患者遗传学鉴定
鉴定导致神经发育障碍和无丙种球蛋白血症的遗传变异。
对来自血缘家庭的5名患者进行全外显子组测序和Sanger测序验证,并结合ACMG/AMP指南评估变异致病性。
Biallelic Cys141Tyr variant of SEL1L is associated with neurodevelopmental disorders, agammaglobulinemia, and premature death
包含患者临床与免疫分析、皮肤成纤维细胞及HEK293T细胞功能验证、结构预测和机制研究等多个证据层级,并明确功能验证。
患者皮肤成纤维细胞 HEK293T基因敲入细胞系 SEL1L敲除HEK293T细胞 患者十二指肠活检
SEL1L C141Y纯合变异(NM_005065.6: exon4: c.422G>A) 患者外周血CD19+成熟B细胞缺失及免疫球蛋白缺乏 MG132处理浓度10 μM、时间2小时 环己酰亚胺追踪实验检测蛋白稳定性 HRD1敲除对SEL1L蛋白水平的恢复效应
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定导致神经发育障碍和无丙种球蛋白血症的遗传变异。
对来自血缘家庭的5名患者进行全外显子组测序和Sanger测序验证,并结合ACMG/AMP指南评估变异致病性。
描述患者的临床表现和免疫缺陷特征。
收集患者临床资料,进行外周血免疫细胞和免疫球蛋白检测,以及十二指肠活检免疫组化分析。
评估SEL1LC141Y变异对ERAD复合物稳定性和功能的影响。
利用患者皮肤成纤维细胞和CRISPR/Cas9生成的KI HEK293T细胞,通过Western blot、免疫荧光和免疫组化检测ERAD蛋白水平,并通过环己酰亚胺追踪和底物积累实验评估功能。
比较SEL1LC141Y与其他已知SEL1L/HRD1低效变异对ERAD功能的影响。
生成表达不同变异的KI HEK293T细胞,定量比较SEL1L、HRD1和ERAD底物蛋白水平。
阐明SEL1LC141Y导致ERAD复合物不稳定的分子机制。
通过破坏另一个二硫键(C127Y)和删除整个FNII结构域,分析对复合物稳定性的影响;使用MG132抑制蛋白酶体,并在HRD1或RNF5敲除背景中评估SEL1L蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Fisher Scientific | -- | |
| 聚乙烯亚胺 | MilliporeSigma | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher | -- |
| 蛋白质印迹 | 蛋白酶抑制剂 | MilliporeSigma | -- |
| 二硫苏糖醇 | MilliporeSigma | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | MilliporeSigma | -- | |
| Bio-Rad蛋白定量染料 | Bio-Rad | -- | |
| PVDF膜 | Fisher Scientific | -- | |
| HRP偶联二抗 | Bio-Rad | -- | |
| HSP90抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-13119 | |
| SEL1L抗体 | homemade | -- | |
| SEL1L抗体 | Abcam | ab78298 | |
| HRD1抗体 | Proteintech | 13473-1 | |
| OS9抗体 | Abcam | ab109510 | |
| ERLEC1抗体 | Abcam | ab181166 | |
| CD147抗体 | Proteintech | 11989-1 | |
| IRE1α抗体 | Cell Signaling Technology | 3294 | |
| UBE2J1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-377002 | |
| 泛素抗体 | Santa Cruz Biotechnology | P4D1 | |
| LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 2775 | |
| RNF5抗体 | Bethyl | A303-594A | |
| FLAG抗体 | MilliporeSigma | F1804 | |
| HA抗体 | MilliporeSigma | H3663 | |
| PERK抗体 | Cell Signaling Technology | 3192 | |
| 磷酸化PERK抗体 | Cell Signaling Technology | 3179 | |
| eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 9722 | |
| 磷酸化eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 9721 | |
| BiP抗体 | Abcam | ab21685 | |
| PDI抗体 | Enzo | ADI-SPA-890 | |
| TRI试剂 | Molecular Research Center | TR 118 | |
| BCP相分离试剂 | Molecular Research Center | TR 118 | |
| RT-PCR | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| 基因编辑 | lentiCRISPR v2载体 | Addgene | 52961 |
| pYZ122-pSMART HCKan-sgRNA-Sp-BbsI质粒 | -- | -- | |
| pCAG-CBE4max-SpG-P2A-EGFP质粒 | Addgene | 139998 | |
| BbsI限制酶 | NEB | -- | |
| HotStart Taq 2× PCR预混液 | ABclonal | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本分析 | 患者外周血中成熟B细胞(CD19+)和免疫球蛋白水平;十二指肠活检中CD20+ B细胞和T细胞浸润情况 阅读提示:Table 2和Supplemental Figure 3A |
| 细胞培养与基因编辑 | HEK293T细胞培养条件(DMEM+10%FBS,37°C,5%CO2);sgRNA序列及转染方法(PEI或Lipofectamine 3000);嘌呤霉素筛选浓度(2 μg/ml)和时间(24小时) 阅读提示:Methods:CRISPR/Cas9-based KO and KI HEK293T cells |
| 蛋白质印迹 | 抗体列表及稀释比例(如anti-SEL1L从Abcam ab78298 1:1000等);裂解缓冲液成分(NP-40,含蛋白酶和磷酸酶抑制剂);蛋白上样量(10-30 μg) 阅读提示:Methods:Western blot and antibodies |
| ERAD功能检测 | 环己酰亚胺追踪实验的药物浓度和时间;MG132处理浓度(10 μM)和时间(2小时);ERAD底物(IRE1α、CD147)检测 阅读提示:Figure 3D和Figure 7A;Methods |
| 机制验证 | HRD1或RNF5敲除是否影响SEL1L蛋白水平;SEL1LC127Y和SEL1LC141Y KI细胞中SEL1L蛋白水平变化 阅读提示:Figure 7B和Supplemental Figure 9 |