表达分析
确定NPY及受体在胰腺癌中的表达水平及其与正常胰腺的差异。
通过Q-RT-PCR检测Npy、Pyy、Ppy mRNA表达;通过IHC和RNAscope检测NPY蛋白和mRNA在肿瘤及转移灶中的表达和定位;利用TCGA数据分析人胰腺癌中NPY和NPY受体表达。
Targeting the NPY/NPY1R signaling axis in mutant p53-dependent pancreatic cancer impairs metastasis
包含基因工程小鼠模型(胰腺特异性和全身敲除)、体外细胞迁移实验(CDM)、体内脾内转移模型、RNA-seq和蛋白质组学等多层级验证,功能验证明确。
KPR172HC小鼠胰腺癌模型 KPfloxC小鼠胰腺癌模型 KPR172HC源性TB32043细胞系 脾内转移模型(C57BL/6J小鼠)
Npy1r敲除方式(胰腺特异性 vs 全身性)及其对肝转移的影响 BIBO3304给药剂量(1 mg/kg,每日腹腔注射)和时间(12天或5天) 细胞迁移实验中的BIBO3304浓度(1 μM)和处理时间(8小时) 肝转移定量方法(可见转移灶计数、KRT19+面积) 统计方法和显著性阈值(t检验或ANOVA,P<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定NPY及受体在胰腺癌中的表达水平及其与正常胰腺的差异。
通过Q-RT-PCR检测Npy、Pyy、Ppy mRNA表达;通过IHC和RNAscope检测NPY蛋白和mRNA在肿瘤及转移灶中的表达和定位;利用TCGA数据分析人胰腺癌中NPY和NPY受体表达。
评估Npy1r缺失对胰腺癌进展和肝转移的影响。
将KPR172HC小鼠与Npy1rflox或Npy1r-/-小鼠杂交,产生胰腺特异性或全身性Npy1r敲除的基因型,监测生存和肝转移。
探究NPY1R抑制对癌细胞迁移能力的影响。
使用细胞衍生基质(CDM)模拟三维ECM环境,BIBO3304处理KPR172HC细胞,通过活细胞成像追踪细胞迁移参数。
验证药理学NPY1R抑制是否能减少肝转移。
将KPR172HC细胞经脾内注射建立肝转移模型,给予BIBO3304或vehicle,分析肝转移负担及早期转移灶的增殖和凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Q-RT-PCR | RNA制备缓冲液 | MP Biomedicals | -- |
| Qiagen RNA旋转柱提取试剂盒 | Qiagen | -- | |
| Transcriptor第一链cDNA合成试剂盒 | Roche | -- | |
| 通用探针库系统 | Roche | -- | |
| LightCycler 480系统 | Roche | -- | |
| FastPrep组织匀浆器 | MP Biomedicals | -- | |
| 表1引物 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | Bond聚合物精制检测试剂盒 | Leica | DS9800 |
| Bond脱蜡液 | Leica | AR2992 | |
| 抗原修复液1 | Leica | AR9961 | |
| 抗原修复液2 | Leica | AR9640 | |
| NPY抗体 | Abcam | Ab30914 | |
| KRT19抗体 | Abcam | Ab133496 | |
| Ki67抗体 | Thermo Fisher Scientific | Ab-4 Neomark | |
| Cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| αSMA抗体 | Abcam | Ab5694 | |
| PDGFRB抗体 | Cell Signaling Technology | 3169 | |
| CD31抗体 | Dianova | DIA-310 | |
| CD4抗体 | Cell Signaling Technology | 25229 | |
| CD8抗体 | Cell Signaling Technology | 98941 | |
| FOXP3抗体 | Cell Signaling Technology | 12653 | |
| F4/80抗体 | Cell Signaling Technology | 70076 | |
| ELANE抗体 | Abcam | Ab68672 | |
| MPO抗体 | Agilent | A039829-2 | |
| Hamamatsu NanoZoomer S210数字玻片扫描仪 | Hamamatsu | -- | |
| Picrosirius Red染色 | 天狼星红 | Australian Biostain | -- |
| 磷钼酸 | Australian Biostain | -- | |
| Slideview VS200玻片扫描仪 | Olympus | -- | |
| RNAscope | RNAscope 2.5 HD双链检测试剂盒 | ACDBIO | ADV322500 |
| ImmEdge疏水屏障笔 | ACDBIO | ADV310018 | |
| RNAscope H2O2和蛋白酶Plus试剂 | ACDBIO | ADV322330 | |
| RNAscope靶标修复试剂 | ACDBIO | ADV322000 | |
| 蛋白酶Plus | ACDBIO | ADV322340 | |
| Npy探针 | ACDBIO | 313321 | |
| Npy1r探针 | ACDBIO | 427021 | |
| Krt19探针 | ACDBIO | 402941 | |
| Leica DM4000明场显微镜 | Leica | -- | |
| RNA-seq | QIAGEN RNeasy小提试剂盒 | QIAGEN | 74104 |
| Agilent 4200 TapeStation系统 | Agilent | -- | |
| Qubit 3.0荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Illumina链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| NovaSeq S4流动槽 | Illumina | -- | |
| MS蛋白组学 | Sera-Mag磁珠 | Cytvia | -- |
| 胰蛋白酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| LysC内肽酶 | Wako | -- | |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Vanquish Neo液相色谱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ReproSil Pur 120 C18色谱柱填料 | Dr. Maisch GmbH | -- | |
| 细胞培养 | HEPES缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | HyClone | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 明胶 | -- | -- | |
| 抗坏血酸 | -- | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | -- | |
| BIBO3304 | -- | -- | |
| 24孔板 | Corning | -- | |
| IncuCyte S3活细胞分析仪 | Sartorius | -- | |
| Leica DMi6000倒置显微镜 | Leica | -- | |
| 脾内注射 | Hanks平衡盐溶液 | -- | -- |
| 布比卡因 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| Q-RT-PCR | 组织样本来源(小鼠正常胰腺或肿瘤)、细胞系(KPR172HC TB32043或KPfloxC)、内参基因(Gapdh或Rplp0)、引物序列及UPL探针号 阅读提示:Methods: Quantitative real-time polymerase chain reaction (Q-RT-PCR) 及 Table 1 |
| 免疫组织化学 | 抗体及稀释度、抗原修复条件(pH和时间)、组织样本及ROI数量 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry 及 Table 2 |
| RNAscope | 探针(Npy, Npy1r, Krt19)、检测试剂盒、组织类型 阅读提示:Methods: RNAscope |
| 细胞迁移实验(CDM) | CDM制备条件(TIF细胞密度、抗坏血酸处理)、癌细胞类型和数量、BIBO3304浓度(1 μM)、观察时间(8小时)、迁移参数分析算法 阅读提示:Methods: Cell-derived matrices (CDMs) 及 Figure 4 legend |
| 脾内转移模型 | 细胞注射数量(5×10^5)、小鼠品系(C57BL/6JAusb)、BIBO3304给药剂量(1 mg/kg,每日腹腔注射)、实验终点(第5天或第12天)、肝转移定量方法(可见转移灶计数、KRT19+面积) 阅读提示:Methods: Intrasplenic injections 及 Figure 5 和 Figure 6 legends |
| RNA-seq和MS蛋白组学 | 样本数量(每组10个肿瘤)、数据质控标准、差异表达阈值(RNA-seq:adjusted P < 0.05;MS:fold change > 1.25 且 q < 0.05) 阅读提示:Methods: RNA-seq of KPR172HC tumors 和 MS proteomics sample preparation |