收集人脑样本并评估病理分期
获取不同Braak阶段的额叶皮层组织,验证tau病理分期。
从剑桥脑库获取15例眶额皮层样本,按Braak分期分为0、3、6期,进行免疫组化染色确认tau病理。
Early synaptic pathology is associated with small tau aggregates in Alzheimer's disease
包含SynPull/dSTORM、SIMOA、STED、免疫组化及3D超分辨等多层级验证,并涉及患者样本和贝叶斯统计推断。
人死后前额叶皮层(Brodmann 10-11区)突触体样本 Braak 0/3/6期AD患者脑组织
SynPull中抗神经连接蛋白1抗体(abcam ab222806)的浓度和孵育时间 AT8抗体(Invitrogen MN1020B)的浓度和染色时间 synaptosome制备中的过滤孔径和离心条件 dSTORM成像参数(帧数、曝光时间) 贝叶斯推断中先验分布的选择
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取不同Braak阶段的额叶皮层组织,验证tau病理分期。
从剑桥脑库获取15例眶额皮层样本,按Braak分期分为0、3、6期,进行免疫组化染色确认tau病理。
从脑组织中分离突触体,用于后续单分子分析。
将冷冻组织匀浆、过滤、离心,获得突触体沉淀。
利用单分子下拉和dSTORM成像,检测并表征突触体内AT8阳性tau聚集体。
将突触体固定在PEG包被的玻片上,染色AT8-tau和膜标记,进行dSTORM成像和数据分析。
确认tau聚集体位于突触体内部而非膜外表面。
使用蛋白酶K消化、SIMOA检测、3D STORM和STED成像进行验证。
比较不同Braak阶段突触内和突触外tau聚集体的数量、大小和形态。
使用dSTORM图像分析软件(ThunderSTORM、ACT)识别聚集体,计算数量、长度、偏心率等参数。
评估AT8阳性tau与T181、磷脂酰丝氨酸、CD47和synaptogyrin-3在单个突触体中的共定位。
使用衍射受限成像检测不同通道的荧光斑点,计算共定位百分比,并进行贝叶斯推断。
确定组间差异的统计学显著性和关联概率。
使用R和GraphPad Prism进行置信区间计算和贝叶斯推断。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 突触体制备 | HEPES | -- | -- |
| 氯化钠 | -- | -- | |
| 氯化镁 | -- | -- | |
| 氯化钙 | -- | -- | |
| Dounce匀浆器 | Cambridge Scientific | 40401 | |
| 80微米尼龙滤膜 | Millipore | NY8002500 | |
| 5微米滤膜 | Millipore | SMWP04700 | |
| 25毫米滤器支架 | PALL | 4320 | |
| SynPull成像 | 生物素化多克隆抗神经连接蛋白1抗体 | Abcam | ab222806 |
| AT8抗体(Alexa Fluor 647 NHS酯标记) | Invitrogen | MN1020B | |
| SYNGR3 | 抗T181 tau抗体 | Abcam | ab236458 |
| 抗磷脂酰丝氨酸抗体 | Sigma-Aldrich | 16-256 | |
| 抗CD47抗体 | Invitrogen | PA5-80435 | |
| 抗synaptogyrin-3抗体 | Abcam | ab302614 | |
| SynPull成像 | CellMask质膜染料 | Thermo Fischer Scientific | C10045 |
| TetraSpeck荧光微球 | Thermo Fisher Scientific | T7279 | |
| SIMOA验证 | 蛋白酶K | New England Biolabs | P8107S |
| 磷酸盐缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 10010023 | |
| Triton X-100 | Merck | X100-100ML | |
| cOmplete™, 迷你蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 11836153001 | |
| PhosSTOP™ | Roche | 4906845001 | |
| 3D超分辨率成像 | Eclipse Ti-2显微镜 | Nikon | -- |
| 638纳米激光器 | Cobolt | 06-MLD-180 | |
| 561纳米激光器 | Cobolt | 06-DPL-20 | |
| 60倍水浸物镜 | Nikon | MRD07650 | |
| 二向色镜 | Semrock | FF624-Di01 | |
| 电子倍增CCD相机 | Photometrics | Evolve | |
| STED成像 | OCT包埋剂 | Thermo Fisher Scientific | 15212776 |
| 低温恒温器 | Leica | CM3050 | |
| Superfrost PLUS载玻片 | Epredia | 4951PLUS-001 | |
| 抗突触素抗体 | Synaptic Systems | 106-004 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma Aldrich | A7906 | |
| TrueBlack | Biotium | 2700-BT | |
| Abberior STAR RED | Abberior GmbH | STRED-1001-500UG | |
| Alexa Fluor 594 | Life Technologies Limited | A11076 | |
| ProLong Diamond防淬灭封片剂 | Invitrogen | P36961 | |
| STED显微镜 | Abberior Instruments GmbH | -- | |
| 组织匀浆 | 氧化锆珠 | Scientific Labs | SLS1414 |
| 电子组织匀浆器 | Scientific Labs | SLS1401 | |
| Aβ检测 | Aβ42 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | KHB3441 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 脑组织来源、Braak分期、样本量(每期5例) 阅读提示:Methods: Human brain samples; Table 1 |
| 突触体制备 | 组织量、缓冲液组成、过滤孔径、离心条件 阅读提示:Methods: Synaptosome preparation |
| SynPull成像 | 抗体浓度、孵育时间、成像参数(帧数、曝光) 阅读提示:Methods: SynPull imaging |
| 聚集体定量分析 | 聚类参数(epsilon、最小点数)、阈值 阅读提示:Methods: SynPull image analysis |
| 共定位分析 | 距离阈值(50 nm)、抗体组合 阅读提示:Methods: SynPull image analysis; Results: Fig. 4 |