CDC42变体亚细胞定位分析
确认不同CDC42变体在细胞内的定位差异
在THP-1细胞中表达GFP-CDC42变体,通过免疫荧光共染色观察高尔基体和细胞核,并计算Pearson相关系数。
Autoinflammatory patients with Golgi-trapped CDC42 exhibit intracellular trafficking defects leading to STING hyperactivation and ER stress
研究包含患者来源细胞(成纤维细胞、血清/血浆样本)、THP-1细胞系过表达、基因敲除细胞(cGAS KO和STING KO)、免疫荧光、蛋白印迹、流式细胞术、qRT-PCR及MSD多种实验层级,并进行功能验证(运输实验、ER应激、STING通路激活)与机制验证(COPI相互作用)。
THP-1细胞系 THP-1 cGAS敲除细胞 THP-1 STING敲除细胞 患者来源的原代成纤维细胞
CDC42变体是否在高尔基体滞留(免疫荧光和Pearson相关系数) 顺行运输实验条件:40℃培养3小时,32℃释放1小时 逆行运输实验条件:0.15μg/mL CtxB处理30分钟,37℃孵育8小时 STING在高尔基体的积累(免疫荧光,COPI依赖) STING通路激活(P-IRF3、P-STAT1检测)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认不同CDC42变体在细胞内的定位差异
在THP-1细胞中表达GFP-CDC42变体,通过免疫荧光共染色观察高尔基体和细胞核,并计算Pearson相关系数。
检测ER到高尔基体的顺行运输是否受损
使用患者来源成纤维细胞,通过温度转换实验跟踪PC-1蛋白的运输。
检测高尔基体到ER的逆行运输是否受损
使用患者成纤维细胞,通过追踪CtxB的运输评估逆行途径。
检测Golgi-trapped CDC42变体是否诱导ER应激
在患者成纤维细胞和THP-1细胞中检测BiP表达和UPR相关基因(HSPA5、ATF4、DDIT3)的表达。
检测Golgi-trapped CDC42变体是否导致STING在高尔基体积累并激活信号通路
在患者成纤维细胞和THP-1细胞中检测STING定位、P-IRF3、P-STAT1和ISG表达。
验证Golgi-trapped CDC42变体患者是否存在高水平的IFNα
使用MSD S-PLEX检测患者血清/血浆中IFNα浓度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 31966021 |
| RPMI培养基 | Gibco | 61870010 | |
| 胎牛血清 | Gibco | A5256801 | |
| 青霉素和链霉素 | Eurobio | CABPES01-0U | |
| 质粒构建 | QuikChange试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| pmaxGFP载体 | Lonza | -- | |
| 细胞培养 | 支原体检测 | Lonza | -- |
| 转染 | 细胞系核转染溶液V | Lonza | -- |
| 核转染仪 | Amaxa Biosystems | VCA-1003 | |
| 药物处理 | 毒胡萝卜素 | Sigma | T9033 |
| IFNα1 | Sigma | SRP4569 | |
| 运输实验 | AF555标记的霍乱毒素B亚基 | Molecular Probes | C34776 |
| 免疫荧光 | 牛血清白蛋白 | Sigma | -- |
| Triton X-100 | -- | -- | |
| 皂苷 | Fluka Biochemika | -- | |
| Hoechst染料 | -- | -- | |
| VECTASHIELD封片剂 | Vector Laboratories | H-1700 | |
| MSD检测 | S-PLEX人干扰素试剂盒 | Mesoscale Discovery | K151P3S-1 |
| MESO QuickPlex SQ 120读板仪 | MSD | -- | |
| RNA提取 | PureLink RNA小提试剂盒 | Invitrogen | 12183018A |
| cDNA合成 | Superscript Vilo cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 11754-050 |
| qPCR | SYBR绿色荧光染料 | Bio-rad | 1725271 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche | 48679800 | |
| Benzonase核酸酶 | Merck | E10145K | |
| Western blot | Bolt™ 4–12% Bis-Tris Plus Wedgewell凝胶 | Invitrogen | NW04122BOX |
| PVDF膜 | Thermo Fisher Scientific | 88518 | |
| SuperSignal West Pico Plus化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34580 | |
| Fusion FX成像系统 | Vilber | -- | |
| 成像 | Eclipse Nikon TE300倒置荧光显微镜 | Nikon | -- |
| Photometrics Cascade相机 | Photometrics | -- | |
| Metamorph v7.8.9.0软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞类型和来源(如THP-1、HEK-293T、患者成纤维细胞),培养基成分,血清浓度,抗生素和丙酮酸钠的添加 阅读提示:Methods中的Cells部分 |
| 转染 | THP-1细胞数量(2×10^6)、质粒DNA量(3μg)、核转染程序(V-001) 阅读提示:Methods中的Transfections部分 |
| 顺行运输实验 | 细胞在40°C孵育3小时,然后转移至32°C孵育1小时 阅读提示:Methods中的Trafficking assays部分 |
| 逆行运输实验 | 0.15μg/mL CtxB处理,冰上30分钟,然后37°C孵育8小时 阅读提示:Methods中的Trafficking assays部分 |
| ER应激实验 | Thapsigargin浓度(10μM)和处理时间(20小时,对于UPR基因6小时) 阅读提示:Methods中的RNA isolation and qRT-PCR部分和Flow cytometry部分 |
| STING通路激活 | IFNα刺激浓度(100U/mL)和处理时间(过夜) 阅读提示:Methods中的Flow cytometry部分 |
| IFNα水平测量 | 使用MSD S-PLEX试剂盒,操作按照说明书 阅读提示:Methods中的Meso scale discovery multiplex assay部分 |