NUDIX靶向CRISPR/Cas9筛选
鉴定22个NUDIX水解酶中对硫嘌呤细胞毒性有调节作用的基因。
在Nalm6和697细胞中表达Cas9,转导靶向NUDIX基因的sgRNA文库,用1.5μM TG处理7天,通过深度测序分析sgRNA丰度变化。
The NUDIX hydrolase NUDT5 regulates thiopurine metabolism and cytotoxicity
包含体外细胞实验(CRISPR/Cas9筛选、药物敏感性、代谢物测定、同位素示踪)和患者样本遗传关联分析,以及功能验证(基因敲除和回补)。
Nalm6 B-ALL细胞系 697 B-ALL细胞系 NUDT5敲除的Nalm6和697细胞 582名儿童ALL患者队列(AALL03N1试验)
NUDIX靶向CRISPR/Cas9筛选在Nalm6和697细胞系中进行,并用1.5μM TG处理7天。 NUDT5敲除细胞对TG和MP的敏感性检测,处理72小时,浓度梯度。 硫嘌呤代谢物测定:用10μM MP处理24小时,DNA-TG用5μM MP处理24小时。 使用[15N4]次黄嘌呤和[amide-15N]谷氨酰胺进行稳定同位素示踪,标记4小时。 患者队列中NUDT5变异与MP剂量强度(DI)的关联分析,调整遗传祖先,并进行1000次置换检验。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定22个NUDIX水解酶中对硫嘌呤细胞毒性有调节作用的基因。
在Nalm6和697细胞中表达Cas9,转导靶向NUDIX基因的sgRNA文库,用1.5μM TG处理7天,通过深度测序分析sgRNA丰度变化。
确证NUDT5缺失是否导致硫嘌呤耐药。
在Nalm6和697细胞中敲除NUDT5,用不同浓度TG或MP处理72小时,检测细胞活力,并回补NUDT5验证。
评估NUDT5缺失对硫嘌呤生物转化和DNA掺入的影响。
用MP处理细胞后,提取胞质代谢物和DNA,用LC-MS/MS定量12种硫嘌呤代谢物和DNA-TG。
揭示NUDT5缺失对嘌呤代谢途径的影响。
对NUDT5敲除细胞进行稳态代谢组学分析,并用[15N4]次黄嘌呤和[amide-15N]谷氨酰胺进行稳定同位素示踪,检测嘌呤补救和从头合成途径。
评估NUDT5种系变异与硫嘌呤诱导骨髓抑制的关联。
对582名儿童ALL患者进行NUDT5测序和基因分型,分析NUDT5变异与MP剂量强度(DI)的关联,并用置换检验校正多重检验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| 胎牛血清 | Cytiva | SH30071.03 | |
| 基因编辑 | pSpCas9(BB)-2A-GFP (px458)载体 | Addgene | 48138 |
| 细胞核转染试剂盒R | Lonza | VCA-1001 | |
| ClonaCell-TCS培养基 | STEMCELL Technologies | 03814 | |
| NEBuilder HiFi DNA组装克隆试剂盒 | New England Biolabs | E5520 | |
| 细胞培养 | Lenti-X 293T细胞 | Takara | 632180 |
| 细胞活力实验 | CellTiter-Glo检测 | Promega | G8461 |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | J63306.AP |
| BCA检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| β-肌动蛋白抗体 | CST | 4967 | |
| GAPDH抗体 | CST | 14C10 | |
| HPRT抗体 | Abcam | EPR5299 | |
| NUDT5抗体 | Abcam | EPR7734 | |
| pATM抗体 | CST | D6H9 | |
| pATR抗体 | CST | D5K8W | |
| pChk1抗体 | CST | 133D3 | |
| pChk2抗体 | CST | E8Q1A | |
| γH2AX抗体 | CST | 2577 | |
| 抗兔IgG HRP偶联抗体 | Cytiva | NA9340 | |
| 代谢物测定 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | 69506 |
| 苯并核酸酶 | MilliporeSigma | E1014 | |
| 磷酸二酯酶I | MilliporeSigma | P3243 | |
| 碱性磷酸酶 | MilliporeSigma | P7923 | |
| 稳定同位素示踪 | [15N4]次黄嘌呤 | Cambridge Isotope Laboratories | NLM-8500-0.1 |
| [酰胺-15N]谷氨酰胺 | Cambridge Isotope Laboratories | NLM-557-1 | |
| 荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1960 |
| Neon转染系统 | Thermo Fisher Scientific | MPK5000 | |
| pGL4.23荧光素酶质粒 | -- | -- | |
| pRL-TK海肾对照载体 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| NUDIX靶向CRISPR/Cas9筛选 | 细胞系(Nalm6、697),sgRNA文库序列,TG处理浓度(1.5μM)和持续时间(7天),筛选时间点 阅读提示:Methods:NUDIX-targeted CRISPR/Cas9-KO screen;Figure 1 |
| NUDT5敲除细胞药物敏感性 | NUDT5 sgRNA序列,细胞系,处理浓度梯度,处理时间(72小时),细胞活力检测方法 阅读提示:Methods:CRISPR/Cas9 genome editing of NUDT5;In vitro thiopurine sensitivity assessment;Figure 2 |
| 硫嘌呤代谢物和DNA-TG测定 | MP处理浓度(10μM)和时间(24小时),细胞数量,代谢物提取方法,LC-MS/MS定量方法,DNA提取和消化条件 阅读提示:Methods:Measurement of thiopurine cytosolic and nucleic metabolites;Figure 3 |
| 代谢组学和同位素示踪 | 细胞数量,培养条件,示踪剂浓度和时间(10μM [15N4]次黄嘌呤或2mM [amide-15N]谷氨酰胺,4小时),提取和检测方法 阅读提示:Methods:Metabolomics analysis;Stable isotope tracing in B-ALL cells;Figures 4 and 5 |
| 患者遗传关联分析 | 患者队列(AALL03N1),纳入排除标准(TPMT和NUDT15野生型),基因分型和测序方法,关联分析模型(多元回归,调整遗传祖先),置换检验次数 阅读提示:Methods:Patients and thiopurine therapy;NUDT5 sequencing and genotyping in patients;Association of NUDT5 variants with thiopurine toxicity;Figure 6 |