患者样本采集与遗传分析
鉴定患者NK细胞缺陷的遗传病因
采集患者外周血,分离PBMC,进行全外显子组测序和Sanger测序验证,分析候选变异。
β-Actin G342D as a Cause of NK Cell Deficiency Impairing Lytic Synapse Termination
包含患者样本、细胞系模型、功能实验、影像学分析和机制验证等多个独立证据层级。
YTS NK细胞系(YTS-C、YTS-WT、YTS-NKD) 721.221靶细胞 患者外周血单个核细胞(PBMC)
ACTB G342D变异的确认(Sanger测序) YTS细胞系中β-肌动蛋白和γ-肌动蛋白表达水平 NK细胞脱颗粒(CD107a上调)和裂解颗粒极化 免疫突触扩散面积和F-肌动蛋白密度 连续杀伤能力(低效靶比51Cr释放实验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定患者NK细胞缺陷的遗传病因
采集患者外周血,分离PBMC,进行全外显子组测序和Sanger测序验证,分析候选变异。
在NK细胞系中表达G342D β-肌动蛋白以研究其功能影响
用慢病毒转导YTS细胞,构建表达野生型或G342D β-肌动蛋白的稳定细胞系,并通过嘌呤霉素筛选。
评估G342D变异对NK细胞杀伤功能的影响
通过51Cr释放实验检测YTS细胞对721.221靶细胞的杀伤能力,同时检测脱颗粒标志物CD107a的表达。
评估G342D变异是否影响裂解颗粒的汇聚、极化和脱颗粒
通过免疫荧光染色和共聚焦显微镜观察裂解颗粒汇聚到MTOC、极化到免疫突触的过程,并通过流式细胞术检测CD107a上调。
评估G342D变异对NK细胞在激活表面的扩散能力的影响
将YTS细胞铺在包被不同刺激分子(PLL、CD18、CD28)的玻片上,固定后染色F-肌动蛋白,测量细胞表面积。
评估G342D变异对NK细胞连续杀伤多个靶细胞能力的影响
在低效靶比下进行51Cr释放实验,或通过长时间活细胞成像观察单个NK细胞连续杀伤多个靶细胞的过程。
评估G342D变异是否影响NK细胞从靶细胞脱离和突触终止
通过活细胞成像测量结合时间、靶细胞死亡时间、以及与下一个靶细胞形成新结合的时间。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 患者样本处理 | Ficoll-Paque Plus密度梯度分离液 | GE Healthcare | 45-001-750 |
| 细胞培养 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | 100022052 |
| 嘌呤霉素 | Gibco | A1113803 | |
| 流式细胞术 | Qdot 605 CD56抗体 | Biolegend | HCD56 |
| Qdot 705 CD3抗体 | Biolegend | SK7 | |
| Live/Dead可固定蓝色染料 | Invitrogen | L23105A | |
| BV605 CD56抗体 | Biolegend | 318334 | |
| BV785 CD3抗体 | Biolegend | 300472 | |
| Cytofix/Cytoperm固定破膜试剂 | BD Biosciences | 554714 | |
| Pacific Blue颗粒酶B抗体 | Biolegend | 515407 | |
| Alexa Fluor 488穿孔素抗体 | Biolegend | 308108 | |
| PE-Cyanine5 CD107a抗体 | Invitrogen | 15-1079-42 | |
| Biorad ZE5细胞分析仪 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | Pierce RIPA裂解液 | Thermo Scientific | 89901 |
| HALT蛋白酶抑制剂 | Thermo Scientific | 78430 | |
| Bolt Bis-Tris 4-12%凝胶 | Thermo Scientific | NW04120BOX | |
| MOPS电泳缓冲液 | Life Technologies | B000102 | |
| 硝酸纤维素膜 | Thermo Scientific | LC2000 | |
| Bolt转膜缓冲液 | Life Technologies | BT00061 | |
| ACTB抗体 | Millipore Sigma | MABT825 | |
| ACTG抗体 | Millipore Sigma | MABT824 | |
| NM-2a抗体 | Biolegend | 909802 | |
| β-微管蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC58880 | |
| IRDye山羊抗小鼠IgG二抗 | LI-COR | 926-68070 | |
| IRDye山羊抗兔IgG二抗 | LI-COR | 926-32211 | |
| Li-Cor Odyssey CLx成像系统 | LI-COR | -- | |
| Odyssey单色蛋白分子量标准 | LI-COR | 928-40000 | |
| 固定细胞成像 | 多聚赖氨酸 | Sigma Aldrich | P8920-100ML |
| 抗CD18抗体 | Biolegend | 373402 | |
| 抗CD28抗体 | Biolegend | 302933 | |
| 鬼笔环肽(Alexa Fluor 405) | Invitrogen | A30104 | |
| α-微管蛋白抗体(Alexa Fluor 647) | Biolegend | 627908 | |
| 活细胞成像 | Cell Tracker Red CMTPX荧光染料 | Invitrogen | C34552 |
| 钙黄绿素绿色荧光染料 | Invitrogen | C34852 | |
| 统计 | GraphPad Prism软件 | GraphPad Software | -- |
| 活细胞成像 | Incucyte S3活细胞分析系统 | Sartorius | 4647 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本处理和遗传分析 | 患者PBMC分离方法、全外显子组测序和Sanger测序验证的变异 阅读提示:Methods: Patient sample preparation, Sequencing |
| YTS细胞系构建 | 慢病毒载体、转染方法、嘌呤霉素筛选浓度 阅读提示:Methods: Cell lines |
| 细胞毒性实验 | 效靶比、孵育时间、靶细胞类型 阅读提示:Methods: Chromium-51 release functional assay |
| 细胞脱颗粒和极化检测 | 抗体克隆号、染色和固定步骤、共聚焦显微镜参数 阅读提示:Methods: Flow cytometry, Fixed cell imaging |
| 细胞扩散实验 | 包被抗体浓度、细胞密度、孵育时间 阅读提示:Methods: Fixed cell imaging |
| 连续杀伤实验 | 低效靶比的具体数值、活细胞成像时间间隔和总时长 阅读提示:Methods: Chromium-51 release functional assay, Live cell imaging |