA-seq3);测序平台(Illumina NovaSeq S4);参考基因组(GRCm39, Ensembl v107) 阅读提示:Methods: Single nucleus RNA sequencing (snRNA-seq); Data analysis pipeline and packages used |
| 免疫组织化学和免疫荧光 | 抗原修复条件(HIER1或HIER2);抗体种类、稀释度、克隆号及货号;染色平台(Leica BOND RX);图像分析软件(Visiopharm) 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry (IHC); Immunofluorescence (IF); Figure legends |