NUDIX水解酶NUDT5调控硫嘌呤代谢和细胞毒性

The NUDIX hydrolase NUDT5 regulates thiopurine metabolism and cytotoxicity

作者信息Maud Maillard, Rina Nishii, Hieu S Vu, Kashi R Bhattarai, Wenjian Yang, Jing Li, Ute Hofmann, Daniel Savic, Smita Bhatia, Matthias Schwab, Min Ni, Jun J Yang
PMID40662362
发布时间2025-07-15
DOI10.1172/JCI190443

实验完整度

包含体外细胞实验(CRISPR/Cas9筛选、药物敏感性、代谢物测定、同位素示踪)和患者样本遗传关联分析,以及功能验证(基因敲除和回补)。

主要模型

Nalm6 B-ALL细胞系 697 B-ALL细胞系 NUDT5敲除的Nalm6和697细胞 582名儿童ALL患者队列(AALL03N1试验)

重点核对

NUDIX靶向CRISPR/Cas9筛选在Nalm6和697细胞系中进行,并用1.5μM TG处理7天。 NUDT5敲除细胞对TG和MP的敏感性检测,处理72小时,浓度梯度。 硫嘌呤代谢物测定:用10μM MP处理24小时,DNA-TG用5μM MP处理24小时。 使用[15N4]次黄嘌呤和[amide-15N]谷氨酰胺进行稳定同位素示踪,标记4小时。 患者队列中NUDT5变异与MP剂量强度(DI)的关联分析,调整遗传祖先,并进行1000次置换检验。

摘要

硫嘌呤是用于治疗白血病和自身免疫性疾病的抗癌药物。这些嘌呤类似物的特点是治疗指数窄,因为存在骨髓抑制的风险。随着NUDIX水解酶15(NUDT15)被发现是硫嘌呤代谢和毒性的主要调节因子,我们试图全面检查NUDIX水解酶家族的所有成员对硫嘌呤药理作用的影响。通过在白血病细胞中进行NUDIX靶向的CRISPR/Cas9筛选,我们鉴定出NUDT5,其缺失导致了对硫嘌呤的显著耐药。NUDT5缺乏导致硫嘌呤活性代谢物几乎完全耗尽,以及硫鸟嘌呤掺入DNA的丧失。机制上,通过稳态代谢组学分析确定,NUDT5缺失导致嘌呤核苷酸生物合成的显著改变。稳定同位素示踪表明,NUDT5的缺失与嘌呤补救途径的显著抑制有关,但对嘌呤从头合成的影响很小。最后,我们在582名急性淋巴细胞白血病儿童中全面鉴定了与硫嘌呤诱导的骨髓抑制相关的NUDT5种系遗传变异。总的来说,这些结果表明NUDT5是硫嘌呤反应的关键调节因子,主要通过其对嘌呤稳态的影响,突出了其为个体化硫嘌呤治疗提供信息的潜力。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
NUDIX水解酶家族中哪些成员调节硫嘌呤的细胞毒性作用,其机制是什么?
核心机制
NUDT5通过影响嘌呤补救途径来调节硫嘌呤代谢,其缺失导致HPRT活性受损,从而减少硫嘌呤活性代谢物的生成和DNA掺入,导致耐药。
主要证据
NUDT5敲除细胞对硫嘌呤耐药,且硫嘌呤代谢物和DNA-TG减少;稳定同位素示踪显示嘌呤补救途径受抑而从头合成影响不大;患者遗传关联分析发现rs55713253变异与MP剂量强度降低相关,且该变异增加增强子活性。
研究意义
NUDT5是硫嘌呤反应的关键调节因子,其遗传变异可能解释个体化治疗中的毒性差异,为硫嘌呤治疗提供潜在生物标志物。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

NUDIX靶向CRISPR/Cas9筛选

鉴定22个NUDIX水解酶中对硫嘌呤细胞毒性有调节作用的基因。

在Nalm6和697细胞中表达Cas9,转导靶向NUDIX基因的sgRNA文库,用1.5μM TG处理7天,通过深度测序分析sgRNA丰度变化。

2

验证NUDT5敲除对硫嘌呤敏感性的影响

确证NUDT5缺失是否导致硫嘌呤耐药。

在Nalm6和697细胞中敲除NUDT5,用不同浓度TG或MP处理72小时,检测细胞活力,并回补NUDT5验证。

3

测定硫嘌呤代谢物和DNA掺入

评估NUDT5缺失对硫嘌呤生物转化和DNA掺入的影响。

用MP处理细胞后,提取胞质代谢物和DNA,用LC-MS/MS定量12种硫嘌呤代谢物和DNA-TG。

4

代谢组学和同位素示踪研究嘌呤代谢

揭示NUDT5缺失对嘌呤代谢途径的影响。

对NUDT5敲除细胞进行稳态代谢组学分析,并用[15N4]次黄嘌呤和[amide-15N]谷氨酰胺进行稳定同位素示踪,检测嘌呤补救和从头合成途径。

5

患者遗传关联分析

评估NUDT5种系变异与硫嘌呤诱导骨髓抑制的关联。

对582名儿童ALL患者进行NUDT5测序和基因分型,分析NUDT5变异与MP剂量强度(DI)的关联,并用置换检验校正多重检验。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
RPMI-1640培养基Gibco11875093
胎牛血清CytivaSH30071.03
pSpCas9(BB)-2A-GFP (px458)载体Addgene48138
细胞核转染试剂盒RLonzaVCA-1001
ClonaCell-TCS培养基STEMCELL Technologies03814
NEBuilder HiFi DNA组装克隆试剂盒New England BiolabsE5520
Lenti-X 293T细胞Takara632180
CellTiter-Glo检测PromegaG8461
RIPA裂解缓冲液Thermo Fisher ScientificJ63306.AP
BCA检测试剂盒Thermo Fisher Scientific23227
β-肌动蛋白抗体CST4967
GAPDH抗体CST14C10
HPRT抗体AbcamEPR5299
NUDT5抗体AbcamEPR7734
pATM抗体CSTD6H9
pATR抗体CSTD5K8W
pChk1抗体CST133D3
pChk2抗体CSTE8Q1A
γH2AX抗体CST2577
抗兔IgG HRP偶联抗体CytivaNA9340
DNeasy血液和组织试剂盒Qiagen69506
苯并核酸酶MilliporeSigmaE1014
磷酸二酯酶IMilliporeSigmaP3243
碱性磷酸酶MilliporeSigmaP7923
[15N4]次黄嘌呤Cambridge Isotope LaboratoriesNLM-8500-0.1
[酰胺-15N]谷氨酰胺Cambridge Isotope LaboratoriesNLM-557-1
双荧光素酶报告基因检测系统PromegaE1960
Neon转染系统Thermo Fisher ScientificMPK5000
pGL4.23荧光素酶质粒----
pRL-TK海肾对照载体----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
NUDIX靶向CRISPR/Cas9筛选
细胞系(Nalm6、697),sgRNA文库序列,TG处理浓度(1.5μM)和持续时间(7天),筛选时间点
阅读提示:Methods:NUDIX-targeted CRISPR/Cas9-KO screen;Figure 1
NUDT5敲除细胞药物敏感性
NUDT5 sgRNA序列,细胞系,处理浓度梯度,处理时间(72小时),细胞活力检测方法
阅读提示:Methods:CRISPR/Cas9 genome editing of NUDT5;In vitro thiopurine sensitivity assessment;Figure 2
硫嘌呤代谢物和DNA-TG测定
MP处理浓度(10μM)和时间(24小时),细胞数量,代谢物提取方法,LC-MS/MS定量方法,DNA提取和消化条件
阅读提示:Methods:Measurement of thiopurine cytosolic and nucleic metabolites;Figure 3
代谢组学和同位素示踪
细胞数量,培养条件,示踪剂浓度和时间(10μM [15N4]次黄嘌呤或2mM [amide-15N]谷氨酰胺,4小时),提取和检测方法
阅读提示:Methods:Metabolomics analysis;Stable isotope tracing in B-ALL cells;Figures 4 and 5
患者遗传关联分析
患者队列(AALL03N1),纳入排除标准(TPMT和NUDT15野生型),基因分型和测序方法,关联分析模型(多元回归,调整遗传祖先),置换检验次数
阅读提示:Methods:Patients and thiopurine therapy;NUDT5 sequencing and genotyping in patients;Association of NUDT5 variants with thiopurine toxicity;Figure 6