临床表型鉴定
描述患病犬的釉质缺陷和周围神经功能障碍。
对患病犬进行临床检查、血液生化、神经学检查和电生理检测(EMG、MNCV)。
IP3 receptor depletion in a spontaneous canine model of Charcot-Marie-Tooth disease 1J with amelogenesis imperfecta
包含遗传学定位(纯合定位、WES/WGS、Sanger验证)、临床表型(电生理、牙科检查)、蛋白表达(Western blot、RT-qPCR)及功能Ca2+成像等多层级验证。
Lancashire Heeler犬(自发性ITPR3无义突变模型) 犬原代皮肤成纤维细胞
ITPR3 p.Q1668X(c.5002C>T)纯合无义变异的致病性 IP3R3、IP3R1和IP3R2蛋白水平及mRNA表达变化 ATP诱导的IP3R介导Ca2+释放(峰值幅度和AUC) 细胞内Ca2+储存(离子霉素)和ER Ca2+储存(毒胡萝卜素) 神经传导速度(MNCV)和肌电图(EMG)变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描述患病犬的釉质缺陷和周围神经功能障碍。
对患病犬进行临床检查、血液生化、神经学检查和电生理检测(EMG、MNCV)。
通过纯合定位和测序鉴定候选因果变异。
利用Illumina Canine HD阵列对4例病例和6例对照进行纯合定位,对2例进行WES和1例进行WGS,过滤变异。
验证变异在犬群中的分离和人群频率。
对266只Lancashire Heeler犬进行PCR和Sanger测序,并在大规模商业检测样本中筛查频率。
检测变异对IP3R3及其同源异构体蛋白和mRNA表达的影响。
提取患病犬和对照犬的原代皮肤成纤维细胞,进行Western blot和RT-qPCR。
评估ITPR3变异对IP3R介导Ca2+释放的影响。
使用Fura-2 AM和Cal-520 AM进行Ca2+成像,测量ATP、离子霉素和毒胡萝卜素刺激下的Ca2+信号。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因组芯片 | Illumina犬全基因组基因分型芯片 | Illumina | -- |
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Life Technologies | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解缓冲液 | Cell Signaling | 9806 |
| IP3R3抗体 | BD-Transduction | 610312 | |
| Vinculin抗体 | Sigma | V9264-25UL | |
| 钙成像 | FURA-2 AM钙指示剂 | ThermoFisher | -- |
| Cal-520 AM钙指示剂 | Aat Bioquest | -- | |
| 离子霉素 | -- | -- | |
| 毒胡萝卜素 | -- | -- | |
| RT-qPCR | NucleoSpin RNA提取试剂盒 | Macherey-Nagel | 740955 |
| Maxima第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fischer | -- | |
| 电生理检查 | Cadwell电诊断仪 | Cadwell Industries, Inc. | -- |
| 蛋白定量 | Qubit 3.0荧光计 | Thermo Fisher Scientific Inc. | -- |
| DNA提取 | Chemagen提取机器人 | PerkinElmer Chemagen Technologie GmbH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 成纤维细胞培养条件:DMEM、10%FBS、1%青霉素/链霉素、1%L-谷氨酰胺、0.2%尿苷,37°C、5%CO2 阅读提示:Methods: Cell lines and culture conditions |
| 蛋白表达分析 | Western blot条件:20 μg总蛋白,4-20% CriterionTGX胶,IP3R1、IP3R2、IP3R3和Vinculin抗体及浓度 阅读提示:Methods: Western blot |
| RT-qPCR | RNA提取和cDNA合成试剂盒,基因(ITPR1、ITPR2、ITPR3)及内参GAPDH引物,2-ΔΔCT方法 阅读提示:Methods: Real-time quantitative PCR |
| 功能Ca2+成像(Fura-2) | Fura-2 AM浓度(1 μM),加载时间,Ca2+自由Krebs溶液(含3 mM EGTA),ATP浓度(80 μM)和离子霉素浓度(2 μM) 阅读提示:Methods: Functional Ca2+ imaging, 图4 |
| 功能Ca2+成像(FDSS) | Cal-520 AM浓度(1 μM),ATP、thapsigargin、ionomycin浓度 阅读提示:Methods: Functional Ca2+ imaging, S4 Fig |