LINC00301表达与临床相关性分析
检测LINC00301在NSCLC组织和细胞系中的表达水平,评估其与预后的关系。
利用CCLE数据库分析和qRT-PCR检测NSCLC细胞系和组织中的LINC00301表达;使用Kaplan-Meier plotter分析预后。
FOXC1-mediated LINC00301 facilitates tumor progression and triggers an immune-suppressing microenvironment in non-small cell lung cancer by regulating the HIF1α pathway
研究包含临床样本分析、体外细胞功能实验(增殖、迁移、凋亡)、体内裸鼠移植瘤模型、免疫微环境分析(CyTOF和流式)以及分子机制验证(RIP、ChIP、RNA pull-down、EMSA等),证据层级丰富。
非小细胞肺癌临床组织样本 A549和SPC-A-1人NSCLC细胞系 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 C57BL/6J小鼠LA-4/KLN 205肿瘤模型
LINC00301表达水平(shRNA敲低或过表达) EZH2结合区域(83-123 nt)及EZH2蛋白结构域(612-727 aa) EAF2表达调控及其对pVHL/HIF1α通路的影响 miR-1276靶向HIF1α 3'UTR的验证 免疫细胞浸润分析(Treg和CD8+ T细胞)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测LINC00301在NSCLC组织和细胞系中的表达水平,评估其与预后的关系。
利用CCLE数据库分析和qRT-PCR检测NSCLC细胞系和组织中的LINC00301表达;使用Kaplan-Meier plotter分析预后。
探究LINC00301对NSCLC细胞增殖、迁移、侵袭、周期和凋亡的影响。
通过转染shRNA或过表达载体,进行CCK8、集落形成、BrdU、Transwell、流式细胞术等实验。
验证LINC00301对NSCLC体内肿瘤生长的影响。
构建BALB/c裸鼠异种移植瘤模型,注射稳定敲低或过表达LINC00301的A549/SPC-A-1细胞,测量肿瘤体积和重量,并通过生物发光成像和Ki-67染色分析。
评估LINC00301对肿瘤免疫微环境的影响,特别是Treg和CD8+ T细胞浸润。
使用LA-4和KLN 205细胞构建C57BL/6J小鼠肿瘤模型,通过CyTOF、流式细胞术和免疫荧光分析免疫细胞浸润。
探索LINC00301表达上调的调控机制。
分析DNA甲基化和组蛋白去乙酰化对LINC00301表达的影响,利用JASPAR预测转录因子,并通过ChIP和荧光素酶报告基因验证FOXC1结合位点。
确定LINC00301与EZH2的直接结合区域及对H3K27me3的影响。
通过FISH、RIP、RNA pull-down、dot blot、EMSA和Alpha assay确定结合区域,并检测H3K27me3水平及下游靶基因表达。
验证LINC00301通过EZH2/EAF2/pVHL/HIF1α通路影响NSCLC细胞功能,以及通过miR-1276/HIF1α通路的调控。
通过qPCR和Western blot检测EAF2、pVHL、HIF1α表达;通过双荧光素酶报告基因验证miR-1276对HIF1A 3'UTR的靶向作用;通过功能实验验证细胞增殖、迁移和侵袭的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| α-MEM培养基 | -- | -- | |
| 纤连蛋白 | -- | -- | |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| PureCol胶原蛋白 | -- | -- | |
| BEBM培养基 | -- | -- | |
| 牛I型胶原蛋白 | -- | -- | |
| Ham's F12K培养基 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 碳酸氢钠 | -- | -- | |
| EMEM培养基 | -- | -- | |
| HITES培养基 | -- | -- | |
| 聚乙烯亚胺 | MilliporeSigma | 764965 | |
| 聚凝胺 | MilliporeSigma | TR1003G | |
| 嘌呤霉素 | Alfa Aesar | AAJ67236XF | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 抗EZH2抗体 | Cell Signaling Technology | 5246S | |
| 抗EAF2抗体 | Cell Signaling Technology | 14159S | |
| 抗VHL抗体 | Cell Signaling Technology | 68547S | |
| 抗HIF-1α抗体 | Cell Signaling Technology | 36169S | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4970L | |
| ELISA | 小鼠TGF-β1 ELISA试剂盒 | Invitrogen | BMS608-4 |
| EnSpire多功能酶标仪 | PerkinElmer | -- | |
| 细胞处理 | 5-氮杂胞苷 | Sigma | A2385 |
| 曲古抑菌素A | Sigma | T8552 | |
| RNA免疫沉淀 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Bimake | B14002 |
| RNA酶抑制剂 | Roche | 3335399001 | |
| Turbo DNase | Invitrogen | AM2238 | |
| 蛋白G磁珠 | Bio-Rad | 161-4023 | |
| 兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729S | |
| SUZ12抗体 | Cell Signaling Technology | 3737S | |
| WDR5抗体 | Cell Signaling Technology | 13105S | |
| LSD1抗体 | Cell Signaling Technology | 2184S | |
| 酸性酚氯仿 | Invitrogen | AM9722 | |
| RNA pull-down | pGEM-3Z载体 | Promega | P2151 |
| KpnI限制酶 | New England Biolabs | R3142 | |
| NheI限制酶 | New England Biolabs | R3131 | |
| MEGAscript T7转录试剂盒 | Invitrogen | AM1334 | |
| MEGAscript SP6转录试剂盒 | Invitrogen | AM1330 | |
| RNA纯化浓缩试剂盒 | Zymo Research | R1013 | |
| Pierce生物素3'末端DNA标记试剂盒 | Thermo Scientific | 89818 | |
| 蛋白酶K | Promega | P8107 | |
| RNA FISH | 胃蛋白酶 | Roche | 10108057001 |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂(含DAPI) | Invitrogen | P10144 | |
| RNA pull-down coupled with dot blot | RNase I | Ambion | AM2294 |
| BrightStar-Plus正电荷尼龙膜 | Ambition | AM10100 | |
| RNA EMSA | Novex Hi-Density TBE上样缓冲液 | Invitrogen | LC6678 |
| 6%阻滞凝胶 | Invitrogen | EC6365BOX | |
| HRP标记链霉亲和素 | Invitrogen | N100 | |
| Pierce ECL Western blot底物 | Ambition | 32106 | |
| Alpha assay | 抗6xHis AlphaLISA受体微珠 | PerkinElmer | AL178C |
| 流式细胞术 | FxCycle PI/RNase染色液 | Invitrogen | F10797 |
| FACSalibur流式细胞仪 | Becton-Dickinson | -- | |
| FITC Annexin V凋亡检测试剂盒I | Becton-Dickinson | 556547 | |
| 染色缓冲液 | BioLegend | 420201 | |
| Dulbecco磷酸盐缓冲液 | Corning | 21-031-CM | |
| TruStain FcX(抗小鼠CD16/32)抗体 | BioLegend | 101319 | |
| CD3抗体 | BioLegend | 100203 | |
| CD4抗体 | BioLegend | 100407 | |
| CD25抗体 | BioLegend | 101915 | |
| Zombie Violet固定活力染料 | BioLegend | 423113 | |
| gentleMACS组织解离器 | Miltenyi Biotec | 130-093-235 | |
| 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-730 | |
| 红细胞裂解液 | BioLegend | 420301 | |
| 免疫组织化学 | 抗Ki67抗体 | Cell Signaling Technology | 9445S |
| SignalStain Boost免疫组化检测试剂(HRP,兔) | Cell Signaling Technology | 8114S | |
| DAB显色液 | Vector Laboratories | SK-4100 | |
| Vectashield封片剂 | Vector Laboratories | H-1900 | |
| CyTOF | 顺铂 | Fluidigm | 201194 |
| Cell-ID Intercalator-Ir | Fluidigm | 201192A | |
| Helios质谱流式细胞仪 | Fluidigm | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源、培养基类型、转染试剂和质粒载体 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| LINC00301敲低和过表达 | shRNA序列(sh-1, sh-2, sh-3)和过表达载体(pLenti-CMV-LINC00301)的构建及验证 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection; Results: 图2a, b |
| 体外功能实验 | 细胞增殖、迁移、侵袭、周期和凋亡检测的具体条件(如接种密度、处理时间) 阅读提示:Methods: Colony formation assay, Flow cytometry; Results: 图2 |
| 体内成瘤实验 | 动物品系、年龄、性别、注射细胞数、肿瘤测量时间 阅读提示:Methods: BALB/c nude mice xenograft model |
| 免疫微环境分析 | 小鼠品系、肿瘤细胞系(LA-4/KLN 205)、抗体组合、CyTOF上机条件 阅读提示:Methods: CyTOF run and sample normalization; Results: 图4 |
| 分子机制验证 | RIP、ChIP、RNA pull-down、EMSA、Alpha实验的抗体、试剂和参数 阅读提示:Methods: RNA immunoprecipitation (RIP), Chromatin Immunoprecipitation assay (ChIP), RNA pull-down, RNA EMSA, Alpha assay; Results: 图6-8, 10 |