免疫逃逸决定因子的结构演化塑造病原体宿主嗜性

Structural evolution of an immune evasion determinant shapes pathogen host tropism

作者信息Ashley L Marcinkiewicz, Kalvis Brangulis, Alan P Dupuis 2nd, Thomas M Hart, Maxime Zamba-Campero, Tristan A Nowak, Jessica L Stout, Inara Akopjana, Andris Kazaks, Janis Bogans, Alexander T Ciota, Peter Kraiczy, Sergios-Orestis Kolokotronis, Yi-Pin Lin
PMID37364114
发布时间2023-07-04
DOI10.1073/pnas.2301549120

实验完整度

多学科研究,包含CspZ与FH复合物的晶体结构、SPR结合实验、分子交换实验、体外补体沉积和血清存活实验、体内蜱传播感染实验(小鼠和鹌鹑)、系统发育和选择压力分析。

主要模型

伯氏疏螺旋体菌株B31-A3及其同基因衍生株(ΔcspZ/Vector, pCspZB31, pCspZB379, pCspZB408, pCspZB379LB408, pCspZB408LB379) C3−/−小鼠(补体缺陷) 鹌鹑(OmCI处理以抑制补体) 白足鼠(Peromyscus leucopus)和鹌鹑血清用于体外实验 蜱(Ixodes scapularis)的若虫传播模型

重点核对

CspZ变体的环结构类型(B31型、B379型、B408型) FH来源物种(人、小鼠、鹌鹑) 血清浓度(20%、40%)及灭活处理(Cobra Venom factor、OmCI) 接种后时间点(小鼠7、10、14 dpf;鹌鹑9、14 dpf) 检测组织(血液、关节、心脏、膀胱、脑)

摘要

现代传染病暴发常涉及宿主嗜性的改变,即病原体对特定宿主的优先适应。引起莱姆病的细菌伯氏疏螺旋体(Bb)是研究宿主嗜性分子机制的理想模型,因为这些由蜱传播的细菌的不同变体在啮齿动物或鸟类储存宿主中被显著维持。为了在宿主中存活并逃避补体介导的免疫清除,Bb产生外膜蛋白CspZ,其结合补体抑制剂H因子(FH)以促进细菌在脊椎动物中的传播。尽管序列高度保守,CspZ变体在人FH结合能力上存在差异。结合脊椎动物宿主间FH的多态性,这些发现提示该细菌外膜蛋白的微小序列变异可能赋予宿主特异性FH结合介导的感染性的显著差异。我们通过解析CspZ-人FH复合物的晶体结构验证了这一假设,并鉴定了位于FH结合界面的微小变异,该变异产生鸟类和啮齿动物FH特异性结合活性,从而影响感染性。将啮齿动物和鸟类相关CspZ变体在FH结合界面的发散区域进行交换,改变了促进啮齿动物和鸟类特异性早期播散的能力。我们进一步将这些环及相应的宿主特异性补体依赖性表型与不同的CspZ系统发育谱系联系起来,阐明了驱动宿主嗜性出现的进化机制。我们的多学科工作为单一短蛋白基序如何能极大调节病原体宿主嗜性提供了新的分子基础。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
CspZ蛋白中微小的序列变异能否决定宿主特异性FH结合活性,从而影响伯氏疏螺旋体在不同宿主中的感染性,并阐明其进化历史?
核心机制
CspZ中一个位于FH结合界面的多态性环状基序(包括插入、缺失和重复)通过空间位阻效应决定宿主特异性FH结合能力,进而控制补体失活和早期播散。
主要证据
CspZ与人、鼠和鹌鹑FH复合物或预测结构的叠加分析显示,CspZB379的螺旋B延伸导致与人、鼠FH结合的空间位阻,CspZB408的Asp71可能干扰与鹌鹑FH结合。SPR和血清存活实验证明环交换突变体(CspZB379LB408和CspZB408LB379)逆转了FH结合特异性和血清存活差异。在小鼠和鹌鹑中,携带相应CspZ变体的菌株在血液和远端组织的早期播散存在宿主特异性差异,且依赖补体(C3−/−或OmCI处理消除差异)。系统发育分析显示三个CspZ谱系与已知FH结合活性完全相关,祖先状态重建表明现代CspZ变体来自一个能结合人、鼠和鹌鹑FH的广谱祖先。
研究意义
该研究揭示了单一短氨基酸基序如何通过结构变异调节病原体宿主嗜性,为理解传染病出现和宿主适应性提供了新机制,并可能有助于开发针对莱姆病的干预策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

解析CspZ-FH复合物晶体结构

确定CspZ与人FH SCR6-7结合的关键氨基酸残基和结合界面,并比较不同CspZ变体的结构差异。

共结晶CspZB408与人FH SCR6-7,解析2.59 Å分辨率结构;并解析CspZB379和CspZB408单独结构(2.10和2.45 Å)。对比CspZB31结构,进行序列比对和结构叠加。

2

验证宿主特异性FH结合活性

检验CspZ变体及其环交换突变体与人、小鼠和鹌鹑FH的结合能力,并分析结构基础。

表达纯化野生型CspZ变体(CspZB31、CspZB379、CspZB408)和环交换突变体(CspZB379LB408、CspZB408LB379),通过表面等离子体共振(SPR)测定与不同物种FH的结合动力学。将CspZ结构与人、鼠和鹌鹑SCR6-7结构叠加,分析空间位阻。

3

评估CspZ变体在疏螺旋体表面的补体失活和血清存活

确定CspZ环结构是否影响疏螺旋体对啮齿动物和鸟类补体的抵抗能力。

在WT B31-A3和ΔcspZ/Vector背景下构建表达不同CspZ变体或突变体的同基因菌株。通过流式细胞术检测小鼠C5b-9和鹌鹑C8在菌体表面的沉积水平;通过活菌计数(live/dead染色和CFU)测定在鼠和鹌鹑血清中的存活率。

4

动物感染实验验证宿主特异性早期播散

在体内验证CspZ环结构决定菌株特异性、宿主依赖性的早期播散。

让携带相同菌株载量的肩板硬蜱(Ixodes scapularis)若虫叮咬小鼠或鹌鹑,在特定时间点采集血液和远端组织,通过定量PCR(recA拷贝)测定螺旋体载量。同时使用补体缺陷小鼠(C3−/−)或OmCI处理的鹌鹑验证补体依赖性。

5

系统发育与进化分析

揭示CspZ环结构的进化历史,是否从广谱FH结合的祖先分化而来,以及是否经历正选择。

从NCBI收集174条cspZ序列,构建最大似然系统发育树,进行单倍型网络、重组检测(GARD)、贝叶斯天际线分析、正选择检测(BUSTED)和祖先状态重建。并检测每个分离株与已知FH结合活性的关联。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
HiLoad 16/600 Superdex 200 prep grade 凝胶过滤柱GE Healthcare--
BESSY II 电子储存环(BL14.1光束线)Helmholtz-Zentrum Berlin--
Biacore T200 表面等离子体共振仪Cytiva--
AlphaFold v2.0----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
CspZ纯化与结晶
蛋白浓度、摩尔比、缓冲液成分和结晶条件;CspZ变体及SCR6-7蛋白的纯化方法(文中未明确说明)
阅读提示:Materials and Methods 的 Structure Determination by Crystallization and Prediction by AlphaFold 小节;SI Appendix
SPR结合实验
固定的FH变体种类(人、小鼠、鹌鹑)、CspZ蛋白浓度、传感芯片类型、缓冲液、流速、温度、再生条件;每个实验的重复次数(3次)
阅读提示:Materials and Methods 的 ELISAs and SPR 小节;图 2 图注
补体沉积和血清存活实验
血清浓度(20%或40%)、血清来源、补体灭活处理(Cobra Venom factor, OmCI)、菌株培养条件、CspZ表面水平、检测抗体(抗小鼠C5b-9、抗鹌鹑C8)、流式细胞仪设置
阅读提示:Materials and Methods 的 Flow Cytometry and Serum Resistance Assays 小节;图 3 图注;SI Appendix
动物感染实验
蜱若虫感染菌株、携带载量、小鼠和鹌鹑品系、年龄、性别、环境条件、蜱叮咬数量和时间、动物组织采集类型和时间点(小鼠7/10/14 dpf,鹌鹑9/14 dpf)、DNA提取方法、qPCR引物和探针、recA拷贝数归一化
阅读提示:Materials and Methods 的 Mouse and Quail Infection 小节;图 3 图注;SI Appendix
系统发育和进化分析
序列检索数据库和日期(2021年9月)、序列比对方法、系统发育重建方法、模型参数、重组检测和选择压力分析的软件版本和参数、祖先状态重建方法
阅读提示:Materials and Methods 的 Genomic Analyses 小节;图 4 图注;SI Appendix