使用福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织检测结直肠癌细菌改变的技术挑战

背景：福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织为研究人类疾病中的微生物关联提供了宝贵资源，但使用这些低生物量样本仍具挑战性。本研究旨在减少FFPE组织分子分析中的非目标细菌干扰，并探讨对14例结直肠癌组织、14例癌旁正常组织及13例健康对照组织进行定量聚合酶链式反应（qPCR）和16S rRNA扩增子测序的可行性。结果：实验室环境中的细菌污染物及人类DNA的共提取会影响细菌分析。使用未稀释模板可改善细菌DNA扩增效率，从而通过qPCR检测特定细菌标志物（大肠杆菌和普拉梭菌）。通过巢式与非巢式PCR的16S rRNA扩增子测序方法发现，在属水平上，组织样本与配对石蜡对照的细菌群落在加权Unifrac距离上呈现分离趋势，该趋势在非巢式（R2 = 0.045；Pr(>F) = 0.053）和巢式（R2 = 0.299；Pr(>F) = 0.001）PCR数据集中均存在。然而，组织与石蜡对照、DNA提取阴性对照（非巢式PCR）或PCR阴性对照（巢式PCR）间仍存在大量细菌属的重叠。经数学去污染处理后，肿瘤组织、癌旁正常组织与对照组织间的α多样性和β多样性均未发现显著差异。结论：使用非标准化模板进行qPCR细菌标志物分析具有可行性，但16S rRNA扩增子测序仍面临挑战。对FFPE组织进行细菌分析时，必须严格评估实验流程并设置阳性和阴性对照，以确保质量控制并排除细菌污染的影响。