解析CspZ-FH复合物晶体结构
确定CspZ与人FH SCR6-7结合的关键氨基酸残基和结合界面,并比较不同CspZ变体的结构差异。
共结晶CspZB408与人FH SCR6-7,解析2.59 Å分辨率结构;并解析CspZB379和CspZB408单独结构(2.10和2.45 Å)。对比CspZB31结构,进行序列比对和结构叠加。
Structural evolution of an immune evasion determinant shapes pathogen host tropism
多学科研究,包含CspZ与FH复合物的晶体结构、SPR结合实验、分子交换实验、体外补体沉积和血清存活实验、体内蜱传播感染实验(小鼠和鹌鹑)、系统发育和选择压力分析。
伯氏疏螺旋体菌株B31-A3及其同基因衍生株(ΔcspZ/Vector, pCspZB31, pCspZB379, pCspZB408, pCspZB379LB408, pCspZB408LB379) C3−/−小鼠(补体缺陷) 鹌鹑(OmCI处理以抑制补体) 白足鼠(Peromyscus leucopus)和鹌鹑血清用于体外实验 蜱(Ixodes scapularis)的若虫传播模型
CspZ变体的环结构类型(B31型、B379型、B408型) FH来源物种(人、小鼠、鹌鹑) 血清浓度(20%、40%)及灭活处理(Cobra Venom factor、OmCI) 接种后时间点(小鼠7、10、14 dpf;鹌鹑9、14 dpf) 检测组织(血液、关节、心脏、膀胱、脑)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定CspZ与人FH SCR6-7结合的关键氨基酸残基和结合界面,并比较不同CspZ变体的结构差异。
共结晶CspZB408与人FH SCR6-7,解析2.59 Å分辨率结构;并解析CspZB379和CspZB408单独结构(2.10和2.45 Å)。对比CspZB31结构,进行序列比对和结构叠加。
检验CspZ变体及其环交换突变体与人、小鼠和鹌鹑FH的结合能力,并分析结构基础。
表达纯化野生型CspZ变体(CspZB31、CspZB379、CspZB408)和环交换突变体(CspZB379LB408、CspZB408LB379),通过表面等离子体共振(SPR)测定与不同物种FH的结合动力学。将CspZ结构与人、鼠和鹌鹑SCR6-7结构叠加,分析空间位阻。
确定CspZ环结构是否影响疏螺旋体对啮齿动物和鸟类补体的抵抗能力。
在WT B31-A3和ΔcspZ/Vector背景下构建表达不同CspZ变体或突变体的同基因菌株。通过流式细胞术检测小鼠C5b-9和鹌鹑C8在菌体表面的沉积水平;通过活菌计数(live/dead染色和CFU)测定在鼠和鹌鹑血清中的存活率。
在体内验证CspZ环结构决定菌株特异性、宿主依赖性的早期播散。
让携带相同菌株载量的肩板硬蜱(Ixodes scapularis)若虫叮咬小鼠或鹌鹑,在特定时间点采集血液和远端组织,通过定量PCR(recA拷贝)测定螺旋体载量。同时使用补体缺陷小鼠(C3−/−)或OmCI处理的鹌鹑验证补体依赖性。
揭示CspZ环结构的进化历史,是否从广谱FH结合的祖先分化而来,以及是否经历正选择。
从NCBI收集174条cspZ序列,构建最大似然系统发育树,进行单倍型网络、重组检测(GARD)、贝叶斯天际线分析、正选择检测(BUSTED)和祖先状态重建。并检测每个分离株与已知FH结合活性的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 结构生物学(结晶和凝胶过滤) | HiLoad 16/600 Superdex 200 prep grade 凝胶过滤柱 | GE Healthcare | -- |
| 结构生物学(X射线衍射数据收集) | BESSY II 电子储存环(BL14.1光束线) | Helmholtz-Zentrum Berlin | -- |
| 蛋白质相互作用分析 | Biacore T200 表面等离子体共振仪 | Cytiva | -- |
| 结构预测 | AlphaFold v2.0 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CspZ纯化与结晶 | 蛋白浓度、摩尔比、缓冲液成分和结晶条件;CspZ变体及SCR6-7蛋白的纯化方法(文中未明确说明) 阅读提示:Materials and Methods 的 Structure Determination by Crystallization and Prediction by AlphaFold 小节;SI Appendix |
| SPR结合实验 | 固定的FH变体种类(人、小鼠、鹌鹑)、CspZ蛋白浓度、传感芯片类型、缓冲液、流速、温度、再生条件;每个实验的重复次数(3次) 阅读提示:Materials and Methods 的 ELISAs and SPR 小节;图 2 图注 |
| 补体沉积和血清存活实验 | 血清浓度(20%或40%)、血清来源、补体灭活处理(Cobra Venom factor, OmCI)、菌株培养条件、CspZ表面水平、检测抗体(抗小鼠C5b-9、抗鹌鹑C8)、流式细胞仪设置 阅读提示:Materials and Methods 的 Flow Cytometry and Serum Resistance Assays 小节;图 3 图注;SI Appendix |
| 动物感染实验 | 蜱若虫感染菌株、携带载量、小鼠和鹌鹑品系、年龄、性别、环境条件、蜱叮咬数量和时间、动物组织采集类型和时间点(小鼠7/10/14 dpf,鹌鹑9/14 dpf)、DNA提取方法、qPCR引物和探针、recA拷贝数归一化 阅读提示:Materials and Methods 的 Mouse and Quail Infection 小节;图 3 图注;SI Appendix |
| 系统发育和进化分析 | 序列检索数据库和日期(2021年9月)、序列比对方法、系统发育重建方法、模型参数、重组检测和选择压力分析的软件版本和参数、祖先状态重建方法 阅读提示:Materials and Methods 的 Genomic Analyses 小节;图 4 图注;SI Appendix |