基因组数据获取与序列组装
获取家猫和外来猫的Fel d 1同源序列,为变异分析提供数据。
使用Fel d 1参考序列(NCBI accession X62477和X62478)对NCBI SRA数据库中的家猫和外来猫基因组进行BLAST搜索,组装DNA序列,提取CH1和CH2编码区,并翻译成蛋白质序列。
Genetic diversity of the major cat allergen, Fel d 1
研究主要依赖基因组序列比对、选择压力分析和结构建模,未包含功能实验或体内验证。
家猫(Felis catus)组织样本 外来猫科物种基因组序列
样本来源:NCBI SRA数据库中的90只家猫和136只外来猫基因组序列,以及50只家猫组织样本 序列比对方法:使用CLUSTAL Omega进行多重比对和成对比对 选择压力分析:对37种外来猫科物种计算dN/dS比值 结构建模:使用AlphaFold3预测氨基酸替换对Fel d 1结构的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取家猫和外来猫的Fel d 1同源序列,为变异分析提供数据。
使用Fel d 1参考序列(NCBI accession X62477和X62478)对NCBI SRA数据库中的家猫和外来猫基因组进行BLAST搜索,组装DNA序列,提取CH1和CH2编码区,并翻译成蛋白质序列。
补充家猫样本,增加序列多样性分析的样本量。
从50只绝育手术丢弃的猫组织中提取基因组DNA,PCR扩增CH1和CH2,Sanger测序并翻译。
计算Fel d 1序列与参考序列的同一性,评估种内和种间变异。
使用CLUSTAL Omega进行成对和多重序列比对,计算DNA和蛋白质序列同一性,并绘制线性回归分析。
识别Fel d 1序列中的氨基酸替换,并分类为相似或不同变化。
比较所有猫的序列与参考序列,记录氨基酸替换,并映射到Fel d 1晶体结构上。
评估Fel d 1基因在猫科动物中是否受正选择压力。
对每个外来物种选择一个代表,计算同义和非同义替换率,计算dN/dS比值。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因组数据获取 | Geneious Prime | -- | -- |
| DNA提取 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 基因组数据获取 | BLAST搜索使用的参考序列和数据库;序列组装参数 阅读提示:Methods: Genomic data acquisition |
| 家猫DNA提取与测序 | 组织样本来源;DNA提取试剂盒;PCR引物和条件 阅读提示:Methods: Domestic cat DNA extraction |
| 序列比对与同一性分析 | 比对工具(CLUSTAL Omega);参考序列编号;同一性计算方法 阅读提示:Methods: Sequence alignment and identity analysis |
| 序列变异分析 | 氨基酸替换分类标准;结构文件(PDB 2EJN) 阅读提示:Methods: Fel d 1 sequence variation |
| 选择性压力分析 | 代表性个体选择;同义和非同义替换计算方法;dN/dS计算 阅读提示:Methods: Selective pressure analysis |