样本收集与临床数据获取
获取IBM患者及相应对照的肌肉组织样本和临床信息,用于代谢组学分析及与临床参数的相关性研究。
收集了37例IBM患者和22例对照的临床残余肌肉活检组织,记录了年龄、性别、病程、MMT评分和MRS评分,并获取了既往的RNA测序数据。
Mitochondria-centred metabolomic map of inclusion body myositis: sex-specific alterations in central carbon metabolism
包含非靶向代谢组学、中心碳代谢平台、靶向代谢组学及RNA-代谢组学整合分析,有明确实验方法和验证结果,但缺乏功能验证或机制验证,因此完整度为中。
IBM患者肌肉组织样本 年龄和性别匹配的对照肌肉组织样本
模型:患者肌肉组织样本(IBM组37例,对照组22例) 来源:既存的临床肌肉活检残余组织 ~30-50mg,开放活检,禁食过夜,异戊烷-液氮冷冻,-80°C储存 分组:按性别和疾病组分层 检测指标:非靶向代谢组学(四种模式)、中心碳代谢平台、靶向代谢组学(TCA循环、糖酵解/PPP、氨基酸、酰基肉碱、乙酰辅酶A) 临床参数:病程、MMT评分、MRS评分,以及线粒体自噬标志物p-S65-Ub水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取IBM患者及相应对照的肌肉组织样本和临床信息,用于代谢组学分析及与临床参数的相关性研究。
收集了37例IBM患者和22例对照的临床残余肌肉活检组织,记录了年龄、性别、病程、MMT评分和MRS评分,并获取了既往的RNA测序数据。
无偏地探索IBM肌肉组织中代谢物的整体变化,并初步识别性别特异性改变的代谢物。
使用四极杆飞行时间质谱(Q-TOF)和超高效液相色谱,在正负离子模式下通过亲水相互作用和反相C18柱对提取的代谢物进行检测,比较IBM组与对照组的差异代谢物。
聚焦中心碳代谢通路,半靶向检测相关代谢物,以弥补非靶向代谢组学的碎片化结果。
使用Agilent代谢组学动态MRM数据库和方法,监测219种中心碳代谢物,在肌肉组织匀浆上使用Agilent 6460三重四极杆质谱仪和1290 Infinity II四元泵进行测量。
对TCA循环、糖酵解/PPP、氨基酸、酰基肉碱和乙酰辅酶A等关键代谢物进行绝对定量,验证非靶向和中心碳代谢平台的结果。
使用GC-MS和LC-MS对肌肉组织匀浆中的11种TCA循环代谢物、10种糖酵解和PPP代谢物、42种氨基酸、肉碱和13种酰基肉碱以及乙酰辅酶A进行定量,并归一化到蛋白浓度。
评估代谢物水平与疾病严重程度、病程和线粒体自噬标志物之间的关系。
使用Spearman相关分析,评估代谢物数据与临床参数(MMT、MRS、病程)和p-S65-Ub水平的相关性,并按性别分层分析。
通过无监督整合RNA测序数据和代谢物数据,识别共变模块,并评估这些模块与临床参数和p-S65-Ub的关系。
对基因表达数据和代谢物数据进行标准化和过滤(变异系数>20%),然后使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建整合模块,并通过Spearman相关分析模块与临床参数和p-S65-Ub的相关性,同时进行通路富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 代谢组学分析 | 安捷伦科技6550 Q-TOF质谱仪 | Agilent Technologies | -- |
| 安捷伦科技1290 Infinity超高效液相色谱 | Agilent Technologies | -- | |
| 中心碳代谢分析 | 安捷伦6460三重四极杆质谱仪 | Agilent | -- |
| 1290 Infinity II四元泵 | Agilent | -- | |
| p-S65-Ub检测 | Meso Scale Discovery平台 | Meso Scale Discovery | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与处理 | 样本来源:临床残余肌肉活检组织;组织重量:约30-50mg;处理方式:异戊烷-液氮冷冻,-80°C储存 阅读提示:Methods: Study population, Sample collection |
| 非靶向代谢组学 | 质谱平台:Agilent 6550 Q-TOF;液相:Agilent 1290 Infinity UHPLC;模式:正负离子,亲水相互作用和反相C18柱;差异阈值:log2 fold change > |0.58|,FDR调整p<0.05 阅读提示:Methods: Metabolomics, Untargeted metabolomics |
| 中心碳代谢平台 | 质谱平台:Agilent 6460三重四极杆质谱仪;液相:1290 Infinity II四元泵;检测物:219种中心碳代谢物;差异阈值:log2 fold change > |0.58|,FDR调整p<0.05 阅读提示:Methods: Metabolomics, Central Carbon metabolism |
| 靶向代谢组学 | 定量平台:GC-MS和LC-MS;检测物:11种TCA循环代谢物、10种糖酵解/PPP代谢物、42种氨基酸、13种酰基肉碱和乙酰辅酶A;数据归一化:BCA蛋白测定;统计方法:t-test或Wilcoxon rank sum test 阅读提示:Methods: Metabolomics, Targeted metabolomics |
| 相关性分析 | 统计方法:Spearman相关,p<0.05有统计学意义;临床参数:病程、MMT评分、MRS评分;p-S65-Ub测量:Meso Scale Discovery平台ELISA 阅读提示:Methods: Correlation between metabolite concentrations, clinical parameters and p-S65-Ubiquitin |
| RNA-代谢组学整合 | RNA数据预处理:TMM归一化,log2转换,CV>20%过滤,z-score转换;代谢物数据预处理:TMM归一化,log2转换,CV>20%过滤,z-score转换;整合方法:加权共表达网络分析;相关方法:Spearman相关,Benjamini-Hochberg调整p值;通路富集:MetaboAnalyst 6.0,超几何检验,FDR q<0.05 阅读提示:Methods: Integration of RNA-metabolomics data and correlation with clinical parameters and p-S65-Ubiquitin levels |