遗传学诊断
鉴定患者中RINT1致病性变异。
对患者进行全外显子组测序,并使用Sanger测序验证变异和分离分析。
RINT1 deficiency disrupts lipid metabolism and underlies a complex hereditary spastic paraplegia
包含患者临床表型与遗传分析、患者成纤维细胞功能实验(蛋白表达、自噬、脂滴、脂质组学、线粒体功能)及体内临床样本(血浆)多层级证据。
患者皮肤成纤维细胞 患者血浆样本 患者外周血样本(用于WES)
RINT1双等位基因变异类型及剪接异常导致的p.Phe558_Gln564del缺失 患者成纤维细胞中RINT1、ZW10、NBAS蛋白表达水平显著降低 成纤维细胞中脂滴数目增多而面积减小 成纤维细胞和血浆中甘油三酯、二甘油酯降低,磷脂(PC、PE、PS)升高 线粒体膜电位降低、ROS升高、ATP减少、DRP1磷酸化比例增加
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定患者中RINT1致病性变异。
对患者进行全外显子组测序,并使用Sanger测序验证变异和分离分析。
评估RINT1变异对NRZ复合物表达和定位的影响。
使用Western blot和免疫荧光检测RINT1、ZW10、NBAS蛋白表达和定位。
检测RINT1变异对自噬、高尔基形态和脂滴的影响。
通过Bafilomycin A1处理检测LC3-II水平评估自噬流;共聚焦显微镜检测高尔基体积;Oil Red O染色检测脂滴数目和大小。
全面评估患者成纤维细胞和血浆中的脂质异常。
使用LC-HRMS对成纤维细胞和血浆样本进行脂质组学分析,检测中性脂质和磷脂。
探究脂质代谢相关酶的表达变化。
通过RT-qPCR检测DGAT1、DGAT2、PCYT2、PLA2G6、SREBP-1c、FASN的表达。
评估RINT1变异对线粒体形态、功能和生物能量学的影响。
使用MitoTracker Orange和TOMM20染色观察线粒体形态;TEM分析线粒体超微结构;检测ATP、膜电位、ROS;Western blot检测DRP1磷酸化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 无葡萄糖DMEM | Biological Industries | -- | |
| 自噬检测 | 巴佛洛霉素A1 | Merck | 88899-55-2 |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| cDNA合成 | SuperScript IV试剂盒 | Life Technologies | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| NuPAGE Novex Bis-Tris凝胶 | Invitrogen | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | -- | |
| iBlot 2凝胶转印仪 | Invitrogen | -- | |
| 增强化学发光系统 | GE Healthcare | -- | |
| ChemiDoc Touch成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| ImageLab软件 | Bio-Rad | -- | |
| 抗RINT1抗体 | Merck | HPA019875 | |
| 抗ZW10抗体 | Proteintech | 24561-AP | |
| 抗NBAS抗体 | Abcam | ab122370 | |
| 抗RAB18抗体 | Proteintech | 11304-1-AP | |
| 抗p62抗体 | Abcam | ab56416 | |
| 抗LC3B抗体 | Cell Signaling Technology | 2775 | |
| 抗VDAC1抗体 | Abcam | ab15895 | |
| 抗线粒体复合体III抗体 | Molecular Probes | A21362 | |
| 抗线粒体复合体IV抗体 | Invitrogen | A21348 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Abcam | ab80779 | |
| 抗DRP1抗体 | Cell Signaling Technology | 14647 | |
| 抗磷酸化DRP1 (Ser616)抗体 | Cell Signaling Technology | 3455 | |
| 抗磷酸化DRP1 (Ser637)抗体 | Cell Signaling Technology | 6319 | |
| 抗MFN1抗体 | Proteintech | 13798-1-AP | |
| 抗MFN2抗体 | Sigma-Aldrich | M6444 | |
| 抗OPA1抗体 | BD Transduction Laboratories | 612607 | |
| HRP标记的抗小鼠抗体 | Dako | P0447 | |
| HRP标记的抗兔抗体 | Dako | P0448 | |
| 免疫荧光 | 抗Calnexin抗体 | Novus Biologicals | NB300-518 |
| 抗TOMM20抗体 | Abcam | Ab56783 | |
| Alexa 647标记的抗小鼠抗体 | Thermo Fisher Scientific | A21236 | |
| Alexa 488标记的抗兔抗体 | Thermo Fisher Scientific | A11034 | |
| 线粒体染色 | MitoTracker Orange探针 | Thermo Fisher Scientific | M7510 |
| 脂滴染色 | 油红O | Merck | 1320-06-5 |
| 显微镜 | Leica TCS SL激光扫描共聚焦显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件 | NIH | -- |
| 3D重建 | Imaris 9.7.2软件 | Bitplane | -- |
| 电镜 | 环氧树脂 | Ted Pella | -- |
| Leica EM UC6超薄切片机 | Leica | -- | |
| 醋酸铀 | -- | 541-09-3 | |
| 柠檬酸铅 | EMS | 512-26-5 | |
| Jeol JEM-1010透射电子显微镜 | Jeol | -- | |
| CCD Orius相机 | GATAN | -- | |
| 脂质组学 | Histopaque分离液 | Merck | -- |
| 内标 | Avanti Polar Lipids | -- | |
| Acquity UHPLC系统 | Waters | -- | |
| LCT Premier XE飞行时间检测器 | Waters | -- | |
| Acquity UHPLC BEH C8色谱柱 | Waters | -- | |
| RNA表达 | SuperScript II逆转录酶 | Invitrogen | -- |
| LightCycler 480 RT-PCR系统 | Roche Diagnostics | -- | |
| TaqMan基因表达检测 | Applied Biosystems | -- | |
| ATP测量 | ATPlite 1step系统 | PerkinElmer | -- |
| 线粒体膜电位 | TMRE探针 | Molecular Probes | -- |
| 流式细胞术 | Gallios流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| FlowJo软件 | Tree Star | -- | |
| ROS测量 | H2-DCFDA探针 | Thermo Fisher Scientific | 4091-99-0 |
| 统计 | GraphPad Prism软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者成纤维细胞培养 | DMEM培养基(Gibco)、10% FBS、100 μg/mL青霉素-链霉素,37°C、5% CO2。 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment |
| 葡萄糖剥夺实验 | 无葡萄糖DMEM(Biological Industries)补充L-谷氨酰胺、10% FBS、100 μg/mL青霉素-链霉素,处理16小时。 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment |
| 自噬流检测 | 无血清培养基,400 nM Bafilomycin A1处理4小时。 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment; Figure 3 legend |
| 免疫印迹 | 使用RIPA缓冲液裂解,并补充蛋白酶和磷酸酶抑制剂;抗体稀释比例:anti-RINT1 1:1000, anti-ZW10 1:1000等。 阅读提示:Methods: Western blotting |
| 脂滴染色 | Oil Red O工作液配方:100 mg Oil Red O溶于20 mL 60%三乙基磷酸,用15 mL工作液加8 mL ddH2O,过滤两次;固定使用10%甲醛。 阅读提示:Methods: Microscopy analysis |
| 脂质组学 | 血浆和成纤维细胞样本准备;使用甲醇-氯仿(1:2)提取,添加内标;LC-HRMS分析,使用Acquity UPLC BEH C8柱。 阅读提示:Methods: Lipidomics profiling |
| 线粒体形态分析 | MitoTracker Orange染色(15分钟,37°C)和TOMM20抗体染色;使用ImageJ分析线粒体大小和数目。 阅读提示:Methods: Microscopy analysis; Figure 7 legend |
| 线粒体膜电位检测 | 50 nM TMRE孵育30分钟,流式细胞仪分析。 阅读提示:Methods: Inner mitochondrial membrane potential quantification |
| ROS检测 | 10 μM H2-DCFDA孵育30分钟,荧光分光光度计测量(激发493 nm,发射527 nm)。 阅读提示:Methods: Intracellular ROS measurement |