队列建立与样本收集
收集墨西哥半农村社区无症状母婴二人组的粪便样本,以分析肠道微生物组成。
招募46对母婴,收集粪便样本,通过问卷收集人口学、健康等数据。
Exposure to Parasitic Protists and Helminths Changes the Intestinal Community Structure of Bacterial Communities in a Cohort of Mother-Child Binomials from a Semirural Setting in Mexico
包含横断面队列、16S/18S测序、qPCR、差异丰度及相关性分析;未进行功能或机制实验验证。
母婴二人组队列(46对,来自墨西哥半农村社区) 粪便样本
研究人群为46对母婴二人组,来自墨西哥Xoxocotla半农村社区 婴儿年龄2-20个月,分为未断奶(<5个月)和已断奶(1-2岁)组 寄生虫检测通过显微镜检查和qPCR确认 细菌16S rRNA基因V4区测序,真核18S rRNA基因测序 统计分析使用PERMANOVA评估寄生虫暴露对β多样性的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集墨西哥半农村社区无症状母婴二人组的粪便样本,以分析肠道微生物组成。
招募46对母婴,收集粪便样本,通过问卷收集人口学、健康等数据。
确定个体肠道寄生虫的感染状态和种类。
通过显微镜检查和qPCR检测粪便样本中的肠道寄生虫。
提取粪便微生物DNA并制备用于16S rRNA和18S rRNA基因测序的文库。
使用QIAamp Fast DNA stool minikit提取DNA,PCR扩增16S rRNA基因V4区和18S rRNA基因,构建测序文库。
处理测序数据以获得细菌和真核生物的OTU表。
使用Mothur处理16S数据,QIIME处理18S数据,聚类生成OTU并分类。
评估寄生虫暴露对肠道微生物多样性和特定类群丰度的影响。
计算α多样性(Shannon, Chao1)和β多样性(Bray-Curtis),使用PERMANOVA检验组间差异,使用DESeq2和MaAsLin识别差异丰度OTU。
探索肠道细菌和真核生物之间的共现关系。
使用bicor方法计算细菌和真核OTU之间的相关性,并通过热图可视化显著相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 寄生虫检测 | QuantiTect SYBR绿色预混液 | Qiagen | -- |
| Applied Biosystems 7500 | Applied Biosystems | -- | |
| DNA提取 | QIAamp快速DNA粪便提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| Mo Bio干珠管 | Mo Bio Laboratories, Inc. | -- | |
| FastPrep匀浆机 | MP Biochemicals | -- | |
| 16S rRNA基因测序 | TopTaq预混液 | Qiagen | -- |
| QIAquick PCR纯化试剂盒 | Qiagen | -- | |
| PicoGreen | Invitrogen | -- | |
| Tecan M200酶标仪 | Tecan | -- | |
| Agilent生物分析仪 | Agilent | -- | |
| TruSeq DNA样本制备试剂盒,版本2 | Illumina | -- | |
| HiSeq 2000 | Illumina | -- | |
| 18S rRNA基因测序 | PNA阻断引物 | -- | -- |
| Invitrogen Qubit | Invitrogen | -- | |
| Illumina MiSeq | Illumina | -- | |
| MiSeq 500循环试剂盒,版本2 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 队列建立 | 调查人群为墨西哥Xoxocotla的半农村社区,母婴二人组共46对;婴儿年龄范围2-20个月;参与者无抗生素或药物使用史,无胃肠道症状 阅读提示:Methods: Study population, study design, and ethical considerations |
| 寄生虫检测 | 粪便样本显微镜检查和qPCR确认寄生虫;qPCR使用QuantiTect SYBR green master mix,Applied Biosystems 7500;寄生虫种类包括B. hominis, E. coli等 阅读提示:Methods: Sample collection, parasite detection, and DNA extraction from fecal samples |
| 微生物测序 | 细菌16S rRNA基因V4区扩增条件(引物、PCR循环),18S rRNA基因扩增条件(引物E572F/E1009R,PNA阻断) 阅读提示:Methods: Determination of fecal bacterial composition and Determination of fecal eukaryotic composition |
| 生物信息学分析 | 16S数据使用Mothur处理,18S使用QIIME;OTU聚类方法(16S: cutoff 0.03;18S: MED);数据库(SILVA, Greengenes) 阅读提示:Methods: Bioinformatics analysis |
| 统计分析 | α多样性(Shannon, Chao1)和β多样性(Bray-Curtis)计算;PERMANOVA检验寄生虫暴露、年龄等因素;差异丰度分析使用DESeq2和MaAsLin;相关性分析使用bicor方法 阅读提示:Methods: Statistical analysis |